# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/hh01158s1.fasta.huge -Q ../query/KIAA0421.ptfa ./tmplib.23147 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA0421, 1988 aa vs ./tmplib.23147 library 1985517 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.5928+/-0.0056; mu= 15.5823+/- 0.380 mean_var=106.1562+/-26.319, 0's: 0 Z-trim: 5 B-trim: 122 in 1/39 Lambda= 0.124481 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 42, opt: 30, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA0373 ( 1540 res) hh00281 (1540) 184 45.3 0.00015 >>KIAA0373 ( 1540 res) hh00281 (1540 aa) initn: 166 init1: 58 opt: 184 Z-score: 173.6 bits: 45.3 E(): 0.00015 Smith-Waterman score: 193; 20.537% identity (51.440% similar) in 1042 aa overlap (823-1819:473-1423) 800 810 820 830 840 850 KIAA04 RVAEIKVNWFKNRDEMLVVLPKLDGSLDEYLSLQEQLTDVEKLQGKLLEEIEFLEGAEG- ..:..:: .. :...:. . .: : : KIAA03 YERTISSLEEEIVQQNKFHEERQMAWDQREVDLERQLDIFDRQQNEILNAAQKFEEATGS 450 460 470 480 490 500 860 870 880 890 900 KIAA04 VDHPSHTLQHRYSEHTQLQTQQRAVQEAIQVKLNE------FEQWITHYQAAFNNLEATQ . :: : . ::. : ..: :.. :. .:. . . ..:. : . 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