# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/fg04028s1.fasta.huge -Q ../query/KIAA0395.ptfa ./tmplib.23147 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA0395, 1003 aa vs ./tmplib.23147 library 1986502 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 9.0828+/-0.00644; mu= -4.7804+/- 0.435 mean_var=200.5044+/-49.503, 0's: 0 Z-trim: 2 B-trim: 2 in 1/39 Lambda= 0.090576 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 39, opt: 27, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA0854 ( 868 res) hk06169 ( 868) 521 81.2 6.2e-16 KIAA1443 ( 573 res) hj01820b ( 573) 279 49.5 1.5e-06 >>KIAA0854 ( 868 res) hk06169 (868 aa) initn: 1261 init1: 377 opt: 521 Z-score: 377.9 bits: 81.2 E(): 6.2e-16 Smith-Waterman score: 1477; 33.437% identity (59.938% similar) in 966 aa overlap (47-993:31-858) 20 30 40 50 60 70 KIAA03 VSLALIEKLELVLLGPLWDKLSTADHPVIVTMASKRKSTTPCMIPVKTVVLQDASMEAQP .::::::::::::. .. :: ::. :.. 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