# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/hj00015.fasta.huge -Q ../query/KIAA0386.ptfa ./tmplib.23147 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA0386, 1085 aa vs ./tmplib.23147 library 1986420 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.4758+/-0.00579; mu= 10.6899+/- 0.393 mean_var=159.7288+/-39.362, 0's: 0 Z-trim: 2 B-trim: 0 in 0/40 Lambda= 0.101481 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 39, opt: 27, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA1930 ( 664 res) fj11193 ( 664) 537 91.2 5.2e-19 >>KIAA1930 ( 664 res) fj11193 (664 aa) initn: 740 init1: 249 opt: 537 Z-score: 433.1 bits: 91.2 E(): 5.2e-19 Smith-Waterman score: 767; 28.807% identity (57.339% similar) in 729 aa overlap (373-1085:13-664) 350 360 370 380 390 400 KIAA03 SSGAGNKAAALQRRMSMYSQGTPETPTFKDHSFFRWLHPSPDKPRRLSVLSALQDTFFAK :: . :::.: .:.:.. :. KIAA19 CHYHYPQCSKPPHSHYYRLHPKPI----ISTLTTTGPTLNII 10 20 30 410 420 430 440 450 KIAA03 LHRSRSFSDLPSLRPSPKAVLELYSNLPDDIFENGKAAEEKMPLS--LSFSDLPNG---- . . : .. ::: . .. . .. . .: .: . : :.: KIAA19 GPVQTTTSPTHTM-PSPTHTTASPTHTSTSPTHTPTSPTHKTSMSPPTTTSPTPSGMGLV 40 50 60 70 80 90 460 470 480 490 500 510 KIAA03 DCALT-SHSTGSPSN-STNP-EITITPAE-FNLSSLASQNEGMDDTSSASSRNSLGEGQE . : . .: : ::.. .:.: :...:. ..:..:.: .. : : .. .:: . KIAA19 QTATSPTHPTTSPTHPTTSPILINVSPSTSLELATLSSPSKHSDPTLPGT--DSLPCSPP 100 110 120 130 140 150 520 530 540 550 560 570 KIAA03 PKSHLKEEDPEEPRKPASAPSEACRRQSSGAGAEHLFLENDVAEALLQESEEASELKPVE .. . :: :: : .:... :. .. . : .:. .: :.:. KIAA19 VSNSYTQADPMAPRTPHPSPAHSSRKPLTSPAP-------DPSESTVQS------LSPTP 160 170 180 190 200 580 590 600 610 620 630 KIAA03 LDTSEGNITKQLVKRLTSAEVPMATDRLLSEGSVGGESEGCRSFLDGSLEDAFNGLLLAL . . ..: . ....:. : ..:: . : :::.:...:. :: KIAA19 SPPTPAPQHSDLCLAM-AVQTPVPT-------AAGGSG-------DRSLEEALGALMAAL 210 220 230 240 640 650 660 670 680 690 KIAA03 EPHKEQYKEFQDLNQEVMNLDDILKCKPAVSRSRSSSLSLTVESALESFDFLNTSDFDEE . .. :. :.: :.::: :...: . ...:::.::::.::: :::::.::: ::. KIAA19 DDYRGQFPELQGLEQEVTRLESLLM-RQGLTRSRASSLSITVEHALESFSFLNE---DED 250 260 270 280 290 300 700 710 720 730 740 750 KIAA03 EDGDEVCNVGGGADSVFSDTETEKHSYRSVHPEARGHLSEALTEDTGVGTSVAGSPLPLT ::.: : : : :. ::: : .::. . . : ::. KIAA19 EDND----VPG--DRPPSS------------PEA-G------AEDS-IDSP---SARPLS 310 320 330 760 770 780 790 800 810 KIAA03 TGNESLDITIVRHLQYCTQLVQQIVFSSKTPFVARSL--LEKLSRQIQVMEKLAAVSDEN :: .:: ..:::: .:..:. .. .. :. . ::.: :. .:.: . : . KIAA19 TGCPALDAALVRHLYHCSRLLLKL--GTFGPLRCQEAWALERLLREARVLEAVCEFSRRW 340 350 360 370 380 390 820 830 840 850 860 870 KIAA03 IGNISSVVEAIPEFHKKLSLLSFWTKCCSPVGVYHSPADRVMKQLEASFARTVNKEYPGL ::. :.. .. ..:.:: .: .. . :..::. . ... .. . ::: KIAA19 EIPASSAQEVVQFSASRPGFLTFWDQCTERLSCFLCPVERVLLTFCNQYGARLSLRQPGL 400 410 420 430 440 450 880 890 900 910 920 930 KIAA03 ADPVFRTLVSQILDQAEPLLSSSLSSEVVTVFQYYSYFTSHGVSDLESYLSQLARQVSMV :. : .. . : : : . .: .::::..:. . .:.:... :..: .: KIAA19 AEAVCVKFLEDALGQKLPRRPQPGPGEQLTVFQFWSFVETLDSPTMEAYVTETAEEVLLV 460 470 480 490 500 510 940 950 960 970 980 990 KIAA03 QTLQSLRDEKLLQTMSDLAPSNLLAQQEVLRTLALLLTREDNEVSEAVTLYLAAASKNQH ..:.: :. .. ::: . : ... ::.:. ::.. .:.: ::. : . : . KIAA19 RNLNS-DDQAVVLKALRLAPEGRL-RRDGLRALSSLLVHGNNKVMAAVSTQLRSLSLGPT 520 530 540 550 560 570 1000 1010 1020 1030 1040 1050 KIAA03 FREKALLYYCEALTKTNLQLQKAACLALKILEATESIKMLVTLCQSDTEEIRNVASETLL :::.::: . . : ..: . :.:::: ..: :.:. :: :::.::: .:..: ..: KIAA19 FRERALLCFLDQLEDEDVQTRVAGCLALGCIKAPEGIEPLVYLCQTDTEAVREAARQSLQ 580 590 600 610 620 630 1060 1070 1080 KIAA03 SLGEDGRLAY----EQLDKFPRDCVKVGGRHGTEVATAF . ::.:. :. :.:: .:: . : :. ..::: KIAA19 QCGEEGQSAHRRLEESLDALPR----IFG-PGSMASTAF 640 650 660 1085 residues in 1 query sequences 1986420 residues in 2037 library sequences Scomplib [34.26] start: Thu Dec 18 15:19:27 2008 done: Thu Dec 18 15:19:28 2008 Total Scan time: 0.720 Total Display time: 0.040 Function used was FASTA [version 34.26.5 April 26, 2007]