# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/hh00412.fasta.huge -Q ../query/KIAA0377.ptfa ./tmplib.23147 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA0377, 1412 aa vs ./tmplib.23147 library 1986093 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 9.4101+/-0.00677; mu= -5.5548+/- 0.458 mean_var=233.8598+/-55.712, 0's: 0 Z-trim: 4 B-trim: 29 in 2/38 Lambda= 0.083868 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 40, opt: 28, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA0433 ( 1255 res) hh01945 (1255) 4963 614.6 3.4e-176 KIAA1651 ( 91 res) fj00563 ( 91) 182 35.4 0.0059 >>KIAA0433 ( 1255 res) hh01945 (1255 aa) initn: 2793 init1: 2615 opt: 4963 Z-score: 3255.1 bits: 614.6 E(): 3.4e-176 Smith-Waterman score: 4963; 75.126% identity (88.170% similar) in 989 aa overlap (17-1003:14-998) 10 20 30 40 50 60 KIAA03 VGVPAGMWSLTASEGESTTAHFFLGAGDEGLGTRGIGMRPEESDSELLEDEEDEVPPEPQ : . .::.: : .. . ...: . ..:::. ::: : KIAA04 IISIISTSNKIKMSEAPRFFVGPEDTEINPGNYRHFFHHADED--DEEEDDSPPERQ 10 20 30 40 50 70 80 90 100 110 120 KIAA03 IIVGICAMTKKSKSKPMTQILERLCRFDYLTVVILGEDVILNEPVENWPSCHCLISFHSK :.::::.:.:::::::: .::::. : :.:::.. :.::::::::::: : :::::::: KIAA04 IVVGICSMAKKSKSKPMKEILERISLFKYITVVVFEEEVILNEPVENWPLCDCLISFHSK 60 70 80 90 100 110 130 140 150 160 170 180 KIAA03 GFPLDKAVAYSKLRNPFLINDLAMQYYIQDRREVYRILQEEGIDLPRYAVLNRDPARPEE ::::::::::.::::::.:::: ::: :::::::: ::: ::: :::::.::::: :.: KIAA04 GFPLDKAVAYAKLRNPFVINDLNMQYLIQDRREVYSILQAEGILLPRYAILNRDPNNPKE 120 130 140 150 160 170 190 200 210 220 230 240 KIAA03 CNLIEGEDQVEVNGAVFPKPFVEKPVSAEDHNVYIYYPSSAGGGSQRLFRKIGSRSSVYS ::::::::.::::: :: ::::::::::::::::::::.::::::::::::::::::::: KIAA04 CNLIEGEDHVEVNGEVFQKPFVEKPVSAEDHNVYIYYPTSAGGGSQRLFRKIGSRSSVYS 180 190 200 210 220 230 250 260 270 280 290 300 KIAA03 PESSVRKTGSYIYEEFMPTDGTDVKVYTVGPDYAHAEARKSPALDGKVERDSEGKEIRYP :::.::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.::: KIAA04 PESNVRKTGSYIYEEFMPTDGTDVKVYTVGPDYAHAEARKSPALDGKVERDSEGKEVRYP 240 250 260 270 280 290 310 320 330 340 350 360 KIAA03 VMLTAMEKLVARKVCVAFKQTVCGFDLLRANGHSFVCDVNGFSFVKNSMKYYDDCAKILG :.:.: :::.: :::.::::::::::::::::.:.::::::::::::::::::::::::: KIAA04 VILNAREKLIAWKVCLAFKQTVCGFDLLRANGQSYVCDVNGFSFVKNSMKYYDDCAKILG 300 310 320 330 340 350 370 380 390 400 410 420 KIAA03 NTIMRELAPQFQIPWSIPTEAEDIPIVPTTSGTMMELRCVIAIIRHGDRTPKQKMKMEVK : .::::::::.:::::: :::::::::::::::::::::::.::::::::::::::::. 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KIAA16 GGMISVHCNLHLPGSSDSPVSASQVAGTTGAYHDAWII 10 20 30 1110 1120 1130 1140 1150 1160 KIAA03 KPPWLETRFCHVGQAGLELLTSSDLPASASQSAGITGVSHRTQPDSSGPSSTVSSAGPSS ....: : :::::::::.: :. :::::::::.::::::: KIAA16 FVILVQSEFHLVVQAGLELLTSGDPPTMASQSAGITGISHRTQPDIALLDFEH 40 50 60 70 80 90 1170 1180 1190 1200 1210 1220 KIAA03 PTTVDGNSQFGFSDQPSLNSHVAEEHQGLGLLQETPGSGAQELSIEGEQELFEPNQSPQV 1412 residues in 1 query sequences 1986093 residues in 2037 library sequences Scomplib [34.26] start: Thu Dec 18 15:19:01 2008 done: Thu Dec 18 15:19:02 2008 Total Scan time: 0.820 Total Display time: 0.080 Function used was FASTA [version 34.26.5 April 26, 2007]