# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/hh00252.fasta.huge -Q ../query/KIAA0371.ptfa ./tmplib.23147 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA0371, 1203 aa vs ./tmplib.23147 library 1986302 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.0061+/-0.00635; mu= 8.7711+/- 0.432 mean_var=158.9718+/-37.997, 0's: 0 Z-trim: 13 B-trim: 0 in 0/40 Lambda= 0.101722 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 40, opt: 28, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA0647 ( 1195 res) hj03819s1 (1195) 3768 565.7 1.5e-161 KIAA1073 ( 675 res) hj06550 ( 675) 966 154.2 6.1e-38 KIAA1682 ( 775 res) fh23774 ( 775) 374 67.4 9.6e-12 KIAA1537 ( 619 res) fj02581s1 ( 619) 271 52.2 2.9e-07 KIAA1643 ( 993 res) hh10131(revised) ( 993) 273 52.7 3.3e-07 KIAA1362 ( 699 res) fj02381 ( 699) 243 48.2 5.5e-06 KIAA0305 ( 1547 res) hg00042 (1547) 235 47.3 2.2e-05 KIAA1589 ( 816 res) fj08951 ( 816) 222 45.1 5.2e-05 KIAA0993 ( 1556 res) bf03014 (1556) 226 46.0 5.5e-05 KIAA1255 ( 1232 res) hh14633s1 (1232) 208 43.3 0.00029 KIAA0321 ( 1542 res) hg00426 (1542) 203 42.6 0.00056 KIAA1435 ( 415 res) hh13841 ( 415) 170 37.2 0.0063 >>KIAA0647 ( 1195 res) hj03819s1 (1195 aa) initn: 2844 init1: 1557 opt: 3768 Z-score: 2992.2 bits: 565.7 E(): 1.5e-161 Smith-Waterman score: 3785; 49.516% identity (71.774% similar) in 1240 aa overlap (6-1203:1-1195) 10 20 30 40 50 60 KIAA03 SGPLVMDEETRHSLECIQANQIFPRKQLIREDENLQVPFLELHGESTEFVGRAEDAIIAL : :: ::: :::...:: :.:..:.::::::: :.::..::.::: ::.::. 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KIAA06 WHSNPEGSETSFVDSGVGGPQQTVG--EVGLPPPLPSSQKDYLSNKPFKSHKSCS-PSYK 650 660 670 680 690 700 720 730 740 750 760 KIAA03 ---AGI--EIQEGKEDPLLE--KESRRKTPEASA---IGLHQDPELGDAALRSHLDMSWP ... :.. . :: .. .:.. .:. :: .: : .:. . . KIAA06 LLNTAVPREMKSNTSDPEIKVLEETKGPAPDPSAQDELGRTLDG-IGEPPEHCPETEAVS 710 720 730 740 750 760 770 780 790 800 810 820 KIAA03 LFSQGISEQQSGLSVLLSSLQVPPRGEDSLEVPVEQFRIEEIAEGREEAVLPIPVDAKVG .:. ::.. .:. . : : : : . : ...: .: . KIAA06 ALSKVISNKCDGVCNFPESSQNSPTGTPQQAQP--------------DSMLGVPSKCVLD 770 780 790 800 830 840 850 860 870 KIAA03 YGTSQSCSLLPSQVPFETRGPNVDSSTDMLVED---KVKSVSGPQG--------HHRSCL .. : :. : .. .: : .: :::.: .: .: :.: . : . . KIAA06 HSLSTVCN--PPSAACQT--P-LDPSTDFLNQDPSGSVASISHQEQLSSVPDLTHGEEDI 810 820 830 840 850 860 880 890 900 910 920 KIAA03 VNSGKDRLPQTME-PSPSETSL--VERPQVGSVVHRTS-LGSTL-SLTRSPCALPLAECK . :..: : .: : .. : :..: : . . : :::. :. ..: .: KIAA06 GKRGNNRNGQLLENPRFGKMPLELVRKPISQSQISEFSFLGSNWDSFQGMVTSFPSGEAT 870 880 890 900 910 920 930 940 950 960 970 980 KIAA03 -EGLVCNGAPETENRASEQPPGLSTLQMYPTPNGHCANGEAGRSKDSLSRQLSAMSCSSA . :. : :..: .. :: : : : .:. .. . : : : :.. KIAA06 PRRLLSYGC------CSKRP---NSKQMRAT--GPCFGGQWAQREGVKSPVCS--SHSNG 930 940 950 960 970 990 1000 1010 1020 1030 1040 KIAA03 HLHSRNLHHK-WLHSH-----SGRPSATSSPDQPSRSHLDDDGMSVYTDTIQQRLRQIES : . . ... :: :: : .: . :. .:::::. ::.::.::::::. KIAA06 HCTGPGGKNQMWLSSHPKQVSSTKPVPLNCPSPVPPLYLDDDGLPFPTDVIQHRLRQIEA 980 990 1000 1010 1020 1030 1050 1060 1070 1080 1090 1100 KIAA03 GHQQEVETLKKQVQELKSRLESQYLTSS-LHFNGDFGDEVTSIPDSESNLDQNCLSRCST :..:::: :..::.::. ::. .. . . :. :. : . .:... .. : : KIAA06 GYKQEVEQLRRQVRELQMRLDIRHCCAPPAEPPMDYEDDFTCLKESDGSDTEDFGSDHSE 1040 1050 1060 1070 1080 1090 1110 1120 1130 1140 1150 1160 KIAA03 EIFSEASWEQVDKQDTEMTRWLPDHLAAHCYACDSAFWLASRKHHCRNCGNVFCSSCCNQ . .:::::: :::..::.:::.:::.:.::: :: ::::.:.:::::::::::..::. KIAA06 DCLSEASWEPVDKKETEVTRWVPDHMASHCYNCDCEFWLAKRRHHCRNCGNVFCAGCCHL 1100 1110 1120 1130 1140 1150 1170 1180 1190 1200 KIAA03 KVPVPSQQLFEPSRVCKSCYSSLHPTSSS--IDLELDKPIAATSN :.:.:.:::..: ::.::: .. . . .. .: ::::..:. KIAA06 KLPIPDQQLYDPVLVCNSCYEHIQVSRARELMSQQLKKPIATASS 1160 1170 1180 1190 >>KIAA1073 ( 675 res) hj06550 (675 aa) initn: 1227 init1: 934 opt: 966 Z-score: 773.0 bits: 154.2 E(): 6.1e-38 Smith-Waterman score: 1178; 38.324% identity (62.210% similar) in 561 aa overlap (49-593:129-627) 20 30 40 50 60 70 KIAA03 ANQIFPRKQLIREDENLQVPFLELHGESTEFVGRAEDAIIALSNYRLHIKFKES----LV :.: : . ....::::..: : .. KIAA10 SNKLAEMEEPPLLPGENIKDMAKDVTYICPFTG-AVRGTLTVTNYRLYFKSMERDPPFVL 100 110 120 130 140 150 80 90 100 110 120 KIAA03 NVPLQLIESVEC--------RDIFQLHLTCKDCKVIRCQFSTFEQCQEWL-KRLNNAIRP .. : .:. :: .. . :. .::: . .: . . .. . . : . : KIAA10 DASLGVINRVEKIGGASSRGENSYGLETVCKDIRNLRFAHKPEGRTRRSIFENLMKYAFP 160 170 180 190 200 210 130 140 150 160 170 180 KIAA03 PAKIEDLFSFAYHAWCMEVYASEKEQHGDLCRPGEHVTSRFKNEVERMGFDMNNAWRISN .. ::.: :. ::. :. : : : .:.:. :..:::.. KIAA10 VSNNLPLFAFEYK----EVFP---ENGWKLYDP--------LLEYRRQGIP-NESWRITK 220 230 240 250 260 190 200 210 220 230 240 KIAA03 INEKYKLCGSYPQELIVPAWITDKELESVSSFRSWKRIPAVIYRHQSNGAVIARCGQPEV :::.:.:: .:: :.::: : :.::. :.:::: :::.. . : . :.:.::.:: : KIAA10 INERYELCDTYPALLVVPANIPDEELKRVASFRSRGRIPVLSWIHPESQATITRCSQPMV 270 280 290 300 310 320 250 260 270 280 290 300 KIAA03 SWWGWRNADDEHLVQSVAKACASDSRSSGSKLSTRNTSRDFPNGGDLSDVEFDSSLSNAS . : :. .::. .:.. ::: KIAA10 GVSGKRSKEDEKYLQAIMD-------------------------------------SNA- 330 340 310 320 330 340 350 360 KIAA03 GAESLAIQPQKLLILDARSYAAAVANRAKGGGCECPEYYPNCEVVFMGMANIHSIRRSFQ : .:..:.::: . ::::.::::: : . : : :.::. . ::: .:.:.. KIAA10 -------QSHKIFIFDARPSVNAVANKAKGGGYESEDAYQNAELVFLDIHNIHVMRESLR 350 360 370 380 390 370 380 390 400 410 420 KIAA03 SLRLLCTQMPDPGNWLSALESTKWLHHLSVLLKSALLVVHAVDQDQRPVLVHCSDGWDRT .:. . . .::: ::::.::.:....: .:: .. :.. . :.:::::::::: KIAA10 KLKEIVYPNIEETHWLSNLESTHWLEHIKLILAGALRIADKVESGKTSVVVHCSDGWDRT 400 410 420 430 440 450 430 440 450 460 470 480 KIAA03 PQIVALAKLLLDPYYRTIEGFQVLVEMEWLDFGHKFADRCGHGENSDDLNERCPVFLQWL :...:: :.:: :::::.::.:::: :::.:::.: : :::... .: :::::.. KIAA10 AQLTSLAMLMLDGYYRTIRGFEVLVEKEWLSFGHRFQLRVGHGDKNHADADRSPVFLQFI 460 470 480 490 500 510 490 500 510 520 530 540 KIAA03 DCVHQLQRQFPCSFEFNEAFLVKLVQHTYSCLFGTFLCNNAKERGEKHTQERTCSVWSLL ::: :. :::: .::::: ::. ...: :::::::::::. ..::... .:: :.:: . KIAA10 DCVWQMTRQFPTAFEFNEYFLITILDHLYSCLFGTFLCNSEQQRGKENLPKRTVSLWSYI 520 530 540 550 560 570 550 560 570 580 590 600 KIAA03 RAGNKAFKNLLYSSQSEAVLYPVCHVRNLMLWSAVYL---PCPSPTTPVDDSCAPYPAPG . . : : ::.: :. ::::: .:.: :: . :. : .: :. . KIAA10 NSQLEDFTNPLYGSYSNHVLYPVASMRHLELWVGYYIRWNPRMKPQEPIHNRYKELLAKR 580 590 600 610 620 630 610 620 630 640 650 660 KIAA03 TSPDDPPLSRLPKTRSYDNLTTACDNTVPLASRRCSDPSLNEKWQEHRRSLELSSLAGPG KIAA10 AELQKKVEELQREISNRSTSSSERASSPAQCVTPVQTVV 640 650 660 670 >>KIAA1682 ( 775 res) fh23774 (775 aa) initn: 398 init1: 215 opt: 374 Z-score: 302.7 bits: 67.4 E(): 9.6e-12 Smith-Waterman score: 374; 34.921% identity (67.196% similar) in 189 aa overlap (351-536:349-535) 330 340 350 360 370 KIAA03 DARSYAAAVANRAKGGGCECPEYYPNCEVVFMGMANIHSIRRSFQSLRLL--CTQMPDPG :... .:.. .:..: :. :.. : KIAA16 QIQKSFLDGIYKTIHRPPYEIVKTEDLSSNFLSLQEIQTAYSKFKQLFLIDNSTEFWDTD 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 420 430 KIAA03 -NWLSALESTKWLHHLSVLLKSALLVVHAVDQDQRPVLVHCSDGWDRTPQIVALAKLLLD .:.: :::..:: . ::.:. ... .. .. ::. .. : : .:..:..: KIAA16 IKWFSLLESSSWLDIIRRCLKKAIEITECMEAQNMNVLLLEENASDLCCLISSLVQLMMD 380 390 400 410 420 430 440 450 460 470 480 490 KIAA03 PYYRTIEGFQVLVEMEWLDFGHKFADRCGHGENSDDLNERCPVFLQWLDCVHQLQRQFPC :. :: ::: :.. ::. :: : :::.: ...: .:. :::: .:::: :: .: : KIAA16 PHCRTRIGFQSLIQKEWVMGGHCFLDRCNHLRQND--KEEVPVFLLFLDCVWQLVHQHPP 440 450 460 470 480 490 500 510 520 530 540 550 KIAA03 SFEFNEAFLVKLVQHTYSCLFGTFLCNNAKERGEKHTQERTCSVWSLLRAGNKAFKNLLY .:::.:..:. : . : .:.::. :. ... . .: KIAA16 AFEFTETYLTVLSDSLYIPIFSTFFFNSPHQKDTNMGREGQDTQSKPLNLLTVWDWSVQF 500 510 520 530 540 550 560 570 580 590 600 610 KIAA03 SSQSEAVLYPVCHVRNLMLWSAVYLPCPSPTTPVDDSCAPYPAPGTSPDDPPLSRLPKTR KIAA16 EPKAQTLLKNPLYVEKPKLDKGQRKGMRFKHQRQLSLPLTQSKSSPKRGFFREETDHLIK 560 570 580 590 600 610 >>KIAA1537 ( 619 res) fj02581s1 (619 aa) initn: 267 init1: 222 opt: 271 Z-score: 222.3 bits: 52.2 E(): 2.9e-07 Smith-Waterman score: 278; 26.794% identity (59.330% similar) in 209 aa overlap (992-1189:410-616) 970 980 990 1000 1010 1020 KIAA03 HCANGEAGRSKDSLSRQLSAMSCSSAHLHSRNLHHKWLHSHSGRPSATSSPDQPSRSHLD :.:... ...... : . .. . :. KIAA15 KLQGSEDGLKEKNEIIARLEEKTNKITAAMRQLEQRLQQAEKAQMEAEDEDEKYLQECLS 380 390 400 410 420 430 1030 1040 1050 1060 1070 KIAA03 -DDGMSVYTDTIQQRLRQIESGHQQEVE---TLKKQVQELKSRL-----ESQYLTSSLHF .:... . ...: :.:. . : : ::....:. :. : :.: . : . KIAA15 KSDSLQKQISQKEKQLVQLETDLKIEKEWRQTLQEDLQKEKDALSHLRNETQQIISLKKE 440 450 460 470 480 490 1080 1090 1100 1110 1120 1130 KIAA03 NGDFGDEVTSIPDSESNLDQNCLSRCSTEIFSEASWEQVDKQDTEMTR--WLPDHLAAHC .. :: .. . .: . :. . :.. . . . :: :. :.:: KIAA15 FLNLQDENQQLKKIYHEQEQALQELGNKLSESKLKIEDIKEANKALQGLVWLKDKEATHC 500 510 520 530 540 550 1140 1150 1160 1170 1180 1190 KIAA03 YACDSAFWLASRKHHCRNCGNVFCSSCCNQKVPVPSQQLFEPSRVCKSCYSSLHPTSSSI :.. : :..:::::::::..::..: ....:.::. .: ::: ::.. : :: KIAA15 KLCEKEFSLSKRKHHCRNCGEIFCNACSDNELPLPSSP--KPVRVCDSCHALLIQRCSSN 560 570 580 590 600 610 1200 KIAA03 DLELDKPIAATSN KIAA15 LP >>KIAA1643 ( 993 res) hh10131(revised) (993 aa) initn: 350 init1: 249 opt: 273 Z-score: 221.2 bits: 52.7 E(): 3.3e-07 Smith-Waterman score: 344; 24.884% identity (49.614% similar) in 647 aa overlap (572-1180:390-979) 550 560 570 580 590 KIAA03 WSLLRAGNKAFKNLLYSSQSEAVLYPVCHVRNLMLWSAVYLPC------PSPTTPVDDSC ::: . . : .: :. .:. .. KIAA16 SELFRPFHTLLRKIRDLLQTLTEEELHTLERNLCISQDVEFPIRADVQGPAALAPALSAP 360 370 380 390 400 410 600 610 620 630 640 650 KIAA03 APYPAPGTSPDDPPLSRLPKTRSYDNLTTA-CDNTVPLASRRCSD---PSLNEKWQEHRR : .: .. : ..: . .::. . : :. . :. : . . :: KIAA16 LPPEGPLSAKAKDPDAELACSMQYDDQELEQLSRMVHRAGDEMSSLLSPPIACQSPAHRP 420 430 440 450 460 470 660 670 680 690 700 KIAA03 SLELS--SLAGPGEDPLSADSLGKPTRV------PGGAELSVAAGVAEGQMENILQE-AT . : : . :.::. : . : . :: : :: . : . . : KIAA16 GAEGSPGGEASPGRPRLRSGS-DEEERVFFMDDVEGTAEALARPESPAGPFGWAGSTWAD 480 490 500 510 520 530 710 720 730 740 750 KIAA03 KEESGVEEPAHRAGIEIQEG-KEDPL----LEKESRRKTPEASAIGLHQDPELGDAALRS .:.: :. ::: . . ::. : :: :. : :: : . : :. : KIAA16 PQEKGQGGPGGAAGISLPASEKEEDLSNNNLEAEG---TDGASLAGTSSCSCL-DS--RL 540 550 560 570 580 590 760 770 780 790 800 KIAA03 HLDMSWPL------FSQGISEQQSGLSVLLSSLQVPPRGEDSLE--VPVEQFRIEEIAEG ::: .: . .. :... .:.. : ... :.. ::. : ... : .::: KIAA16 HLD-GWEVGADDAETAEMIAHRTGGMK-LSATVIFNPKSPTSLDSAVATQEAASEPVAEG 600 610 620 630 640 650 810 820 830 840 850 860 KIAA03 REEAVLPIPVDAKVGYGTSQSCSLLPSQVPFETRGPNVDSSTDMLVEDKVK-SVSGPQGH . . : :.. :.. .: :: : : . : :: :.. . . : : .: : KIAA16 MDGG----P--HKLSTGAT-NC-LLHSCVCCGSCG---DSREDVVERLREKCSPGGVIGA 660 670 680 690 870 880 890 900 910 920 KIAA03 HRSCLVNSGKDRLPQTME--PSPSETSLVER-PQVGSVVHRTSLGSTLSLTRSPCALPLA . . ...:: :. .: : ::: . : :.. : . : :: . KIAA16 SYAAGLAKASDRAPERQEEAPPPSEDASNGREPKAP--------------TSDKC-LPHT 700 710 720 730 740 930 940 950 960 970 980 KIAA03 ECKEGLVCNGAPETENRASEQPPGLSTLQMYPTPNGHCANGEAGRSKDSLSRQLSAMSCS .. . .: . :..: : :. .: .: : . :..: .: ::: KIAA16 SGSQVDTASGLQGEAGVAGQQEPEARELHA-GSPPAHEAPQALSGSSSS-----TAGSCS 750 760 770 780 790 990 1000 1010 1020 1030 1040 KIAA03 SAHLHSRNLHHKWLHSHSGRPSATSSPDQPSRSHLDDDGMSVYTDTIQQRLRQIESGHQQ : .. . . :.:: . : .: .. . . . : :. :: :: . 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