# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/hh00103.fasta.huge -Q ../query/KIAA0363.ptfa ./tmplib.23147 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA0363, 1522 aa vs ./tmplib.23147 library 1985983 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 14.2809+/-0.0123; mu= -26.8773+/- 0.826 mean_var=681.1267+/-162.556, 0's: 0 Z-trim: 12 B-trim: 0 in 0/40 Lambda= 0.049143 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 41, opt: 29, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA1683 ( 832 res) fh24307 ( 832) 334 39.9 0.0025 >>KIAA1683 ( 832 res) fh24307 (832 aa) initn: 98 init1: 63 opt: 334 Z-score: 151.5 bits: 39.9 E(): 0.0025 Smith-Waterman score: 372; 24.074% identity (47.821% similar) in 918 aa overlap (455-1314:2-827) 430 440 450 460 470 480 KIAA03 ISEVTEEGLALGQESTATVTPHTLQVAPGLQVEVATRVTPQAGEE----ETDSTAGQESA : :.:: .:. :. .. : :..: KIAA16 AQPSVVTRRSPSRGHPSRTFRVASDQGHQSM 10 20 30 490 500 510 520 530 KIAA03 A----MAMPQPSQE-GISEILGQES----VTAEKLPTPQEETSLTLCPDSP-QNLKEEGG : . . :::.. : :.: : ::.. : :.. ... :: : :.. : KIAA16 ANWGSQNLAQPSMDSGEPSSLAQPSQAPGVTSN-LAQPSQAFGVSPSPDYPSQSVGEYPM 40 50 60 70 80 90 540 550 560 570 580 KIAA03 LDLPSGRKPVAAATIVPRQA-KEDLTLPQDSAMTPPLPLQDTDLSSAPKPVAAATIVSQQ : : :. . : :: .: :: : :.: :..: .: : :: . KIAA16 LAQPFQPTEVSPSPTYPSQAIREYPTLAQ--------PFQPTEVSPSPAHPYQLTEVSPS 100 110 120 130 140 590 600 610 620 630 640 KIAA03 AEEGLTLPQDSVMTPPLPLQDTELSSAPKPVAAATLVSQQAEEGLTLPQDSAMTPPLPLQ : . : . .: . :.: .: ..:: :: : .: : : KIAA16 AAYSYQ-PTEVSPNPGYLSMAIEMSPSPGYPSVATEVS---------P-----SPTYPYQ 150 160 170 180 650 660 670 680 690 700 KIAA03 DTDLSSAPKPVAAATLVSQQAEEGLTLPQDSAMTPPLPLQDTDLSSAPKPVAAATLVSQQ :..: . ...:: :: . : . : . : . :..: .: . : .: . KIAA16 PTEISPSSGYLSVATEVSPSPGYPSQLTEVSPSSGYLSVA-TEVSPSPDYSSQPTEMSPS 190 200 210 220 230 240 710 720 730 740 750 760 KIAA03 AEEGLTLPQDSAMTPPLPLQDTDLSSAPKPVAAATIVSQQAEEGLTLPQDSAMTPPLPLQ . :.. . . .: :.: :..: .: .:: :. .: : : : . KIAA16 SGY-LSMATEVSPSPGYPFQPTEVSPSPDYPCVAT------GESPSLAQ-----PSQPTE 250 260 270 280 290 770 780 790 800 810 820 KIAA03 DTDLSSAPKPVAAATI-VSQQAEEGLTLPQDSAMTPPLPLQDTDLSSAPKPVAAATPVSQ . :. :. :.. . ..:. .. ..: .: :.. :..: .: ...: : KIAA16 VSPSSAYPSVVTGESPSLAQSYQRTEVFP-----SPAYPFMATEVSPSPGDPSVVTGESP 300 310 320 330 340 830 840 850 860 870 880 KIAA03 QAEEGLTLPQDSAMTPPLPLQDTDLSSAPKPVAAATPVSQQAEEGLTLPQDSAMTAP--- . . :.. . : : . .:. .: : . . . .:..:... ..: KIAA16 SP----AYPSQPTGESP-SLTQPSLTIRVSPCLAMSSQTIGVSPSLAMPSQTIGVSPSLA 350 360 370 380 390 400 890 900 910 920 930 940 KIAA03 LPLQDTG--PTSGPEPLAVATPQTLQAEAGCAPGTEPVATMAQQEVGEALGPRPAPEEKN .:.. : :: . .:. .: :. . : : : .: .: ..: : . KIAA16 MPFHTIGVSPTLAHPSMAIRESPSL-AQPPQSTGESPSLTWPSQATG--VSPSVAHQSVA 410 420 430 440 450 460 950 960 970 980 990 1000 KIAA03 AALPTV---PEPAALDQVQQDDPQPAAEAGTPWAAQEDADSTLGMEALSLPEPASGAGEE . . . : :. . .:: : :.: .: :. . : .. . . KIAA16 SRVSSSLAQPSQASGMSPRQDYP-PVASRVSPNQAHASITSRMSPSRAHASMTCMVSPSQ 470 480 490 500 510 520 1010 1020 1030 1040 1050 1060 KIAA03 IAEALSRPGREACLEARAHTGDGAKPDSPQKETLEVENQQEGGLKLLAQEHGPRSALGGA . ... :.. . :. . : : : .. . : ::: : .: : . KIAA16 VHRSM--PSEVSPSLAQLSQATTAVPLRPAHQPMAC-----GVSPSLAQ---PSQATGMS 530 540 550 560 570 1070 1080 1090 1100 1110 KIAA03 REVPDAPPAACPEVSQARLLSPAREERGLS-GKSTPEPTLPSAVATEASLDSCPESSVGA .. : .: :: ::::. .... . : .:. : ... :: . : . :: KIAA16 SRLAHQP-MTCV-VS----LSPAQPSQAIGVSPSLAHPSGPHGLSP--SL-AHPYVASGA 580 590 600 610 620 1120 1130 1140 1150 1160 1170 KIAA03 VSSLDRGCPDAPAPTSA--PTSQQPEPVLGLGSVEQPHEVPSVLGTPLLQP---PENLAK ::: :. :.: : . :: . . :.. . . : :. : . : : ..:. KIAA16 GSSLAY-----PSQTTAVSPRQAQPSVASSPGKTYSSCTLASSLAEPAIAPSLFPPSVAH 630 640 650 660 670 1180 1190 1200 1210 KIAA03 GQP----STPVDRPLGPDPSAPGTLAGAALPPLEP-----------------PAPCLCQD . ..: : :.:. : :....:. :: :::::. KIAA16 TEALSLAQSPPDTRLAPSRSQPSVVSGTCHGLNEPCWGSRLDSNLQCSRVDSVAPCLCHP 680 690 700 710 720 730 1220 1230 1240 1250 1260 1270 KIAA03 PQEDSVEDEEPPGSLGLPPPQAGVQPAAAAVSGTTQP-LGTGPRVSLSPHSPLLSPKVAS :: ::: : :.. :. .: .:: :::: :.: . ..: :.: KIAA16 SAFVSV-------SLGGPYPSV----AGNMDQGLNQPSLGTG--VNLCEEPLMVSEMVSS 740 750 760 770 780 1280 1290 1300 1310 1320 KIAA03 M-DAK--DLALQILPPCQVPPPSGPQSPAGPQ--GLSAPE-QQEDEDSLEEDSPRALGSG : : :..: . . :: : . :. ..:.:. .. ::.. KIAA16 PPDFKFNDVSLGF----HHPPRVGGRHVCPPSVVSVSTPNLSHADEEACCVGQ 790 800 810 820 830 1330 1340 1350 1360 1370 1380 KIAA03 QHSDSHGESSAELDEQDILAPQTVQCPAQAPAGGSEETIAKAKQSRSEKKARKAMSKLGL 1522 residues in 1 query sequences 1985983 residues in 2037 library sequences Scomplib [34.26] start: Thu Dec 18 15:18:26 2008 done: Thu Dec 18 15:18:27 2008 Total Scan time: 0.870 Total Display time: 0.060 Function used was FASTA [version 34.26.5 April 26, 2007]