# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/hh00017.fasta.huge -Q ../query/KIAA0358.ptfa ./tmplib.23147 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA0358, 1584 aa vs ./tmplib.23147 library 1985921 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.1366+/-0.00685; mu= 8.7554+/- 0.466 mean_var=179.2913+/-43.272, 0's: 0 Z-trim: 7 B-trim: 0 in 0/40 Lambda= 0.095784 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 41, opt: 29, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA1091 ( 1359 res) hk04373 (1359) 269 50.7 2.4e-06 KIAA1766 ( 1123 res) fj16085(revised) (1123) 239 46.5 3.7e-05 KIAA0476 ( 1626 res) ah04654 (1626) 241 46.9 3.9e-05 KIAA0870 ( 1019 res) hk06970(revised) (1019) 231 45.3 7.4e-05 KIAA1277 ( 1039 res) fj11251 (1039) 217 43.4 0.00029 KIAA1608 ( 872 res) fj20142 ( 872) 181 38.4 0.008 >>KIAA1091 ( 1359 res) hk04373 (1359 aa) initn: 210 init1: 170 opt: 269 Z-score: 205.9 bits: 50.7 E(): 2.4e-06 Smith-Waterman score: 269; 24.438% identity (56.461% similar) in 356 aa overlap (250-586:312-640) 220 230 240 250 260 270 KIAA03 GVQRDTMWRIFTGSLLVEEKSSALLHDLREIEAWIYRLLRS-PVPVSGQKRVDIEVLPQE .:..:: .: :.: :.. . . 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KIAA04 FLQG-FLKSRERSSHKLYSQLLHTQ---MFSQFIEECSFGSARHAALEFFDSCVEKVHPE 740 750 760 770 780 590 600 610 620 630 640 KIAA03 WYAHQLQPIHYRVYDSNSQLAEALSVPPERDSDSEPTDDSGSDSMD---YDDSSSSYSSL . :. :.:.:. .. ::: ::. ::.: :: . : KIAA04 QEKPEPTPLVELEELSGSELTVFIT-PPE-----EPALPEGSESTPQYCYDGFPELRAEL 790 800 810 820 830 840 650 660 670 680 690 700 KIAA03 GDFVSEMMKC-DINGDTPNVDPLTHAALGDASEVEIDELQNQKEAEEPGPDSENSQENPP . ..:. . : . .. : . : .:... . . :: : : KIAA04 FESLQEQPGALPVPGPSRSA-PSSPAPRRTKQEMKVAQRMAQKSAAVPELWARCLLGHCY 850 860 870 880 890 900 710 720 730 740 750 760 KIAA03 LRSSSSTTASSSPSTVIHGANSEPADSTEMDDKAAVGVSKPLPSVPPSIGKSNVDRRQAE KIAA04 GLWFLCLPAYVRSAPSRVQALHTAYHVLRQMESGKVVLPDEVCYRVLMQLCSHYGQPVLS 910 920 930 940 950 960 >>KIAA0870 ( 1019 res) hk06970(revised) (1019 aa) initn: 177 init1: 177 opt: 231 Z-score: 179.1 bits: 45.3 E(): 7.4e-05 Smith-Waterman score: 231; 27.059% identity (59.412% similar) in 170 aa overlap (289-455:2-165) 260 270 280 290 300 310 KIAA03 RSPVPVSGQKRVDIEVLPQELQPALTFALPDPSRFTLVDFPLHLPLELLGVDACLQVLTC :: ..:. ::::: . . ::.::: KIAA08 ADPES-PILDLDLHLPLLCFRPEKVLQILTC 10 20 30 320 330 340 350 360 370 KIAA03 ILLEHKVVLQSRDYNALSMSVMAFVAMIYPLEYMFPVIPLLPTCMASAEQLLLAPTPYII :: :...:. : :. :.. . :.:..:::... : .:.: : . ...::: ... 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KIAA16 RAFLKAQAAFFGSYRNALKIEPKGSGAILNTVKTKANPAMKTVYKFAKDHAKMGIKEVKN 210 220 230 240 250 260 500 510 520 530 540 550 KIAA03 RFFNSANVLQGFQM--HTRTLRLFPRPVVAFQAGSFLASRPRQTPFAEKLARTQAVEYFG :. .. . .: . . . : :.: :. :. . : . .:: KIAA16 RLKQKDIAENGCAPTPEEQLPKTAPSPLVE-------AKDPKL-----REDRRPITVHFG 270 280 290 300 310 560 570 580 590 600 KIAA03 EWILNPTNYAFQRIHNNMFDPALIGDKPKWYA--HQLQPI-HYRVY------DSNSQLAE . . : .. .: ..:. :. : . . . : ..:. :: :. :.. : : KIAA16 Q-VRPPRPHVVKRPKSNI---AVEGRRTSVPSPEHLVKPLRHYAVFLSEDSSDDECQREE 320 330 340 350 360 370 610 620 630 640 KIAA03 A----------LSVPPE--------RDSDSEPTDDSGSDSMDYDDSSSSYSSLGDFVSEM . .:.: : :.::: :.. : .. :.. . : .. . 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