# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/hg01551mrp1.fasta.huge -Q ../query/KIAA0348.ptfa ./tmplib.23147 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA0348, 1443 aa vs ./tmplib.23147 library 1986062 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 11.3088+/-0.0111; mu= -11.0259+/- 0.748 mean_var=542.1828+/-130.643, 0's: 0 Z-trim: 8 B-trim: 0 in 0/40 Lambda= 0.055081 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 40, opt: 28, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA0910 ( 1315 res) hg02207s1 (1315) 3661 307.0 1.4e-83 KIAA0851 ( 607 res) hk06032 ( 607) 588 62.4 2.9e-10 KIAA0966 ( 1150 res) hj06369 (1150) 573 61.6 9.9e-10 >>KIAA0910 ( 1315 res) hg02207s1 (1315 aa) initn: 3385 init1: 1484 opt: 3661 Z-score: 1592.1 bits: 307.0 E(): 1.4e-83 Smith-Waterman score: 3857; 47.526% identity (73.763% similar) in 1273 aa overlap (1-1254:89-1314) 10 20 30 KIAA03 YGKLTDAYGCLGELRLKSGGTSLSFLVLVT :.:. :::: :: :::. : : : .::::: KIAA09 ETRHKEECLMFESGAVAVLSSAEKEAIKGTYSKVLDAYGLLGVLRLNLGDTMLHYLVLVT 60 70 80 90 100 110 40 50 60 70 80 90 KIAA03 GCTSVGRIPDAEIYKITATDFYPLQEEAKEEERLIALKKILSSGVFYFSWPNDGSRFDLT :: :::.: ..:....:.:.: :. ....:.:. ..:.:.:: :::.: .: .::. 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KIAA08 LTHTLQRLSNTSPEFQEMSLLERADQRFVWNGHLLRELSAQPEVH--RFALPVLHGFITM 160 170 180 190 200 210 140 150 160 170 180 190 KIAA03 RTVYASHKQAKACLVSRVSCERTGTRFHTRGVNDDGHVSNFVETEQMIYMDDGVSSFVQI .. . : :.:: :: :.:.:...::....::..:::::::..... . .:::: KIAA08 HSCSINGKYFDWILISRRSCFRAGVRYYVRGIDSEGHAANFVETEQIVHYNGSKASFVQT 220 230 240 250 260 270 200 210 220 230 240 250 KIAA03 RGSVPLFWEQ-PGLQVGSHHLRLHRGLEANAPAFDRHMVLLKEQYGQQVVVNLLGSRGGE :::.:.:: : :.:. . : . . .:.::. ::.::..::....:.: KIAA08 RGSIPVFWSQRPNLKY--KPLPQISKVANHMDGFQRHFDSQVIIYGKQVIINLINQKGSE 280 290 300 310 320 330 260 270 280 290 300 310 KIAA03 EVLNRAFKKLLWASCHAGDTPMINFDFHQFAKGGKLEKLETLLRPQLKLHWEDFDVF--- . :...: .. .: .: .: ::::. :. . ..: :: :. .... : KIAA08 KPLEQTFATMV-SSLGSGMMRYIAFDFHKECKNMRWDRLSILL-DQVAEMQDELSYFLVD 340 350 360 370 380 390 320 330 340 350 360 370 KIAA03 TKGENVSPRFQKGTLRMNCLDCLDRTNTVQSFIALEVLHLQLKTLGL----SSKPIVDRF . :. :. :.:..: ::.:::::::..::..: . :. ::. ::. .. :.: KIAA08 SAGQVVAN--QEGVFRSNCMDCLDRTNVIQSLLARRSLQAQLQRLGVLHVGQKLEEQDEF 400 410 420 430 440 450 380 390 400 410 420 KIAA03 VESFKAMWSLNGHSLSKVFTGSRALE------GK-AKVGKLKDGARSMSRTIQSNFFDGV . .: :. :... .: ..:. ::. :: ...: . :: :: : ..:: :: KIAA08 EKIYKNAWADNANACAKQYAGTGALKTDFTRTGKRTHLGLIMDGWNSMIRYYKNNFSDGF 460 470 480 490 500 510 430 440 450 460 470 480 KIAA03 KQEAIKLLLVGDVYGEEVADKGGMLLDSTALLVTPRILKAMTERQSEFTNFKRIRIAMGT .:..: :.: :. .:. :.: . : .:: KIAA08 RQDSIDLFL-----GNYSVDE----LESHSPLSVPRDWKFLALPIIMVVAFSMCIICLLM 520 530 540 550 560 490 500 510 520 530 540 KIAA03 WNVNGGKQFRSNVLRTAELTDWLLDSPQLSGATDSQDDSSPADIFAVGFEEMVELSAGNI KIAA08 AGDTWTETLAYVLFWGVASIGTFFIILYNGKDFVDAPRLVQKEKID 570 580 590 600 >>KIAA0966 ( 1150 res) hj06369 (1150 aa) initn: 458 init1: 222 opt: 573 Z-score: 266.6 bits: 61.6 E(): 9.9e-10 Smith-Waterman score: 630; 32.093% identity (57.209% similar) in 430 aa overlap (55-431:171-583) 30 40 50 60 70 80 KIAA03 FLVLVTGCTSVGRIPDAEIYKITATDFYPLQEEAKEEERLIA--LKKILSSGVFYFSWPN .:. : :.::. :: ...: ::.: KIAA09 SPDDSKFLLKTFTHIKSNVSAPNKKKVKESKEKEKLERRLLEELLKMFMDSESFYYSLT- 150 160 170 180 190 90 100 110 120 130 KIAA03 DGSRFDLTVRTQKQG----DDSSEW---GNSFFWNQLLHVPLRQHQVSCCD-WLLKIICG .::: .:.:. : : . ::::. . : . . : :.. .: : KIAA09 ----YDLTNSVQRQSTGERDGRPLWQKVDDRFFWNKYMIQDLTEIGTPDVDFWIIPMIQG 200 210 220 230 240 250 140 150 160 KIAA03 VVTIRTVYASHK--------------QAKAC-----------LVSRVSCERTGTRFHTRG : :. . ... : ..: :.:: : .:.: :.. :: KIAA09 FVQIEELVVNYTESSDDEKSSPETPPQESTCVDDIHPRFLVALISRRSRHRAGMRYKRRG 260 270 280 290 300 310 170 180 190 200 210 220 KIAA03 VNDDGHVSNFVETEQMIYMDDGVSSFVQIRGSVPLFWEQPGLQVGSHHLRLHRGLEANAP :. .:.:.:.:::::.:.. . . :::: :::::.:: : : . . . :: :. . .. 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KIAA09 FTRTGERKLAGVMKDGVNSANRYYLNRFKDAYRQAVIDLMQGIPVTEDLYSIFTKEKEHE 550 560 570 580 590 600 460 470 480 490 500 510 KIAA03 TALLVTPRILKAMTERQSEFTNFKRIRIAMGTWNVNGGKQFRSNVLRTAELTDWLLDSPQ KIAA09 ALHKENQRSHQELISQLLQSYMKLLLPDDEKFHGGWALIDCDPSLIDATHRDVDVLLLLS 610 620 630 640 650 660 1443 residues in 1 query sequences 1986062 residues in 2037 library sequences Scomplib [34.26] start: Thu Dec 18 15:17:45 2008 done: Thu Dec 18 15:17:46 2008 Total Scan time: 0.810 Total Display time: 0.160 Function used was FASTA [version 34.26.5 April 26, 2007]