# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/hg01396.fasta.huge -Q ../query/KIAA0340.ptfa ./tmplib.23147 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA0340, 1053 aa vs ./tmplib.23147 library 1986452 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 9.9115+/-0.00952; mu= -3.5550+/- 0.643 mean_var=364.3064+/-87.234, 0's: 0 Z-trim: 11 B-trim: 16 in 1/39 Lambda= 0.067196 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 39, opt: 27, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA0751 ( 1200 res) hk04424 (1200) 2145 222.6 2.6e-58 KIAA0559 ( 1212 res) hh01510 (1212) 253 39.2 0.0042 KIAA0747 ( 1072 res) hk04143 (1072) 243 38.1 0.0076 >>KIAA0751 ( 1200 res) hk04424 (1200 aa) initn: 2759 init1: 1766 opt: 2145 Z-score: 1138.9 bits: 222.6 E(): 2.6e-58 Smith-Waterman score: 2886; 56.032% identity (72.970% similar) in 862 aa overlap (261-1047:34-883) 240 250 260 270 280 290 KIAA03 REKKARLQERSRSQTPLSTAAASSQDAAPPSAPPDRSKGAEPSQQALGPEQKQASSRSRS :.::. .. : :.:. .:.. : ::. KIAA07 REGEKKRKKMQFETLRQVCNSVLSHFHGVFSSPPNILQN-ELFGQTLNNARKRSPSVSRD 10 20 30 40 50 60 300 310 320 330 340 KIAA03 EPPRERKKTPGLSEQNGKGALK-SERKRVPKTSA----QPVEGAVEERERKERRESRRLE . : .. :. .. : . . : :. : : :. .. :.: : KIAA07 QNRRYDQREE--REEYSQYATSDTAMPRSPSDYADRRSQHEPQFYEDSDHLSYRDSNRRS 70 80 90 100 110 120 350 360 370 380 390 400 KIAA03 KGRSQDY---PDTPEKRDEGKAADEEKQRKEEDYQTRYRSDPNLARYPVKPPPEEQQMRM . .:..: . :.::: :.::.::.::.::::::::::::::: : :.:::. KIAA07 HRHSKEYIVDDEDVESRDE-----YERQRREEEYQSRYRSDPNLARYPVKPQPYEEQMRI 130 140 150 160 170 410 420 430 440 450 KIAA03 HARVSRARHERRHSDVALPRTEAG----AALPEGKAGKRAPAAARASPPDSPRAYSAERT ::.:::::::::::::.: .. . : . ... . : . .. :.:: ::: KIAA07 HAEVSRARHERRHSDVSLANADLEDSRISMLRMDRPSRQRSISERRAAMENQRSYSMERT 180 190 200 210 220 230 460 470 480 490 500 KIAA03 AETRAPG--AKQLTNHSPPAPRHGPVPAEAPELKAQEPLRKQSRLDPSSAV--------- :...:. :.. ::::::.::..:.: . :.:. . :::: .::::::: KIAA07 REAQGPSSYAQRTTNHSPPTPRRSPLPIDRPDLRRTDSLRKQHHLDPSSAVRKTKREKME 240 250 260 270 280 290 510 520 530 540 550 560 KIAA03 LMLRNDSLSSDQSESVRPSPPKPHRSKRGGKKRQMSVSSSEEEGVSTPEYTSCEDVELES ::::::::::::::::: :::::.::.::: ::.:.:::::: .::::::::.:::.:: KIAA07 TMLRNDSLSSDQSESVRPPPPKPHKSKKGGKMRQISLSSSEEELASTPEYTSCDDVEIES 300 310 320 330 340 350 570 580 KIAA03 ESVSEKGDL------------------------------------DYYWLDP-------- :::::::: : : .: KIAA07 ESVSEKGDSQKGKRKTSEQAVLSDSNTRSERQKEMMYFGGHSLEEDLEWSEPQIKDSGVD 360 370 380 390 400 410 590 600 610 620 630 KIAA03 ---ATWHSRETSPISSHPVTWQPSKEGDRLIGRVILNKRT---TMPKDSGALLGLKVVGG .: ..: : ..:::::::::.:::::::..:::: ..:.::::.:::::::: KIAA07 TCSSTTLNEEHSHSDKHPVTWQPSKDGDRLIGRILLNKRLKDGSVPRDSGAMLGLKVVGG 420 430 440 450 460 470 640 650 660 670 680 690 KIAA03 KMTDLGRLGAFITKVKKGSLADVVGHLRAGDEVLEWNGKPLPGATNEEVYNIILESKSEP :::. ::: :::::::::::::.::::: :::::::::. : ::: ::::::::::: :: KIAA07 KMTESGRLCAFITKVKKGSLADTVGHLRPGDEVLEWNGRLLQGATFEEVYNIILESKPEP 480 490 500 510 520 530 700 710 720 730 740 750 KIAA03 QVEIIVSRPIGDIPRIPESSHPPLESSSSSFESQKMERPSISVISPTSPGALKDAPQVLP :::..::::::::::::.:.: :::::::::::::.:::::: :: ::: :.:.:: : KIAA07 QVELVVSRPIGDIPRIPDSTHAQLESSSSSFESQKMDRPSISVTSPMSPGMLRDVPQFLS 540 550 560 570 580 590 760 770 780 790 800 810 KIAA03 GQLSVKLWYDKVGHQLIVNVLQATDLPARVDGRPRNPYVKMYFLPDRSDKSKRRTKTVKK ::::.:::.:::::::::..: : :::.: ::::::::::.:::::::::.::::::::: KIAA07 GQLSIKLWFDKVGHQLIVTILGAKDLPSREDGRPRNPYVKIYFLPDRSDKNKRRTKTVKK 600 610 620 630 640 650 820 830 840 850 860 870 KIAA03 ILEPKWNQTFVYSHVHRRDFRERMLEITVWDQPRVQEEESEFLGEILIELETALLDDEPH :::::::::.:: ::::.:::::::::.::: ::.:::::::::::::::::::::::: KIAA07 TLEPKWNQTFIYSPVHRREFRERMLEITLWDQARVREEESEFLGEILIELETALLDDEPH 660 670 680 690 700 710 880 890 900 910 920 930 KIAA03 WYKLQTHDESSLPLPQPSPFMPRRHIHGESSSKKLQRSQRISDSDISDYEVDDGIGVVPP :::::::: ::::::.:::.::::..:::: ...::::.:::::..:::. ::::::: KIAA07 WYKLQTHDVSSLPLPHPSPYMPRRQLHGESPTRRLQRSKRISDSEVSDYDCDDGIGVVS- 720 730 740 750 760 770 940 950 960 970 980 990 KIAA03 VGYRSSARESKSTTLTVPEQQRTTHHRSRSVSPHRGNDQGKPRSRLPNVPLQRSLDEIHP :: ..:. .:.::.:::: ...: : : :::: . :. :: :.:: .: . . KIAA07 -DYRHDGRDLQSSTLSVPEQVMSSNHCSPSGSPHRVDVIGRTRSWSPSVPPPQSRNVEQG 780 790 800 810 820 830 1000 1010 1020 1030 1040 1050 KIAA03 TRRSRSPTRHHDASRSPVDHRTRDVDSQYLSEQDSELLMLPRA--KRGRSAECLHTTR : .:. : :.. . : .: : : .:..: ..: . : .:.::.: KIAA07 LRGTRTMTGHYN-TISRMD-RHRVMDDHYSPDRDRDCEAADRQPYHRSRSTEQRPLLERT 840 850 860 870 880 890 KIAA07 TTRSRSTERPDTNLMRSMPSLMTGRSAPPSPALSRSHPRTGSVQTSPSSTPVAGRRGRQL 900 910 920 930 940 950 >>KIAA0559 ( 1212 res) hh01510 (1212 aa) initn: 526 init1: 160 opt: 253 Z-score: 147.5 bits: 39.2 E(): 0.0042 Smith-Waterman score: 490; 26.949% identity (51.186% similar) in 590 aa overlap (413-913:583-1145) 390 400 410 420 430 440 KIAA03 DPNLARYPVKPPPEEQQMRMHARVSRARHERRHSDVALPRTEAGAALPEGKAGKRAPAAA .: :. . : .: : . ..: ..: KIAA05 QDEADKPYSSGSRSRPSSRPSSVYGLDLSIKRDSSSSSLRLKAQEAEALDVSFSHASSSA 560 570 580 590 600 610 450 460 470 480 490 500 KIAA03 RASPPDSPRAYSAERTAETRAPGAKQLTNH-SPPAPRHGPVPAEAPELKAQEPLRKQSRL :..: . : . : . : : . : ... :: .: :. :. ..: KIAA05 RTKPTSLPISQS-----RGRIPIVAQNSEEESPLSPVGQPMGMARAAAGPLPPISADTR- 620 630 640 650 660 510 520 530 540 550 560 KIAA03 DPSSAVLMLRNDSLSSDQSESVRPSPPKPHRSKRGGKKRQMSVSSSEEEGVSTPEYTSCE :...:..: . . . :: . . .. ....: : . KIAA05 -----------DQFGSSHSLPEVQQHMREESRTRGYDRDIAFIMDDFQHAMSDSEAYHLR 670 680 690 700 710 570 580 590 600 610 KIAA03 DVELE-----SESVSEKGD-LDYYWLDPATWHSRETSPISSHPVTWQPSKEGDRLIGRVI : . :: :.: :: : ::: :.:.: : . . . . .. KIAA05 REETDWFDKPRESRLENGHGLDRK-LPERLVHSR---PLSQHQE--QIIQMNGKTMHYIF 720 730 740 750 760 620 630 640 650 660 KIAA03 LNKRTTMPKDS------GALLGLKVVGGKMTD--LGRLGAFITKVKKGSLADVVGHLRAG . : . .:: : ::...:::: :..::.:.:. :. :. .:.: : KIAA05 PHARIKITRDSKDHTVSGNGLGIRIVGGKEIPGHSGEIGAYIAKILPGGSAEQTGKLMEG 770 780 790 800 810 820 670 680 690 700 710 KIAA03 DEVLEWNGKPLPGATNEEVYNIILESKSEPQVEI-----IVSRP-------IGDIPR-IP .:::::: :: . : ::: .:: ....: .. . ..: . . :. . KIAA05 MQVLEWNGIPLTSKTYEEVQSIISQQSGEAEICVRLDLNMLSDSENSQHLELHEPPKAVD 830 840 850 860 870 880 720 730 740 750 KIAA03 ESSHPPLESSSSSFESQKM---ERP---------------------SISVISPTSPGALK ... : .. .. . : ::. . : : :: :: .::. . KIAA05 KAKSPGVDPKQLAAELQKVSLQQSPLVLSSVVEKGSHVHSGPTSAGSSSVPSPGQPGSPS 890 900 910 920 930 940 760 770 780 790 KIAA03 ------------DAPQVL--P--GQLSVKLWYDKVGHQLIVNVLQATDLPARVDGRPRNP :. .:. : :...... :: .:. ::...::: .: : .. .: KIAA05 VSKKKHGSSKPTDGTKVVSHPITGEIQLQINYD-LGN-LIIHILQARNLVPRDNNGYSDP 950 960 970 980 990 1000 800 810 820 830 840 KIAA03 YVKMYFLPDR---------SDKSKRRTKTVKKILEPKWNQTFVYSHVHRRDFRERMLEIT .::.:.:: : : . ::::: :.: :.:.:::: .:. . ...... ::.: KIAA05 FVKVYLLPGRGQVMVVQNASAEYKRRTKHVQKSLNPEWNQTVIYKSISMEQLKKKTLEVT 1010 1020 1030 1040 1050 1060 850 860 870 880 890 KIAA03 VWDQPRVQEEESEFLGEILIELE-TALLDDEPHWYKLQTHDES-----------SLPLPQ ::: : . ..::::.::.: :. ::. :.:: :. . :: : :. KIAA05 VWDYDRFS--SNDFLGEVLIDLSSTSHLDNTPRWYPLKEQTESIDHGKSHSSQSSQQSPK 1070 1080 1090 1100 1110 1120 900 910 920 930 940 950 KIAA03 PSPFMPRRHIHGESSSKKLQRSQRISDSDISDYEVDDGIGVVPPVGYRSSARESKSTTLT :: . : : . :: .: KIAA05 PSVIKSRSHGIFPDPSKDMQVPTIEKSHSSPGSSKSSSEGHLRSHGPSRSQSKTSVTQTH 1130 1140 1150 1160 1170 1180 >>KIAA0747 ( 1072 res) hk04143 (1072 aa) initn: 182 init1: 121 opt: 243 Z-score: 142.9 bits: 38.1 E(): 0.0076 Smith-Waterman score: 243; 30.693% identity (57.921% similar) in 202 aa overlap (698-888:877-1071) 670 680 690 700 710 720 KIAA03 DEVLEWNGKPLPGATNEEVYNIILESKSEPQVEIIVSRPIGDIPRIPESSHPPLESSSSS :. :.::. : . :: .:::: KIAA07 PLSELLVADQLCLDRWFTLSSGQGQVLLRAQLGILVSQHSG----VEAHSHSYSHSSSSL 850 860 870 880 890 900 730 740 750 760 770 KIAA03 FESQKMER--PSISVISPTSPGALK--DAPQVLP----GQLSVKLWYDKVGHQLIVNVLQ : .. : :. .: : :.: : ::... ::: . ..:. : KIAA07 SEEPELSGGPPHITSSAPELRQRLTHVDSPLEAPAGPLGQVKLTLWYYSEERKLVSIVHG 910 920 930 940 950 960 780 790 800 810 820 830 KIAA03 ATDLPARVDGR-PRNPYVKMYFLPDRSDKSKRRTKTVKKILEPKWNQTFVYSHVHRRDFR .: : .:: : .:::.. .:::.. .::::. :. : :..:. : . .. . . KIAA07 CRSL--RQNGRDPPDPYVSLLLLPDKNRGTKRRTSQKKRTLSPEFNERFEW-ELPLDEAQ 970 980 990 1000 1010 840 850 860 870 880 890 KIAA03 ERMLEITVWDQPRVQEEESEFLGEILIEL-ETALLDDEPHWYKLQTH-DESSLPLPQPSP .: :...: .. . .: :.::.. ..: :: : . .:: :. . :..: KIAA07 RRKLDVSVKSNSSFMSRERELLGKVQLDLAETDLSQGVARWYDLMDNKDKGSS 1020 1030 1040 1050 1060 1070 900 910 920 930 940 950 KIAA03 FMPRRHIHGESSSKKLQRSQRISDSDISDYEVDDGIGVVPPVGYRSSARESKSTTLTVPE 1053 residues in 1 query sequences 1986452 residues in 2037 library sequences Scomplib [34.26] start: Thu Dec 18 15:17:22 2008 done: Thu Dec 18 15:17:23 2008 Total Scan time: 0.700 Total Display time: 0.120 Function used was FASTA [version 34.26.5 April 26, 2007]