# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/hg01304mrp1.fasta.huge -Q ../query/KIAA0339.ptfa ./tmplib.23147 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA0339, 1709 aa vs ./tmplib.23147 library 1985796 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 18.8601+/- 0.015; mu= -48.5687+/- 1.015 mean_var=904.7069+/-214.979, 0's: 0 Z-trim: 19 B-trim: 8 in 1/39 Lambda= 0.042640 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 41, opt: 29, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA1076 ( 804 res) hj06779 ( 804) 1527 110.4 1.7e-24 KIAA0304 ( 2415 res) af07172 (2415) 550 50.6 4.9e-06 >>KIAA1076 ( 804 res) hj06779 (804 aa) initn: 1494 init1: 919 opt: 1527 Z-score: 531.9 bits: 110.4 E(): 1.7e-24 Smith-Waterman score: 1638; 40.525% identity (55.594% similar) in 876 aa overlap (907-1709:3-804) 880 890 900 910 920 930 KIAA03 IEAFAFGSGLRGALRLPSFKVKRKEPSEISEASEEKRPRPSTPAEE----DEDDPEQEKE :.: :. : : :: .:.. :.:.: KIAA10 EFESSSESSPSSSEDEEEVVAREEEEEEEEEE 10 20 30 940 950 960 970 980 990 KIAA03 AGEPGRPGTKPPKRDEERGKTQGKHRKSFALDSEGEEASQESSSEKDEEDDEEDEE--DE .. :. :. :. . . :.:: : : :: : : : : KIAA10 MVAEESMASAGPEDFEQDGEEAALAPGAPAVDSLGME----------EEVDIETEAVAPE 40 50 60 70 80 1000 1010 1020 1030 1040 1050 KIAA03 DREEAVDTTKKETEVSDGEDEESDSSSKCSLYADSDGENDSTSDSESSSSSSSSSSSSSS .: .: : . : .: .:: . .. ..:.. : .. KIAA10 ERPSMLD----EPPLPVGVEEPADSR---------EPPEEPGLSQEGAMLLSPEPPAKEV 90 100 110 120 1060 1070 1080 1090 1100 KIAA03 SSSSSSSSSSESSSEDEEEEERPAALPSASPPPREVPVPTPAPVEVPVPERV-AGSP-VT . : . : : : : :: :: : : : : :: . :. : : KIAA10 EARPPLSPERAPEHDLEVEPEPPMMLPLPLQPPLPPPRPPRPPSPPPEPETTDASHPSVP 130 140 150 160 170 180 1110 1120 1130 1140 KIAA03 PLPEQEASPAR-----------------PAGPTEESPPSA-----PLRPPEPPAGP---P : : : : . :: : : : :. : :. :..: : KIAA10 PEPLAEDHPPHTPGLCGSLAKSQSTETVPATPGGEPPLSGGSSGLSLSSPQVPGSPFSYP 190 200 210 220 230 240 1150 1160 1170 KIAA03 APAP--------RPDER----------PSSPI--PLLPPPKKRRKTVS---FSAIEV--- ::.: : : ::.:. :. : : :: : : . . KIAA10 APSPSLSSGGLPRTPGRDFSFTPTFSEPSGPLLLPVCPLPTGRRDERSGPLASPVLLETG 250 260 270 280 290 300 1180 1190 1200 1210 1220 1230 KIAA03 VPAPEPPPATPPQAKFPGP--ASRKAPRGVERTIRNLPLDHASLVKSWPEEVSRGGRSRA .: : : : : : .:. :. .:: . :: : :.. : . :: : KIAA10 LPLPLPLPLPLPLA-LPAVLRAQARAPTPLP------PLLPAPLASCPPPMKRKPGRPRR 310 320 330 340 350 360 1240 1250 1260 1270 1280 1290 KIAA03 GGRGRLTEEEE-AEPGTEVDLAVLADLALTPARRGLPALPAVEDSEATETSDEAERPRPL . . :. . ..: . . :. .: : :.. :..:...: :: KIAA10 SPPSMLSLDGPLVRPPAGAALG--RELLLLPGQPQTPVFPSTHD------------PRT- 370 380 390 400 1300 1310 1320 1330 1340 1350 KIAA03 LSHILLEHNYALAVKPTPPAPALRPPEPVPAPAALFSSPADEVLEA-PEVVVAEAEEPKP . :. : : :: : :: : : :. . : :. . : .:: : : KIAA10 ---VTLDFRNAGIPAPPPPLPPQPPPPPPPPPVEPTKLPFKELDNQWP----SEAIPPGP 410 420 430 440 450 460 1360 1370 1380 1390 1400 1410 KIAA03 QQLQQQREEGEEEGEEEGEEEEEESSDSSSSSDGEGALRRRSLRSHARRRRPPPPPPPPP . :..: :: : . : .: :: . : : : : KIAA10 R------------GRDEVTEEYMELAKS------RGPWRRPPKKRHEDLVPPAGSPELSP 470 480 490 500 1420 1430 1440 1450 1460 1470 KIAA03 PRA-YEPRSEFEQMTILYDIWNSGLDSEDMSYLRLTYERLLQQTSGADWLNDTHWVHHTI :. ..::::::.:::::::::.:.: ::. .: .:::::::: .: :::::: ::.: KIAA10 PQPLFRPRSEFEEMTILYDIWNGGIDEEDIRFLCVTYERLLQQDNGMDWLNDTLWVYHPS 510 520 530 540 550 560 1480 1490 1500 1510 1520 1530 KIAA03 TNLTTPKRKRRPQDGPREHQTGSARSEGYYPISKKEKDKYLDVCPVSARQLEGVDTQG-- :.:.. :.:.: .:: ::: :: :::::.: :.::.: .::. .:. . .:::: KIAA10 TSLSSAKKKKR-DDGIREHVTGCARSEGFYTIDKKDKLRYLNSSRASTDE-PPADTQGMS 570 580 590 600 610 620 1540 1550 1560 1570 1580 KIAA03 -------TNRVLSERRSEQRRLLSAIGTSAIMDSDLLKLNQLKFRKKKLRFGRSRIHEWG ..:. ::::::::::::.. : ::::::.::::::::::.: .:.::.:: KIAA10 IPAQPHASTRAGSERRSEQRRLLSSFTGSC--DSDLLKFNQLKFRKKKLKFCKSHIHDWG 630 640 650 660 670 1590 1600 1610 1620 1630 1640 KIAA03 LFAMEPIAADEMVIEYVGQNIRQMVADMREKRYVQEGIGSSYLFRVDHDTIIDATKCGNL :::::::::::::::::::::::..:::::::: .:::::::.::::::::::::::::. KIAA10 LFAMEPIAADEMVIEYVGQNIRQVIADMREKRYEDEGIGSSYMFRVDHDTIIDATKCGNF 680 690 700 710 720 730 1650 1660 1670 1680 1690 1700 KIAA03 ARFINHCCTPNCYAKVITIESQKKIVIYSKQPIGVDEEITYDYKFPLEDNKIPCLCGTES :::::: :.:::::::::.:::::::::::: :.:.::::::::::.:: :::::::.:. KIAA10 ARFINHSCNPNCYAKVITVESQKKIVIYSKQHINVNEEITYDYKFPIEDVKIPCLCGSEN 740 750 760 770 780 790 KIAA03 CRGSLN :::.:: KIAA10 CRGTLN 800 >>KIAA0304 ( 2415 res) af07172 (2415 aa) initn: 619 init1: 279 opt: 550 Z-score: 200.2 bits: 50.6 E(): 4.9e-06 Smith-Waterman score: 595; 26.368% identity (47.593% similar) in 914 aa overlap (884-1709:1561-2415) 860 870 880 890 900 910 KIAA03 KTKLKEPGLLSLVDWAKSGGTTGIEAFAFGSGLRGALRLPSFKVKRKEPSEISEASEEKR :: : ...:... .:. . .: . . KIAA03 APERHSPIQNLDPPLRPDSGSAPPPAPRSFSGAR--IKVPNYSPSRRPLGGVSFGPLPSP 1540 1550 1560 1570 1580 920 930 940 950 960 KIAA03 PRPST-----PAEEDEDDPEQEKEAGEPG----RPG----TKPPKRDEERGKTQGKHRKS ::. :. : : : ... .:. :: ..:: . . .. KIAA03 GSPSSLTHHIPTVGDPDFPAPPRRSRRPSPLAPRPPPSRWASPPLKTSPQLRVPPPTSVV 1590 1600 1610 1620 1630 1640 970 980 990 1000 1010 KIAA03 FALD-SEGEEASQ-ESSSEKDEEDDEEDEEDEDREEAVDTTKKETEVSD-GEDEESDSSS :: . :: : . : :: : :: . ..... . .: : . .. KIAA03 TALTPTSGELAPPGPAPSPPPPEDLGPDFEDMEVVSGLSAADLDFAASLLGTEPFQEEIV 1650 1660 1670 1680 1690 1700 1020 1030 1040 1050 1060 KIAA03 KCSLYADSDGENDSTSDSESSSSS-------SSSSSSSSSSSSSSSSSSSE--------S . ...: : ..:. ::: .: . :. . . :.. .. : . KIAA03 AAGAMGSSHGGPGDSSEEESSPTSRYIHFPVTVVSAPGLAPSATPGAPRIEQLDGVDDGT 1710 1720 1730 1740 1750 1760 1070 1080 1090 1100 1110 1120 KIAA03 SSEDEE-EEERPAALPSASPPPREVPVPTPAPVEVPVPERVAGSPVTPLPEQEASPARP- .:: : .. : . : ..: .. : : .. :: . . : . .. ..:. KIAA03 DSEAEAVQQPRGQGTPPSGPGVVRAGVLGAAGDRARPPEDLPSEIVDFVLKNLGGPGDGG 1770 1780 1790 1800 1810 1820 1130 1140 1150 1160 KIAA03 AGPTEES-PPSAPL----RPPEPPAGPPAPAPR--------PDERPSSPIPLLPPPKKRR ::: ::: ::. :: .: . .. :: : : : : : ::: KIAA03 AGPREESLPPAPPLANGSQPSQGLTASPADPTRTFAWLPGAPGVRVLSLGPAPEPPKPAT 1830 1840 1850 1860 1870 1880 1170 1180 1190 1200 1210 KIAA03 KTV--------SFSAI----EVVPAPEPPPATPPQAKFPGPASRKAPRGVERTIRNLPLD . . : . : :: : : :: . .:.: : : . ::. KIAA03 SKIILVNKLGQVFVKMAGEGEPVPPPVKQPPLPPTISPTAPTSWTLPPGPLLGV--LPV- 1890 1900 1910 1920 1930 1940 1220 1230 1240 1250 1260 1270 KIAA03 HASLVKSWPEEVSRGGRSRAGGRGRLTEEEEAEPGTEVDLAVLADLALTPARRGLPALPA ...:. : :: . :.. :. . . : . :. :: : KIAA03 -VGVVRPAPPPPPPP----------LTLVLSSGPASPPRQAIRVKRVSTFSGRSPPAPPP 1950 1960 1970 1980 1990 1280 1290 1300 1310 1320 KIAA03 V------EDSEATETSDEAERP---RPLLSHILLEHNYALAV----KPTPPAPALRPPEP ::.::.: : . : .:.. .. . .: .: :: . . : : KIAA03 YKAPRLDEDGEASE--DTPQVPGLGSGGFSRVRMKTPTVRGVLDLDRPGEPA-GEESPGP 2000 2010 2020 2030 2040 2050 1330 1340 1350 1360 1370 1380 KIAA03 VPAPAALFSSPADEVLEAPEVVVAEAEEPKPQQLQQQREEGEEEGEEEGEEEEEESSDSS . . :. : : ..:. : .: . . . :: . ::: : : KIAA03 LQERSPLLPLPEDGPPQVPD---------GPPDLLLESQWHHYSGEASSSEEEPPSPD-- 2060 2070 2080 2090 2100 1390 1400 1410 1420 1430 KIAA03 SSSDGEGALRRRSLRSHARRRRPPPPPPPPPPRAYEPRSE--FE-QMTILYDIWNSGLDS : :. .:. : : .: :: : . : : . ... KIAA03 ---DKENQAPKRT-GPHLR---------------FEISSEDGFSVEAESLEGAWRTLIEK 2110 2120 2130 2140 1440 1450 1460 1470 1480 1490 KIAA03 --EDMSYLRLTYERLLQQTSGADWLNDTHWVHHTITNLTT---PKRKRRPQDGPREHQTG : .. :: . . . ::: :. .:: . . . : .: . : :: : KIAA03 VQEARGHARLRHLSF-SGMSGARLLG----IHHDAVIFLAEQLPGAQRCQHYKFRYHQQG 2150 2160 2170 2180 2190 1500 1510 1520 1530 1540 KIAA03 SARSEG-YYPISKKEKDKYLDVCPVSARQLEGVDTQGTNRVLSE-----RRSEQRRLLSA .. : : . . . :: : . .. . .: .::: : .. .. .: :. KIAA03 EGQEEPPLNPHGAARAEVYLRKCTFDMFNF--LASQ--HRVLPEGATCDEEEDEVQLRST 2200 2210 2220 2230 2240 2250 1550 1560 1570 1580 1590 1600 KIAA03 IGTSAIMDSDLLKLNQLK-FRKKKLRFGRSRIHEWGLFAMEPIAADEMVIEYVGQNIRQM .... ... .:: :. . :: :: ::: . : : :::::: : ::.. KIAA03 RRATSLELPMAMRFRHLKKTSKEAVGVYRSAIHGRGLFCKRNIDAGEMVIEYSGIVIRSV 2260 2270 2280 2290 2300 2310 1610 1620 1630 1640 1650 1660 KIAA03 VADMREKRYVQEGIGSSYLFRVDHDTIIDATKCGNLARFINHCCTPNCYAKVITIESQKK ..: ::: : .::: :.::.: ..::: :: :::::: : :::...:: .:.::. KIAA03 LTDKREKFYDGKGIGC-YMFRMDDFDVVDATMHGNAARFINHSCEPNCFSRVIHVEGQKH 2320 2330 2340 2350 2360 2370 1670 1680 1690 1700 KIAA03 IVIYSKQPIGVDEEITYDYKFPLED--NKIPCLCGTESCRGSLN :::.. . : ::.:::::::.:: ::.:: ::.. :: :: KIAA03 IVIFALRRILRGEELTYDYKFPIEDASNKLPCNCGAKRCRRFLN 2380 2390 2400 2410 1709 residues in 1 query sequences 1985796 residues in 2037 library sequences Scomplib [34.26] start: Thu Dec 18 15:17:19 2008 done: Thu Dec 18 15:17:20 2008 Total Scan time: 0.970 Total Display time: 0.180 Function used was FASTA [version 34.26.5 April 26, 2007]