# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/pf00495.fasta.huge -Q ../query/KIAA0335.ptfa ./tmplib.23147 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA0335, 1484 aa vs ./tmplib.23147 library 1986021 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.4619+/-0.00757; mu= 17.8891+/- 0.518 mean_var=219.3891+/-55.341, 0's: 0 Z-trim: 47 B-trim: 5 in 1/39 Lambda= 0.086590 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 40, opt: 28, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA1729 ( 1020 res) pg00954 (1020) 353 58.5 7.6e-09 KIAA1982 ( 599 res) fk06527(revised) ( 599) 269 47.6 8.5e-06 KIAA1829 ( 557 res) hj00069 ( 557) 262 46.7 1.5e-05 KIAA1969 ( 595 res) fk06944 ( 595) 261 46.6 1.7e-05 KIAA0426 ( 613 res) hh01274 ( 613) 261 46.6 1.7e-05 KIAA1806 ( 481 res) fk00438 ( 481) 258 46.1 2e-05 KIAA1431 ( 891 res) fj00022 ( 891) 258 46.5 2.7e-05 KIAA2003 ( 460 res) ah02593 ( 460) 254 45.5 2.7e-05 KIAA1956 ( 680 res) fk08713 ( 680) 250 45.3 4.7e-05 KIAA1710 ( 515 res) fj18457 ( 515) 244 44.4 6.9e-05 KIAA0478 ( 1253 res) hh05955 (1253) 248 45.5 7.4e-05 KIAA1962 ( 746 res) hm00158 ( 746) 244 44.6 8.2e-05 KIAA2033 ( 766 res) ej00602s1 ( 766) 244 44.7 8.3e-05 KIAA1141 ( 914 res) hk01833 ( 914) 243 44.7 9.8e-05 KIAA0326 ( 927 res) hg00579 ( 927) 241 44.4 0.00012 KIAA1852 ( 948 res) fj01514 ( 948) 236 43.8 0.00018 KIAA1611 ( 813 res) fj12627 ( 813) 235 43.6 0.00019 KIAA0236 ( 1696 res) ha04654 (1696) 237 44.4 0.00022 KIAA0198 ( 562 res) ha02521 ( 562) 225 42.1 0.00037 KIAA1871 ( 821 res) hj05256s1 ( 821) 227 42.6 0.00037 KIAA2007 ( 580 res) fj01689 ( 580) 223 41.8 0.00045 KIAA1874 ( 579 res) hk07257s1 ( 579) 220 41.5 0.00058 KIAA1473 ( 574 res) fj03262 ( 574) 216 40.9 0.00082 KIAA0924 ( 617 res) hh02883 ( 617) 211 40.4 0.0013 KIAA1388 ( 599 res) fj06552 ( 599) 210 40.2 0.0014 KIAA1703 ( 1165 res) fj16891 (1165) 209 40.6 0.0021 KIAA1948 ( 487 res) fh24556 ( 487) 203 39.2 0.0023 KIAA1979 ( 309 res) fj09511 ( 309) 200 38.5 0.0024 KIAA1349 ( 752 res) fj00940 ( 752) 202 39.4 0.0031 KIAA1954 ( 468 res) fk02322 ( 468) 199 38.7 0.0032 KIAA1339 ( 409 res) fj00071 ( 409) 197 38.3 0.0036 KIAA1485 ( 1104 res) fj07037 (1104) 201 39.6 0.0041 KIAA1588 ( 613 res) fj08823 ( 613) 195 38.4 0.0052 KIAA1221 ( 1282 res) fh03522 (1282) 198 39.3 0.0057 KIAA1675 ( 1286 res) ae00102 (1286) 198 39.3 0.0057 KIAA1615 ( 484 res) fj13419 ( 484) 191 37.7 0.0066 KIAA1020 ( 638 res) fg00473s1 ( 638) 191 37.9 0.0075 KIAA1508 ( 573 res) hk06576 ( 573) 190 37.7 0.0078 KIAA1782 ( 545 res) aj00273 ( 545) 189 37.5 0.0083 >>KIAA1729 ( 1020 res) pg00954 (1020 aa) initn: 875 init1: 316 opt: 353 Z-score: 250.7 bits: 58.5 E(): 7.6e-09 Smith-Waterman score: 681; 24.035% identity (47.706% similar) in 1373 aa overlap (121-1483:5-1015) 100 110 120 130 140 150 KIAA03 VSCVEECTLLHKSERAEEEGVKMSAKILNFSCLKCRDNTRYSPNDLQKHFQMWHHGELPS .: ::.. . : .:::: :. 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KIAA17 SNRK-TKSRVARKAHVATPVLI------------PKGAVLRVLNSSENAHIIEATCEAPV 700 710 720 730 740 1170 1180 1190 1200 1210 1220 KIAA03 SVSNSASSLQKDNVPSNQIIGGEQK-EPESRDALPFLLDDLMPANEIVITSTATCPESSE :. : .: : :: . ... .: . :. :. : . : KIAA17 SIPCSERQLIKP-VPFCPVRQADSDLQPLRSERGPI---DMSP--------------NIE 750 760 770 780 1230 1240 1250 1260 1270 1280 KIAA03 EPICVSDCSESRVLRCKTNCRIERNFNRKKTSKKIFSKTKTHGSKDSETAFVSRNRNCKR :. . .:: : :.: : . .. : :. . .: :.. .:::.. 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KIAA17 Y-------QNAEEASQIKRQMMLKMKLKKVHKNNYQVVDSLPDDSSQCVFKCWFCGRLYE 940 950 960 970 980 990 1470 1480 KIAA03 NQDTWAGHGQRHLMEATRDWNMLE .:. : .::::::.::::::..: KIAA17 DQEEWMSHGQRHLIEATRDWDVLSSKGK 1000 1010 1020 >>KIAA1982 ( 599 res) fk06527(revised) (599 aa) initn: 133 init1: 133 opt: 269 Z-score: 196.0 bits: 47.6 E(): 8.5e-06 Smith-Waterman score: 285; 24.679% identity (52.244% similar) in 312 aa overlap (120-421:233-528) 90 100 110 120 130 140 KIAA03 TVSCVEECTLLHKSERAEEEGVKMSAKILNFSCLKCRDNTRYSPNDLQKHFQMWHHGELP ..: .: . : : : : : .. : :: : KIAA19 KPYTCEVCGKAFRQSAILYVHRRIHTGEKPYTCEECGKTFRQSAN-LYVHRRI-HTGEKP 210 220 230 240 250 260 150 160 170 180 190 200 KIAA03 SYPCEMCNFSANDFQVFKQHRRTHRST-LVKCDICNNESV-YTLLNLTKHFTSTHCVNGN : :: :. . . . ..::.. : . : ::. :... : :: :: :.. . . 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KIAA19 HTGKKPFKCKKCGKSFCMLLHLS-QHKRIHIRENSYQCEECGKAFKWFSTLTRHKRIHTG 220 230 240 250 260 270 90 100 110 120 130 140 KIAA03 IKTVSCVEEC--TLLHKSERAEEEGVKMSAKILNFSCLKCRDNTRYSPNDLQKHFQMWHH : .: ::: .. ..: . .. .. . : . : .: : . : : .. : KIAA19 EKPFKC-EECGKAFKQSSTLTTHKIIHTGEK--PYRCEECGKAFNRS-SHLTTH-KIIHT 280 290 300 310 320 330 150 160 170 180 190 200 KIAA03 GELPSYPCEMCNFSANDFQVFKQHRRTHRSTL-VKCDICNNESVYTLLNLTKHFTSTHCV :: : : :: :. . :. .... :. : . ::. :. .. . :::: : KIAA19 GEKP-YKCEECGKAFNQSSTLSTHKFIHAGEKPYKCEECD-KAFNRFSYLTKH-KIIHTG 340 350 360 370 380 210 220 230 240 250 260 KIAA03 NGNFQCEKCKFSTQDVGTFVQHIHRHN-EIHYKCGKCHHVCFTKGELQKHLHIHSGTFPF . ...::.: . . .:...: . :. : ::: : .. ...: : ::.: :. 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