# /hgtech/tools/fasta-34.26.5_v890/fasta34_t -T 8 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/hg00605.fasta.nr -Q ../query/KIAA0327.ptfa /cdna2/lib/nr/nr 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA0327, 898 aa vs /cdna2/lib/nr/nr library 2693465022 residues in 7827732 sequences statistics sampled from 60000 to 7823341 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.2937+/-0.000182; mu= 13.0251+/- 0.010 mean_var=73.1934+/-14.389, 0's: 49 Z-trim: 82 B-trim: 41 in 1/65 Lambda= 0.149913 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 38, opt: 26, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(7827732) gi|5457078|gb|AAD43775.1|AF152515_1 protocadherin ( 820) 5304 1157.0 0 gi|37999835|sp|Q9Y5G5.1|PCDG8_HUMAN RecName: Full= ( 932) 5234 1141.9 0 gi|62510865|sp|Q5DRB2.1|PCDG8_PANTR RecName: Full= ( 932) 5131 1119.6 0 gi|109079072|ref|XP_001092936.1| PREDICTED: simila ( 820) 5088 1110.2 0 gi|149726789|ref|XP_001502169.1| PREDICTED: simila ( 824) 4416 964.9 0 gi|148743906|gb|AAI42515.1| PCDHGA8 protein [Bos t ( 932) 4401 961.7 0 gi|149017333|gb|EDL76384.1| rCG49295, isoform CRA_ ( 870) 4287 937.0 0 gi|50512412|gb|AAT77601.1| protocadherin gamma a8 ( 932) 4287 937.0 0 gi|13876342|gb|AAK26091.1| protocadherin gamma A8 ( 932) 4284 936.4 0 gi|32451623|gb|AAH54555.1| Protocadherin gamma sub ( 932) 4275 934.5 0 gi|73949431|ref|XP_849455.1| PREDICTED: similar to ( 887) 4263 931.8 0 gi|2190018|dbj|BAA20359.1| protocadherin 4 [Rattus ( 928) 4115 899.8 0 gi|194668985|ref|XP_875552.3| PREDICTED: similar t ( 816) 4076 891.4 0 gi|5457080|gb|AAD43776.1|AF152516_1 protocadherin ( 828) 4052 886.2 0 gi|37999834|sp|Q9Y5G4.1|PCDG9_HUMAN RecName: Full= ( 932) 4052 886.2 0 gi|62510864|sp|Q5DRB1.1|PCDG9_PANTR RecName: Full= ( 932) 4048 885.4 0 gi|194219795|ref|XP_001917801.1| PREDICTED: protoc ( 830) 4046 884.9 0 gi|55727383|emb|CAH90447.1| hypothetical protein [ ( 933) 4034 882.3 0 gi|109079022|ref|XP_001088670.1| PREDICTED: simila ( 863) 4027 880.8 0 gi|13876344|gb|AAK26092.1| protocadherin gamma A9 ( 932) 3926 859.0 0 gi|148678194|gb|EDL10141.1| mCG133388, isoform CRA ( 932) 3923 858.3 0 gi|194219791|ref|XP_001917796.1| PREDICTED: protoc ( 860) 3902 853.8 0 gi|194219806|ref|XP_001917813.1| PREDICTED: simila ( 866) 3900 853.3 0 gi|149017337|gb|EDL76388.1| rCG49295, isoform CRA_ ( 869) 3885 850.1 0 gi|50512414|gb|AAT77602.1| protocadherin gamma a9 ( 931) 3885 850.1 0 gi|76690439|ref|XP_583591.2| PREDICTED: similar to ( 815) 3862 845.1 0 gi|76623338|ref|XP_588061.2| PREDICTED: similar to ( 825) 3833 838.8 0 gi|114602361|ref|XP_001148467.1| PREDICTED: simila ( 817) 3816 835.1 0 gi|5457055|gb|AAD43764.1|AF152503_1 protocadherin ( 850) 3812 834.3 0 gi|37999843|sp|Q9Y5H3.1|PCDGA_HUMAN RecName: Full= ( 936) 3812 834.3 0 gi|62739798|gb|AAH93875.1| Protocadherin gamma sub ( 850) 3811 834.1 0 gi|62510866|sp|Q5DRB3.1|PCDG7_PANTR RecName: Full= ( 932) 3803 832.4 0 gi|62510874|sp|Q5DRC1.1|PCDGA_PANTR RecName: Full= ( 936) 3798 831.3 0 gi|5457076|gb|AAD43774.1|AF152514_1 protocadherin ( 817) 3790 829.5 0 gi|37999836|sp|Q9Y5G6.1|PCDG7_HUMAN RecName: Full= ( 932) 3778 827.0 0 gi|13876324|gb|AAK26082.1| protocadherin gamma A10 ( 930) 3766 824.4 0 gi|114602357|ref|XP_001149666.1| PREDICTED: protoc ( 818) 3765 824.1 0 gi|5457068|gb|AAD43770.1|AF152510_1 protocadherin ( 829) 3765 824.1 0 gi|5457074|gb|AAD43773.1|AF152513_1 protocadherin ( 818) 3764 823.9 0 gi|148678185|gb|EDL10132.1| mCG133388, isoform CRA ( 930) 3762 823.5 0 gi|5457070|gb|AAD43771.1|AF152511_1 protocadherin ( 820) 3755 821.9 0 gi|37999839|sp|Q9Y5G9.1|PCDG4_HUMAN RecName: Full= ( 931) 3755 822.0 0 gi|127138659|ref|NP_001076033.1| protocadherin gam ( 932) 3754 821.8 0 gi|114602345|ref|XP_001149029.1| PREDICTED: simila ( 851) 3753 821.5 0 gi|37999837|sp|Q9Y5G7.1|PCDG6_HUMAN RecName: Full= ( 932) 3753 821.6 0 gi|62087936|dbj|BAD92415.1| protocadherin gamma su ( 950) 3753 821.6 0 gi|127139358|ref|NP_001076029.1| protocadherin gam ( 962) 3753 821.6 0 gi|194219801|ref|XP_001917807.1| PREDICTED: protoc ( 837) 3752 821.3 0 gi|109079006|ref|XP_001088343.1| PREDICTED: simila ( 838) 3752 821.3 0 gi|62510869|sp|Q5DRB6.1|PCDG4_PANTR RecName: Full= ( 931) 3751 821.1 0 >>gi|5457078|gb|AAD43775.1|AF152515_1 protocadherin gamm (820 aa) initn: 5304 init1: 5304 opt: 5304 Z-score: 6192.9 bits: 1157.0 E(): 0 Smith-Waterman score: 5304; 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