# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/fh25236.fasta.huge -Q ../query/KIAA0291.ptfa ./tmplib.23147 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA0291, 1024 aa vs ./tmplib.23147 library 1986481 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 10.4136+/-0.00893; mu= -8.8078+/- 0.600 mean_var=400.4481+/-98.674, 0's: 0 Z-trim: 29 B-trim: 0 in 0/40 Lambda= 0.064092 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 39, opt: 27, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA2034 ( 1571 res) ah04445 (1571) 305 43.4 0.00029 KIAA0216 ( 2067 res) hf00331s1 (2067) 300 43.0 0.00047 KIAA0639 ( 1835 res) fg02716y2 (1835) 293 42.3 0.00069 KIAA0480 ( 1288 res) hh00807 (1288) 276 40.6 0.0016 KIAA1749 ( 1047 res) pj02119y1 (1047) 271 40.0 0.0019 >>KIAA2034 ( 1571 res) ah04445 (1571 aa) initn: 164 init1: 90 opt: 305 Z-score: 168.5 bits: 43.4 E(): 0.00029 Smith-Waterman score: 421; 26.093% identity (56.706% similar) in 686 aa overlap (352-994:516-1167) 330 340 350 360 370 380 KIAA02 SALTHSPSSSSISSVSSVASSVGGRPSRSGLLTETSSRYARKISGTTALQEALKEKQQHI ...: .: ... . .: :. :::: KIAA20 AEQLRAEAELCAEAEETRGRLAARKQELELVVSELEARVGEEEECSRQMQTEKKRLQQHI 490 500 510 520 530 540 390 400 410 420 430 440 KIAA02 EQLLAERDLERAEVAKATSHICEVEKEIALLKAQHEQYVAEAEE-KLQRARLLVESVRKE ..: : :: : :. .. .: : . : ... . : .. ::.. : :.:. . 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KIAA02 QRQLRDTKEEMGELARKEAEASRKKHELEMDLESL-EAANQSLQADLKLAFKRIGDLQAA 1890 1900 1910 1920 1930 1940 1000 1010 1020 KIAA02 CPDKAQTIGNSGSANGIHQQ-DKAQKQEDKH :. .. : :..... : ::...: KIAA02 IEDEMESDENEDLINSLQDMVTKYQKRKNKLEGDSDVDSELEDRVDGVKSWLSKNKGPSK 1950 1960 1970 1980 1990 2000 >>KIAA0639 ( 1835 res) fg02716y2 (1835 aa) initn: 275 init1: 275 opt: 293 Z-score: 161.7 bits: 42.3 E(): 0.00069 Smith-Waterman score: 293; 28.205% identity (57.372% similar) in 312 aa overlap (59-361:1540-1834) 30 40 50 60 70 80 KIAA02 HSSPMGRTSTGSASSSAAVAASSKEGSPLHKQSSGPSSSPAAAAAPEKPGPKAAEVGDDF : .. :: :. :.. :.:.: . . 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KIAA17 NDDATKRKVNLVFEKIQTLKSRAAGSAQGNNQACNSTSEVKDLLEQKSKLTIEVAELQRQ 320 330 340 350 360 370 430 440 450 460 470 KIAA02 ARLLV---ESVRKEKVDLSNQLEEER----RKVED---LQFRVEE-ESITKGDLE----- .: : .....:. . .::: : .:::. :: :.:: :. . .:: KIAA17 LQLEVKNQQNIKEERERMRANLEELRSQHNEKVEENSTLQQRLEESEGELRKNLEELFQV 380 390 400 410 420 430 480 490 500 510 KIAA02 -LTTVAEKSRVLQLEEELT--------LRRGEIEE---LQQCLLHSGPPPPD----HPDA . ..... .:...:. .:.: .: : . ::.. : . . 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