# /hgtech/tools/fasta-34.26.5_v890/fasta34_t -T 8 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/pf09542.fasta.nr -Q ../query/KIAA0284.ptfa /cdna2/lib/nr/nr 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA0284, 1573 aa vs /cdna2/lib/nr/nr library 2693465022 residues in 7827732 sequences statistics sampled from 60000 to 7813300 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.7606+/-0.000212; mu= 9.3450+/- 0.012 mean_var=157.7345+/-30.040, 0's: 31 Z-trim: 68 B-trim: 125 in 1/66 Lambda= 0.102120 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 41, opt: 29, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(7827732) gi|163644261|ref|NP_001106197.1| hypothetical prot (1554) 10492 1559.1 0 gi|61742808|ref|NP_055820.1| hypothetical protein (1484) 10017 1489.1 0 gi|109085037|ref|XP_001085960.1| PREDICTED: simila (1595) 8279 1233.1 0 gi|109085035|ref|XP_001085858.1| PREDICTED: simila (1597) 8279 1233.1 0 gi|73964180|ref|XP_548002.2| PREDICTED: similar to (1552) 7957 1185.6 0 gi|73964184|ref|XP_854808.1| PREDICTED: similar to (1587) 6419 959.1 0 gi|74184550|dbj|BAE27896.1| unnamed protein produc (1574) 5317 796.7 0 gi|109478779|ref|XP_576105.2| PREDICTED: similar t (1872) 5310 795.8 0 gi|109480045|ref|XP_001072852.1| PREDICTED: simila (1605) 5308 795.4 0 gi|74188541|dbj|BAE28024.1| unnamed protein produc (1521) 4971 745.7 6.2e-212 gi|149044038|gb|EDL97420.1| similar to KARP-1 bind ( 703) 2115 324.6 1.7e-85 gi|118092244|ref|XP_421398.2| PREDICTED: hypotheti (1591) 2094 321.9 2.5e-84 gi|148686637|gb|EDL18584.1| expressed sequence AW5 ( 915) 1759 272.3 1.2e-69 gi|29477197|gb|AAH50077.1| AW555464 protein [Mus m ( 658) 1700 263.4 4.1e-67 gi|73964182|ref|XP_868685.1| PREDICTED: similar to ( 658) 1669 258.9 9.6e-66 gi|194374741|dbj|BAG62485.1| unnamed protein produ ( 208) 1309 205.3 4e-50 gi|149641671|ref|XP_001513982.1| PREDICTED: simila (1570) 1220 193.1 1.4e-45 gi|157278527|ref|NP_001093107.2| centrosomal prote (1578) 1110 176.9 1.1e-40 gi|118088102|ref|XP_001234761.1| PREDICTED: centro (1571) 1103 175.9 2.2e-40 gi|189519989|ref|XP_694909.3| PREDICTED: novel pro (1394) 1044 167.1 8.4e-38 gi|75755516|dbj|BAE44530.1| KARP-binding protein [ (1296) 1042 166.8 9.9e-38 gi|122890563|emb|CAM13162.1| novel protein similar (1296) 1038 166.2 1.5e-37 gi|193787248|dbj|BAG52454.1| unnamed protein produ ( 203) 983 157.3 1.1e-35 gi|47230282|emb|CAG10696.1| unnamed protein produc (1893) 898 145.7 3.1e-31 gi|220673366|emb|CAX14351.1| novel protein [Danio ( 201) 845 136.9 1.5e-29 gi|47213346|emb|CAF92969.1| unnamed protein produc (2481) 832 136.1 3.2e-28 gi|73960747|ref|XP_851112.1| PREDICTED: similar to (1584) 747 123.4 1.4e-24 gi|126307183|ref|XP_001377826.1| PREDICTED: simila (1583) 733 121.4 5.7e-24 gi|143955299|sp|Q6A065.2|CE170_MOUSE RecName: Full (1588) 729 120.8 8.6e-24 gi|194674045|ref|XP_001788910.1| PREDICTED: centro (1585) 720 119.4 2.2e-23 gi|148681252|gb|EDL13199.1| mCG114397 [Mus musculu (1627) 718 119.2 2.7e-23 gi|73960751|ref|XP_537218.2| PREDICTED: similar to (1656) 702 116.8 1.4e-22 gi|74743919|sp|Q5SW79.1|CE170_HUMAN RecName: Full= (1584) 679 113.4 1.4e-21 gi|109019795|ref|XP_001091584.1| PREDICTED: simila (1584) 678 113.3 1.6e-21 gi|32451787|gb|AAH54781.1| Centrosomal protein 170 ( 236) 665 110.5 1.6e-21 gi|5734601|dbj|BAA83378.1| KARP-1-binding protein (1584) 677 113.1 1.7e-21 gi|114573532|ref|XP_001135941.1| PREDICTED: centro (1584) 675 112.8 2.1e-21 gi|119597489|gb|EAW77083.1| hCG1640341 [Homo sapie ( 210) 635 106.0 3.1e-20 gi|29792106|gb|AAH50722.1| CEP170 protein [Homo sa ( 448) 635 106.4 5.3e-20 gi|118088106|ref|XP_001234780.1| PREDICTED: centro (1447) 640 107.6 7.2e-20 gi|73960749|ref|XP_863169.1| PREDICTED: similar to (1460) 640 107.6 7.2e-20 gi|118088104|ref|XP_001234769.1| PREDICTED: centro (1473) 640 107.6 7.3e-20 gi|73960753|ref|XP_863214.1| PREDICTED: similar to (1486) 640 107.6 7.3e-20 gi|194384450|dbj|BAG59385.1| unnamed protein produ ( 911) 635 106.7 8.7e-20 gi|109019805|ref|XP_001090630.1| PREDICTED: simila (1409) 635 106.9 1.2e-19 gi|109019803|ref|XP_001091236.1| PREDICTED: simila (1450) 635 106.9 1.2e-19 gi|5734605|dbj|BAA83380.1| KARP-1-binding protein (1460) 635 106.9 1.2e-19 gi|55962088|emb|CAI12945.1| centrosomal protein 17 (1460) 635 106.9 1.2e-19 gi|114573536|ref|XP_514307.2| PREDICTED: centrosom (1460) 635 106.9 1.2e-19 gi|109019807|ref|XP_001091357.1| PREDICTED: simila (1460) 635 106.9 1.2e-19 >>gi|163644261|ref|NP_001106197.1| hypothetical protein (1554 aa) initn: 10492 init1: 10492 opt: 10492 Z-score: 8357.0 bits: 1559.1 E(): 0 Smith-Waterman score: 10492; 99.936% identity (100.000% similar) in 1554 aa overlap (20-1573:1-1554) 10 20 30 40 50 60 KIAA02 GEPETEPEQQGQTGPASTKMSATSWFLVSSSGARHRLPRELIFVGREECELMLQSRSVDK ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: gi|163 MSATSWFLVSSSGARHRLPRELIFVGREECELMLQSRSVDK 10 20 30 40 70 80 90 100 110 120 KIAA02 QHAVINYDQDRDEHWVKDLGSLNGTFVNDMRIPDQKYVTLKLNDVIRFGYDSNMYVLERV :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: gi|163 QHAVINYDQDRDEHWVKDLGSLNGTFVNDMRIPDQKYVTLKLNDVIRFGYDSNMYVLERV 50 60 70 80 90 100 130 140 150 160 170 180 KIAA02 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1490 1500 1510 1520 1530 1540 1570 KIAA02 DPTFLPDAERFLI ::::::::::::: gi|163 DPTFLPDAERFLI 1550 >>gi|61742808|ref|NP_055820.1| hypothetical protein LOC2 (1484 aa) initn: 10017 init1: 10017 opt: 10017 Z-score: 7979.1 bits: 1489.1 E(): 0 Smith-Waterman score: 10017; 99.933% identity (100.000% similar) in 1484 aa overlap (90-1573:1-1484) 60 70 80 90 100 110 KIAA02 KQHAVINYDQDRDEHWVKDLGSLNGTFVNDMRIPDQKYVTLKLNDVIRFGYDSNMYVLER :::::::::::::::::::::::::::::: gi|617 MRIPDQKYVTLKLNDVIRFGYDSNMYVLER 10 20 30 120 130 140 150 160 170 KIAA02 VQHRVPEEALKHEKYTSQLQVSVKGLAPKRSEALPEHTPYCEASNPRPEKGDRRPGTEAA :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: gi|617 VQHRVPEEALKHEKYTSQLQVSVKGLAPKRSEALPEHTPYCEASNPRPEKGDRRPGTEAA 40 50 60 70 80 90 180 190 200 210 220 230 KIAA02 SYRTPLYGQPSWWGEDDGSTLPDAQRQGEPYPERPKGPVQQDGELHGFRAPAEPQGCSFR :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: gi|617 SYRTPLYGQPSWWGEDDGSTLPDAQRQGEPYPERPKGPVQQDGELHGFRAPAEPQGCSFR 100 110 120 130 140 150 240 250 260 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