# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/ha07006.fasta.huge -Q ../query/KIAA0249.ptfa ./tmplib.23147 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA0249, 902 aa vs ./tmplib.23147 library 1986603 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.7580+/-0.00595; mu= 2.4496+/- 0.404 mean_var=163.6064+/-38.813, 0's: 0 Z-trim: 2 B-trim: 0 in 0/40 Lambda= 0.100271 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 39, opt: 27, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA0188 ( 899 res) ha02734 ( 899) 2214 332.8 1.1e-91 >>KIAA0188 ( 899 res) ha02734 (899 aa) initn: 2899 init1: 1347 opt: 2214 Z-score: 1737.8 bits: 332.8 E(): 1.1e-91 Smith-Waterman score: 2972; 51.469% identity (74.973% similar) in 919 aa overlap (5-901:8-894) 10 20 30 40 50 KIAA02 LIVSQTMNYVGQLAGQVIVTVKELYKGINQATLSGCIDVIVVQQQDGSYQCSPFHVR :::::::::::::.:::::::::.: ::::::::.::..: .:. :::::::: KIAA01 HARRRSVQTMNYVGQLAGQVFVTVKELYKGLNPATLSGCIDIIVIRQPNGNLQCSPFHVR 10 20 30 40 50 60 60 70 80 90 100 110 KIAA02 FGKLGVLRSKEKVIDIEINGSAVDLHMKLGDNGEAFFVEETEEEYEKLPAYLATSPIPTE :::.:::::.:::.:::::: .::::::::::::::::.::... : .: .:::::: .: KIAA01 FGKMGVLRSREKVVDIEINGESVDLHMKLGDNGEAFFVQETDNDQEVIPMHLATSPILSE 70 80 90 100 110 120 120 130 140 150 160 170 KIAA02 DQFFKDIDTPLVKSGGDET----PSQSSDISHVLETETIFTPSSVKKKKRRRKKYKQDS- . .. : ... :. :: ... . .:: . : :::...::.: . :: KIAA01 GA--SRMECQLKRGSVDRMRGLDPSTPAQV--IAPSETPSSSSVVKKRRKRRRKSQLDSL 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 KIAA02 KKEEQAASAAAEDTCDVGVSSDDD-KGAQAARGSSNA------SLKEEECKEPLLFHSGD :.... .. :: . .:::. . ...: : .. ::. . ... .. KIAA01 KRDDNMNTSEDEDMFPIEMSSDEAMELLESSRTLPNDIPPFQDDIPEENLSLAVIYPQSA 180 190 200 210 220 230 230 240 250 260 270 280 KIAA02 HYPLSDGDWSPLET-TYPQTACPKSDSELEVKPAESLLRSESHMEWTWGGFPESTKVSKR :: :: .::: . . . . ::::::: : .: ... .: : :: .:...: :. KIAA01 SYPNSDREWSPTPSPSGSRPSTPKSDSELVSKSTERTGQKNPEMLWLWGELPQAAKSSSP 240 250 260 270 280 290 290 300 310 320 330 340 KIAA02 ERSDHHPRTATITPSENTHFRVIPSEDNLISEVEKDASMEDTVCTIVKPKPRALGTQMSD .. . .. ...::..: ::. :.. .: : :.: :: : . KIAA01 HKMKESSPLSSRKICDKSHFQAIHSES---SDTFSDQSP-----TLVGG---ALLDQNKP 300 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 KIAA02 PTSVAELLEPPLESTQISSMLDADHLPNAALAEAPSES--KPAAKVDSPSKKKGVHKRSQ : . . : ::. .. : :: . :: : . : :.::::.:. :::. KIAA01 QTEMQFVNEEDLETLGAAAPL----LPMIEELKPPSASVVQTANKTDSPSRKRD--KRSR 350 360 370 380 390 410 420 430 440 450 460 KIAA02 HQGPDDIYLDDLKGLEPEVAALYFPKSESEPG-SRQWPESDTLSGSQSPQSVGSAAADSG : : : .::::: ..::::::::::. . : ... .. . :..::::::::...::: KIAA01 HLGADGVYLDDLTDMDPEVAALYFPKNGDPSGLAKHASDNGARSANQSPQSVGSSGVDSG 400 410 420 430 440 450 470 480 490 500 510 520 KIAA02 TECLSDSAMDLPDVTLSLCGGLSENGEISKEKFMEHIITYHEFAENPGLIDNPNLVIRIY .: ::. :::....:::::::.. ::.:. :.:. ..:..:..::..::.::::..: KIAA01 VESTSDGLRDLPSIAISLCGGLSDHREITKDAFLEQAVSYQQFVDNPAIIDDPNLVVKIG 460 470 480 490 500 510 530 540 550 560 570 580 KIAA02 NRYYNWALAAPMILSLQVFQKSLPKATVESWVKDKMPKKSGRWWF-WRKRESMTKQLPES ..::::. :::..:..:.::: :::::::: ..::::::.::::: :: :.. :. KIAA01 SKYYNWTTAAPLLLAMQAFQKPLPKATVESIMRDKMPKKGGRWWFSWRGRNTTIKE---- 520 530 540 550 560 570 590 600 610 620 630 KIAA02 KEGKSEAPPASDLPSSSKEPA----GARPAENDSSSDEGSQELEESITVDPIPTEPLSHG :.: : :. :....: ..: ...::::: . : .. .: : KIAA01 -ESKPEQCLAGKAHSTGEQPPQLSLATRVKHESSSSDEERAAAKPS-NAGHLPLLP---- 580 590 600 610 620 640 650 660 670 680 690 KIAA02 STTSYKKSLRLSSDQIAKLKLHDGPNDVVFSITTQYQGTCRCAGTIYLWNWNDKIIISDI ..::::.:::.:.:. .:::..::::::::.:::::::::: ::::::::.::.::::: KIAA01 -NVSYKKTLRLTSEQLKSLKLKNGPNDVVFSVTTQYQGTCRCEGTIYLWNWDDKVIISDI 630 640 650 660 670 680 700 710 720 730 740 750 KIAA02 DGTITKSDALGQILPQLGKDWTHQGIAKLYHSINENGYKFLYCSARAIGMADMTRGYLHW :::::.::.::.::: :::::::::::::::....::::::::::::::::::::::::: KIAA01 DGTITRSDTLGHILPTLGKDWTHQGIAKLYHKVSQNGYKFLYCSARAIGMADMTRGYLHW 690 700 710 720 730 740 760 770 780 790 800 810 KIAA02 VNDKGTILPRGPLMLSPSSLFSAFHREVIEKKPEKFKIECLNDIKNLFAPSKQPFYAAFG ::..::.::.:::.:::::::::.:::::::::::::..::.:::::: :. .::::::: KIAA01 VNERGTVLPQGPLLLSPSSLFSALHREVIEKKPEKFKVQCLTDIKNLFFPNTEPFYAAFG 750 760 770 780 790 800 820 830 840 850 860 870 KIAA02 NRPNDVYAYTQVGVPDCRIFTVNPKGELIQERTKGNKSSYHRLSELVEHVFPLLSKEQNS ::: :::.: :::: :::::::::::.::..: : ::: :: :.:.::::::.. ..: KIAA01 NRPADVYSYKQVGVSLNRIFTVNPKGELVQEHAKTNISSYVRLCEVVDHVFPLLKRSHSS 810 820 830 840 850 860 880 890 900 KIAA02 AFPCPE-FSSFCYWRDPIPEVDLDDLS ::: . ::.: .::.:.: . .:. KIAA01 DFPCSDTFSNFTFWREPLPPFENQDIHSASA 870 880 890 902 residues in 1 query sequences 1986603 residues in 2037 library sequences Scomplib [34.26] start: Thu Dec 18 15:13:20 2008 done: Thu Dec 18 15:13:21 2008 Total Scan time: 0.640 Total Display time: 0.050 Function used was FASTA [version 34.26.5 April 26, 2007]