# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/ha02775s1.fasta.huge -Q ../query/KIAA0248.ptfa ./tmplib.23147 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA0248, 1880 aa vs ./tmplib.23147 library 1985625 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 10.2130+/-0.00994; mu= -6.4759+/- 0.671 mean_var=397.1224+/-96.563, 0's: 0 Z-trim: 9 B-trim: 8 in 1/39 Lambda= 0.064359 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 42, opt: 30, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA1110 ( 740 res) hh04831b(revised) ( 740) 467 58.9 5.1e-09 KIAA0763 ( 843 res) hk04726 ( 843) 459 58.3 9.4e-09 KIAA0522 ( 1555 res) hg01393 (1555) 458 58.5 1.5e-08 KIAA0942 ( 537 res) hh04979s1 ( 537) 330 46.1 2.8e-05 KIAA2011 ( 1091 res) pj02017 (1091) 297 43.3 0.00037 >>KIAA1110 ( 740 res) hh04831b(revised) (740 aa) initn: 342 init1: 154 opt: 467 Z-score: 253.7 bits: 58.9 E(): 5.1e-09 Smith-Waterman score: 467; 32.982% identity (63.158% similar) in 285 aa overlap (640-915:129-407) 610 620 630 640 650 660 KIAA02 EAHCQAKVLNSLTQQEKKETARPSCEIVDGTREASNTERTASDGKAVGMASDIPGLHLPG :.: . :.:: :. : .. :. . 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KIAA05 GVDNGEDIPRDLLVGIYQRIQGRELRTNDDHVSQVQAVERMIVGKKPVLSLPHRRLVCCC 990 1000 1010 1020 1030 1040 950 960 970 980 990 1000 KIAA02 ASYDLDLFTMTWGPTIAALSYVFDKSLEETIIQKAISGFRKCAMISAHYGLSDVFDNLII KIAA05 QLYEVPDPNRPQRLGLHQREVFLFNDLLVVTKIFQKKKILVTYSFRQSFPLVEMHMQLFQ 1050 1060 1070 1080 1090 1100 >>KIAA0942 ( 537 res) hh04979s1 (537 aa) initn: 359 init1: 215 opt: 330 Z-score: 186.6 bits: 46.1 E(): 2.8e-05 Smith-Waterman score: 340; 26.055% identity (56.079% similar) in 403 aa overlap (757-1130:78-464) 730 740 750 760 770 780 KIAA02 GTEQFNQKPKKGIQFLQEKGLLTIPMDNTEVAQWLRENPRLDKKMIGEFVSDRKNIDLL- .:. : . :. .. ... .. .... : KIAA09 SEMGSTEILEKETPENLSNGTSSNVEAAKRLAKRLYQLDRFKRSDVAKHLGKNNEFSKLV 50 60 70 80 90 100 790 800 810 820 830 840 KIAA02 -ESFVSTFSFQGLRLDEALRLYLEAFRLPGEAPVIQRLLEAFTERWMNCNGSPFANSDAC : ... :.: :. ::..:: ...:: : ::. .:.: :..:.. :: . .:..:. 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KIAA09 VSVHHALASKATDYEKKPNVFKLKTADWRVLLFQTQSPEEMQGWINKINCVAAVFSAPPF 340 350 360 370 380 390 1070 1080 1090 1100 1110 KIAA02 PKAMIEVEDFVDP-----NGKISLQREETPSNRGESTVLSFVSWLTL--SGPEQSSVRGP : :. . : : . :.: :.:. :. :: . .... :. : : ...:.. KIAA09 PAAIGSQKKFSRPLLPATTTKLS-QEEQLKSH--ESKLKQITTELAEHRSYPPDKKVKAK 400 410 420 430 440 450 1120 1130 1140 1150 1160 1170 KIAA02 STENQEAKRVALECIKQCDPEKMITESKFLQLESLQELMKALVSVTPDEETYDEEDAAFC .... . : :: KIAA09 DVDEYKLKDHYLEFEKTRYEMYVSILKEGGKELLSNDESEAAGLKKSHSSPSLNPDTSPI 460 470 480 490 500 510 >>KIAA2011 ( 1091 res) pj02017 (1091 aa) initn: 298 init1: 205 opt: 297 Z-score: 166.4 bits: 43.3 E(): 0.00037 Smith-Waterman score: 335; 30.894% identity (60.976% similar) in 246 aa overlap (671-911:563-783) 650 660 670 680 690 700 KIAA02 REASNTERTASDGKAVGMASDIPGLHLPGGGRLPPEHGKSGCSDLEEAVDSGADKKFARK :: :: : : . :... :: .. . 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KIAA20 NLEGLNDGGDFPRELLKALYSSIKNEKLQWAIDEEELRRSLSELADPNPKVIKRISGGSG 750 760 770 780 790 800 940 950 960 970 980 990 KIAA02 LRVPTASYDLDLFTMTWGPTIAALSYVFDKSLEETIIQKAISGFRKCAMISAHYGLSDVF KIAA20 SGSSPFLDLTPEPGAAVYKHGALVRKVHADPDCRKTPRGKRGWKSFHGILKGMILYLQKE 810 820 830 840 850 860 1880 residues in 1 query sequences 1985625 residues in 2037 library sequences Scomplib [34.26] start: Thu Dec 18 15:13:17 2008 done: Thu Dec 18 15:13:18 2008 Total Scan time: 0.940 Total Display time: 0.200 Function used was FASTA [version 34.26.5 April 26, 2007]