# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/ha04677s1.fasta.huge -Q ../query/KIAA0235.ptfa ./tmplib.23147 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA0235, 1064 aa vs ./tmplib.23147 library 1986441 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 8.3144+/-0.00857; mu= 4.3649+/- 0.581 mean_var=352.4461+/-88.066, 0's: 0 Z-trim: 8 B-trim: 136 in 1/39 Lambda= 0.068317 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 39, opt: 27, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA0099 ( 1175 res) hk05583 (1175) 3277 337.8 5.1e-93 >>KIAA0099 ( 1175 res) hk05583 (1175 aa) initn: 4898 init1: 1696 opt: 3277 Z-score: 1761.9 bits: 337.8 E(): 5.1e-93 Smith-Waterman score: 5277; 76.608% identity (89.096% similar) in 1073 aa overlap (1-1064:141-1175) 10 20 KIAA02 MNHDFQALALESRGMGE-LLPTKKFWEPDD .::::::::::.:.::: ::: ::::: :. 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KIAA00 LEKYYMKNGVDLGPICGPPNGII 1160 1170 1064 residues in 1 query sequences 1986441 residues in 2037 library sequences Scomplib [34.26] start: Thu Dec 18 15:12:47 2008 done: Thu Dec 18 15:12:47 2008 Total Scan time: 0.710 Total Display time: 0.070 Function used was FASTA [version 34.26.5 April 26, 2007]