# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/fg02838.fasta.huge -Q ../query/KIAA0226.ptfa ./tmplib.23147 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA0226, 973 aa vs ./tmplib.23147 library 1986532 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.3595+/-0.00776; mu= 8.1998+/- 0.525 mean_var=259.4664+/-62.311, 0's: 0 Z-trim: 1 B-trim: 0 in 0/40 Lambda= 0.079622 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 39, opt: 27, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA0356 ( 1058 res) hh00006s1 (1058) 485 69.7 2.2e-12 >>KIAA0356 ( 1058 res) hh00006s1 (1058 aa) initn: 409 init1: 211 opt: 485 Z-score: 314.2 bits: 69.7 E(): 2.2e-12 Smith-Waterman score: 508; 22.710% identity (51.336% similar) in 1048 aa overlap (13-941:23-1053) 10 20 30 40 50 KIAA02 DLSFPREGREHWQLLGNLKTTVEGLVSTNSPNVWSKYGGLERLCRDMQSI .:.:..:. . :: .. : :. : . .: .... KIAA03 VEMLSVVENGLDPQAAIPVIKKKLVGSVKALQKQYVSLDTV-VTSEDGDANTMCSALEAV 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 KIAA02 LYHGL----IRDQAC--RRQTDYWQ-FVKDIRWLSPHSALHVEKFISVHENDQ-SSADGA . ::: :: .: :... . . . . . : ... : ...:: :. ..: . KIAA03 FIHGLHAKHIRAEAGGKRKKSAHQKPLPQPVFWPLLKAVTH-KHIISELEHLTFVNTDVG 60 70 80 90 100 110 110 120 130 140 150 KIAA02 SERAVAELWLQHSLQYHCLSAQLRPLLGDRQYIRKFYTDAAFLLSDAH----VTAMLQCL :: ::. .:. . :. :: .. ....: .: :: ::. . ..:: : KIAA03 RCRA----WLRLALNDGLMECYLKLLLQEQARLHEYYQPTA-LLRDAEEGEFLLSFLQGL 120 130 140 150 160 170 160 170 180 KIAA02 EAVE---------QNNPRL----------LAQID-----ASMFARK-------------- .. :. : :...: .. . :: KIAA03 TSLSFELSYKSAILNEWTLTPLALSGLCPLSELDPLSTSGAELQRKESLDSISHSSGSED 180 190 200 210 220 230 190 200 210 220 230 KIAA02 ---HESPLLVTKSQSLTALPSSTYTPPNSYAQHSYFGSFSSLHQ----SVPNNGSERRST :.: . ..:.::: : : .: . : ..: : : : . :.. : : KIAA03 IEVHHSGHKIRRNQKLTASSLSLDTASSSQLSCS-LNSDSCLLQENGSKSPDHCEEPMSC 240 250 260 270 280 290 240 250 260 270 280 290 KIAA02 SFPLSGPPRKPQESRGHVSPAEDQTIQAPPVSVSALARDSPLTPNEMSSSTLTSPIEASW . :. . .. . : . :. : ...:.... . :. ..: .: . ... KIAA03 DSDLGTANAEDSDRSLQEVLLEFSKAQVNSVPTNGLSQETEI-PTPQASLSLHGLNTSTY 300 310 320 330 340 350 300 310 320 330 340 350 KIAA02 VSSQNDS---PGDASEGPEYLAIGNLDPRGRTASCQSHSSNAESSSSNLFSSSSSQKPDS . . . :..:. : . .. .:: .. : . .. .::.:.. ::. :. KIAA03 LHCEAPAEPLPAQAASGTQD-GVHVQEPRPQAPSPLDLQQPVESTSGQQPSSTVSETARE 360 370 380 390 400 410 360 370 380 390 400 KIAA02 AASSLGDQEGGGESQLSSVLRRSSFSEGQTLTVTS------GAKKSHIRSHSDTSIAS-R .... : :.. ... . : :: . .. . : .... ..: :: ::: : KIAA03 VGQGNGLQKAQAHDGAGLKLVVSSPTSPKNKSWISEDDFYRPSREQPLESASDHPIASYR 420 430 440 450 460 470 410 420 430 440 450 KIAA02 GAPGG-PRNITIIVEDPIAESCNDKAKLRGPLPYSGQSSEVSTPSSLYMEY------EGG :.::. : . ..: ..:. : .. .: :. . ..::. . . . : KIAA03 GTPGSRPGLHRHFSQEP-RKNCSLGALDQACVPSPGRRQAQAAPSQGHKSFRVVHRRQMG 480 490 500 510 520 460 470 480 490 500 KIAA02 -----RYLCSGEGMFRRPSEG--QSLISYLSEQDFGSCADLEK----ENAHFSISESLIA : : . . :: . : . :. :: .: . :. :: . ::. KIAA03 LSNPFRGLMKLGTVERRGAMGIWKELFCELSPLEFRLYLSNEEHTCVENCSLLRCESVGP 530 540 550 560 570 580 510 520 530 540 550 KIAA02 A-----IELMKCNMMSQCLEEEEVEEEDSDREIQELKQKIRLRRQQIRTKNLLPMYQE-- : .::. . . : :: ...: ::.: .... .. : : KIAA03 AHSDGRFELVFSGKKLALRASSQDEAEDWLDRVREALQKVRPQQEDEWVNVQYPDQPEEP 590 600 610 620 630 640 560 570 580 590 600 610 KIAA02 --AEHGSFRVTSSSSQFSSRDSAQLSDSGSADEVDEFEIQDADIRRNTASSSKSFVSSQS : .: . .. :. .. ...:. : .::. . :... . . .. : : KIAA03 PEAPQGCLSPSDLLSEPAALQGTQF-DWSSAQVPEPDAIKESLLYLYMDRTWMPYIFSLS 650 660 670 680 690 700 620 630 640 650 KIAA02 FS--HCF-------LHSTS--AEAV-------AMGLLKQFEGMQLPAASELEWLVPEHDA . .:: . : : .:.. ..: . :. . :. .:. :. : KIAA03 LEALKCFRIRNNEKMLSDSHGVETIRDILPDTSLGGPSFFKIITAKAVLKLQAGNAEEAA 710 720 730 740 750 760 660 670 680 690 700 710 KIAA02 PQKLLPIPDSLPISPDDGQHADIY--KLRIRVRGNLEWAPPRPQIIFNVHPAPTRKIAVA . : . : . ...: .: . :..: . .... : . .. KIAA03 LWRDL-VRKVLASYLETAEEAVTLGGSLDENCQEVLKFATRENGFLLQYLVAIPMEKGLD 770 780 790 800 810 820 720 730 740 750 760 770 KIAA02 KQNYRCAGCGIRTDPDYIKRLRYCEYLGKYFCQCCHENAQMAIPSRVLRKWDFSKYYVSN .:. ::::. . ... : . : . : :.:. ::.. .::.:....::..: . KIAA03 SQGCFCAGCSRQIGFSFV-RPKLCAFSGLYYCDICHQDDASVIPARIIHNWDLTKRPICR 830 840 850 860 870 880 780 790 800 810 820 830 KIAA02 FSKDLLIKIWNDPLFNVQDINSALYRKVKLLNQVRLLRVQLCHMKNMFKTCRLA--KELL . .: .: .::.:.: .:..::..:. .. . : :: . ... :: . ::: KIAA03 QALKFLTQIRAQPLINLQMVNASLYEHVERMHLIGRRREQLKLLGDYLGLCRSGALKELS 890 900 910 920 930 940 840 850 860 870 880 890 KIAA02 DSFDTVPGHLTEDLHLYSLNDLTATRKGELGPRLAELTRAGATHVERCMLCQAKGFICEF .. ..: :. : .:. :: : : : . .. :: .: :: .::::.. KIAA03 KRLNHR-NYLLESPHRFSVADLQQIADGVYEGFLKALIEFASQHVYHCDLCTQRGFICQI 950 960 970 980 990 1000 900 910 920 930 940 950 KIAA02 CQNEDDIIFPFELHKCRTCEECKACYHKAC---FKSGSCPRCERLQARREALARQSLESY ::..: ::::::. : :::. .:..: :.: :::: : . .: KIAA03 CQHHD-IIFPFEFDTTVRCAECKTVFHQSCQAVVKKG-CPRCARRRKYQEQNIFA 1010 1020 1030 1040 1050 960 970 KIAA02 LSDYEEEPAEALALEAAVLEAT 973 residues in 1 query sequences 1986532 residues in 2037 library sequences Scomplib [34.26] start: Thu Dec 18 15:12:24 2008 done: Thu Dec 18 15:12:25 2008 Total Scan time: 0.680 Total Display time: 0.060 Function used was FASTA [version 34.26.5 April 26, 2007]