# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/ha02734.fasta.huge -Q ../query/KIAA0188.ptfa ./tmplib.23147 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA0188, 899 aa vs ./tmplib.23147 library 1986606 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.1696+/-0.00603; mu= 6.1245+/- 0.407 mean_var=177.2514+/-44.085, 0's: 0 Z-trim: 3 B-trim: 0 in 0/40 Lambda= 0.096334 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 38, opt: 26, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA0249 ( 902 res) ha07006 ( 902) 2214 320.5 5.3e-88 >>KIAA0249 ( 902 res) ha07006 (902 aa) initn: 2899 init1: 1347 opt: 2214 Z-score: 1671.7 bits: 320.5 E(): 5.3e-88 Smith-Waterman score: 2972; 51.574% identity (74.919% similar) in 921 aa overlap (8-894:5-901) 10 20 30 40 50 60 KIAA01 HARRRSVQTMNYVGQLAGQVFVTVKELYKGLNPATLSGCIDIIVIRQPNGNLQCSPFHVR :::::::::::::.:::::::::.: ::::::::.::..: .:. :::::::: KIAA02 LIVSQTMNYVGQLAGQVIVTVKELYKGINQATLSGCIDVIVVQQQDGSYQCSPFHVR 10 20 30 40 50 70 80 90 100 110 120 KIAA01 FGKMGVLRSREKVVDIEINGESVDLHMKLGDNGEAFFVQETDNDQEVIPMHLATSPILSE :::.:::::.:::.:::::: .::::::::::::::::.::... : .: .:::::: .: KIAA02 FGKLGVLRSKEKVIDIEINGSAVDLHMKLGDNGEAFFVEETEEEYEKLPAYLATSPIPTE 60 70 80 90 100 110 130 140 150 160 170 KIAA01 GA--SRMECQLKRGSVDRMRGLDPSTPAQV--IAPSETPSSSSVVKKRRKRRRKSQLDSL . .. : ... :. :: ... . .:: . : :::...::.: . :: KIAA02 DQFFKDIDTPLVKSGGDET----PSQSSDISHVLETETIFTPSSVKKKKRRRKKYKQDS- 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 KIAA01 KRDDNMNTSEDEDMFPIEMSSDEAMELLESSRTLPNDIPPFQDDIPEENLSLAVIYPQSA :.... .. :: . .:::. . ...: : .. ::. . ... .. KIAA02 KKEEQAASAAAEDTCDVGVSSDDD-KGAQAARGSSNA------SLKEEECKEPLLFHSGD 180 190 200 210 220 240 250 260 270 280 290 KIAA01 SYPNSDREWSPTPSPSGSRPST--PKSDSELVSKSTERTGQKNPEMLWLWGELPQAAKSS :: :: .::: . . :.: ::::::: : .: ... .: : :: .:...: : KIAA02 HYPLSDGDWSPLET---TYPQTACPKSDSELEVKPAESLLRSESHMEWTWGGFPESTKVS 230 240 250 260 270 280 300 310 320 330 340 KIAA01 SPHKMKESSPLSSRKICDKSHFQAIHSES---SDTFSDQSP-----TLVGG---ALLDQN . .. . .. ...::..: ::. :.. .: : :.: :: : KIAA02 KRERSDHHPRTATITPSENTHFRVIPSEDNLISEVEKDASMEDTVCTIVKPKPRALGTQM 290 300 310 320 330 340 350 360 370 380 390 KIAA01 KPQTEMQFVNEEDLETLGAAAPL----LPMIEELKPPSASVVQTANKTDSPSRKRD--KR . : . . : ::. .. : :: . :: : . : :.::::.:. :: KIAA02 SDPTSVAELLEPPLESTQISSMLDADHLPNAALAEAPSES--KPAAKVDSPSKKKGVHKR 350 360 370 380 390 400 400 410 420 430 440 450 KIAA01 SRHLGADGVYLDDLTDMDPEVAALYFPKNGDPSGLAKHASDNGARSANQSPQSVGSSGVD :.: : : .::::: ..::::::::::. . : ... .. . :..::::::::...: KIAA02 SQHQGPDDIYLDDLKGLEPEVAALYFPKSESEPG-SRQWPESDTLSGSQSPQSVGSAAAD 410 420 430 440 450 460 470 480 490 500 510 KIAA01 SGVESTSDGLRDLPSIAISLCGGLSDHREITKDAFLEQAVSYQQFVDNPAIIDDPNLVVK ::.: ::. :::....:::::::.. ::.:. :.:. ..:..:..::..::.::::.. KIAA02 SGTECLSDSAMDLPDVTLSLCGGLSENGEISKEKFMEHIITYHEFAENPGLIDNPNLVIR 460 470 480 490 500 510 520 530 540 550 560 570 KIAA01 IGSKYYNWTTAAPLLLAMQAFQKPLPKATVESIMRDKMPKKGGRWWFSWRGRNTTIKE-- : ..::::. :::..:..:.::: :::::::: ..::::::.::::: :: :.. :. KIAA02 IYNRYYNWALAAPMILSLQVFQKSLPKATVESWVKDKMPKKSGRWWF-WRKRESMTKQLP 520 530 540 550 560 570 580 590 600 610 620 KIAA01 ---ESKPEQCLAGKAHSTGEQPPQLSLATRVKHESSSSDEERAAAKPS-NAGHLPLLP-- :.: : :. :....: ..: ...::::: . : .. .: : KIAA02 ESKEGKSEAPPASDLPSSSKEPA----GARPAENDSSSDEGSQELEESITVDPIPTEPLS 580 590 600 610 620 630 630 640 650 660 670 680 KIAA01 ---NVSYKKTLRLTSEQLKSLKLKNGPNDVVFSVTTQYQGTCRCEGTIYLWNWDDKVIIS ..::::.:::.:.:. .:::..::::::::.:::::::::: ::::::::.::.::: KIAA02 HGSTTSYKKSLRLSSDQIAKLKLHDGPNDVVFSITTQYQGTCRCAGTIYLWNWNDKIIIS 640 650 660 670 680 690 690 700 710 720 730 740 KIAA01 DIDGTITRSDTLGHILPTLGKDWTHQGIAKLYHKVSQNGYKFLYCSARAIGMADMTRGYL :::::::.::.::.::: :::::::::::::::....::::::::::::::::::::::: KIAA02 DIDGTITKSDALGQILPQLGKDWTHQGIAKLYHSINENGYKFLYCSARAIGMADMTRGYL 700 710 720 730 740 750 750 760 770 780 790 800 KIAA01 HWVNERGTVLPQGPLLLSPSSLFSALHREVIEKKPEKFKVQCLTDIKNLFFPNTEPFYAA ::::..::.::.:::.:::::::::.:::::::::::::..::.:::::: :. .::::: KIAA02 HWVNDKGTILPRGPLMLSPSSLFSAFHREVIEKKPEKFKIECLNDIKNLFAPSKQPFYAA 760 770 780 790 800 810 810 820 830 840 850 860 KIAA01 FGNRPADVYSYKQVGVSLNRIFTVNPKGELVQEHAKTNISSYVRLCEVVDHVFPLLKRSH ::::: :::.: :::: :::::::::::.::..: : ::: :: :.:.::::::.. . KIAA02 FGNRPNDVYAYTQVGVPDCRIFTVNPKGELIQERTKGNKSSYHRLSELVEHVFPLLSKEQ 820 830 840 850 860 870 870 880 890 KIAA01 SSDFPCSDTFSNFTFWREPLPPFENQDIHSASA .: ::: . ::.: .::.:.: . .:. KIAA02 NSAFPCPE-FSSFCYWRDPIPEVDLDDLS 880 890 900 899 residues in 1 query sequences 1986606 residues in 2037 library sequences Scomplib [34.26] start: Thu Dec 18 15:10:53 2008 done: Thu Dec 18 15:10:54 2008 Total Scan time: 0.640 Total Display time: 0.050 Function used was FASTA [version 34.26.5 April 26, 2007]