# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/ha03131.fasta.huge -Q ../query/KIAA0154.ptfa ./tmplib.23147 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA0154, 692 aa vs ./tmplib.23147 library 1986813 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 12.6829+/-0.00972; mu= -22.4893+/- 0.656 mean_var=457.1245+/-110.829, 0's: 0 Z-trim: 5 B-trim: 0 in 0/40 Lambda= 0.059987 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 38, opt: 26, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA1080 ( 517 res) hj07082 ( 517) 767 80.7 3.6e-16 KIAA0309 ( 3053 res) hg00096s1 (3053) 314 42.2 0.00088 >>KIAA1080 ( 517 res) hj07082 (517 aa) initn: 1225 init1: 664 opt: 767 Z-score: 382.2 bits: 80.7 E(): 3.6e-16 Smith-Waterman score: 1108; 37.304% identity (59.248% similar) in 638 aa overlap (63-690:13-515) 40 50 60 70 80 90 KIAA01 GFCDQINKELEGPQIAVRLLAHKIQSPQEWEALQALT--YLGDRVSEKVKTKVIELLYSW : ...:. :::. .. ::: .:::.:.:: KIAA10 FHSEVAKFRFLNELIKVLSPKYLGSWATGKVKGRVIEILFSW 10 20 30 40 100 110 120 130 140 KIAA01 TMALPEEAKIKDAYHMLKRQGIVQSDPPIPVDRTLIPSPPPRPKNPVFD-DEEKSKLLAK :. .::. ::.:::.:::.:::...:: .:::. : : : : ::. .:: ::::::::.. 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