# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/ha03843.fasta.huge -Q ../query/KIAA0144.ptfa ./tmplib.23147 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA0144, 983 aa vs ./tmplib.23147 library 1986522 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 13.3050+/-0.0114; mu= -22.6589+/- 0.767 mean_var=557.6995+/-132.744, 0's: 0 Z-trim: 7 B-trim: 0 in 0/40 Lambda= 0.054309 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 39, opt: 27, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA1491 ( 757 res) fj08187 ( 757) 1257 113.7 9e-26 >>KIAA1491 ( 757 res) fj08187 (757 aa) initn: 1047 init1: 414 opt: 1257 Z-score: 554.5 bits: 113.7 E(): 9e-26 Smith-Waterman score: 1566; 47.087% identity (71.024% similar) in 635 aa overlap (353-968:5-604) 330 340 350 360 370 KIAA01 AISQPASGNTFSHHSMVSMLGKGFGDVGEAKGGSTTGSQFLEQFKTAQALAQLAA----- : .. :.::.:.:.: : .:.:... KIAA14 LAPPKMANITSSQILDQLK-APSLGQFTTTPSTQ 10 20 30 380 390 400 410 420 430 KIAA01 QHSQSGSTTTSSWDMGS-TTQSPSLVQYDLKN-PSDSAVHSPFTKRQAFTPSSTMMEVFL :.: : :::.:::. :.:: : . :.:. : : : : ...:: ... . KIAA14 QNSTSHPTTTTSWDLKPPTSQSSVLSHLDFKSQPEPSPVLSQLSQRQQHQSQAVTVPPPG 40 50 60 70 80 90 440 450 460 470 480 490 KIAA01 QEKSPAVATSTAAPPPPSSPLPSKSTSAPQMSPGSSDNQSSS-PQPAQQKLKQQKKKASL :. :. : . : : :: .. :. . .: : : :: ...: :.. KIAA14 LESFPSQAKLRESTPGDS---PSTVNKLLQLPSTTIENISVSVHQPQPKHIKLAKRRIPP 100 110 120 130 140 150 500 510 520 530 540 550 KIAA01 TSKIPALAVEMPGSADISGLNLQFGALQFGSEPVLSDYESTPTTSASSSQAPSSLYTSTA .::::: :::::::::..:::.:::::.::::: ::.. :.:. : .:.: : :::... KIAA14 ASKIPASAVEMPGSADVTGLNVQFGALEFGSEPSLSEFGSAPS-SENSNQIPISLYSKSL 160 170 180 190 200 560 570 580 590 600 KIAA01 SESSSTISSNQS--QESGYQSGPIQSTTYTSQN-NAQGPL-----YEQRSTQTR-RYPSS :: .: : : :.: : .. : : . ::.. :. .:. :.: :...: : : KIAA14 SEPLNTSLSMTSAVQNSTYTTSVITSCSLTSSSLNSASPVAMSSSYDQSSVHNRIPYQSP 210 220 230 240 250 260 610 620 630 640 650 660 KIAA01 ISSSPQKDLTQAKNGFSSVQATQLQTTQSVEGATGSAVKSDSPSTSSIPPLNETVSAASL .::: . : :: .. .. : : .. : ::. ::.::.: :.: ..: KIAA14 VSSSESAPGT-IMNGHGGGRSQQTLDTPKTTGPP-SAL----PSVSSLPS---TTSCTAL 270 280 290 300 310 320 670 680 690 700 710 720 KIAA01 LTTTNQHSSSLGGLSHSEEIPNTTTTQHSSTLSTQQNTLSSSTSSGRTSTSTLLHTSVES : .:.::. : :. : : .: ::.::..:..::. .. . ... : :.:::: KIAA14 LPSTSQHT---GDLTSS---P---LSQLSSSLSSHQSSLSAHAALSSSTSHT--HASVES 330 340 350 360 730 740 750 760 770 780 KIAA01 EANLHSSSSTFSTTSSTVSAPPPV-VSVSSSLNSGSSLGLSLGSNSTVTASTRSSVATTS :. :.::.::::....::. ::.:::.:...:: :. :. ..:.:.. .:: KIAA14 -ASSHQSSATFSTAATSVSSSASSGVSLSSSMNTANSLCLGGTPASASSSSSRAAPLVTS 370 380 390 400 410 420 790 800 810 820 830 840 KIAA01 GKAPPNLPPGVPPLLPNPYIMAPG-LLHAYPPQVYGYDDLQMLQTRFPLDYYSIPFPTPT :::::::: :::::: : :...:: :: ::: .::::.:::::.:.:.:::.::: .:: KIAA14 GKAPPNLPQGVPPLLHNQYLVGPGGLLPAYP--IYGYDELQMLQSRLPVDYYGIPFAAPT 430 440 450 460 470 480 850 860 870 880 890 900 KIAA01 TPLTGRDGSLASNPYSGDLTKFGRGDASSPAPATTLAQPQQNQTQTHHTTQQTFLNPALP . :..::::::.::: ::.:::::::..::::::: :::::.:.:::::.:: :.::::: KIAA14 A-LASRDGSLANNPYPGDVTKFGRGDSASPAPATTPAQPQQSQSQTHHTAQQPFVNPALP 490 500 510 520 530 540 910 920 930 940 950 960 KIAA01 PGYSYTSLPYYTGVPGLPSTFQYGPAVFPVAPTSSKQHGVNVSVNASATPFQQPSGYGSH ::::::.:::::: .::.:::::..: : :.:.::::::.: . . :::: ::::.: KIAA14 PGYSYTGLPYYTG---MPSAFQYGPTMF-VPPASAKQHGVNLS--TPTPPFQQASGYGQH 550 560 570 580 590 970 980 KIAA01 GYNTGRKYPPPYKHFWTAES ::.:: KIAA14 GYSTGYDDLTQGTAAGDYSKGGYAGSSQAPNKSAGSGPGKGVSVSSSTTGLPDMTGSVYN 600 610 620 630 640 650 983 residues in 1 query sequences 1986522 residues in 2037 library sequences Scomplib [34.26] start: Thu Dec 18 15:09:14 2008 done: Thu Dec 18 15:09:14 2008 Total Scan time: 0.690 Total Display time: 0.030 Function used was FASTA [version 34.26.5 April 26, 2007]