# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/ha03871.fasta.huge -Q ../query/KIAA0143.ptfa ./tmplib.23147 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA0143, 885 aa vs ./tmplib.23147 library 1986620 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.2146+/-0.00552; mu= 16.1859+/- 0.376 mean_var=107.7767+/-25.013, 0's: 0 Z-trim: 1 B-trim: 0 in 0/40 Lambda= 0.123541 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 38, opt: 26, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA0953 ( 789 res) hj05484 ( 789) 3033 551.7 1.2e-157 >>KIAA0953 ( 789 res) hj05484 (789 aa) initn: 3008 init1: 1180 opt: 3033 Z-score: 2922.4 bits: 551.7 E(): 1.2e-157 Smith-Waterman score: 3033; 59.950% identity (81.108% similar) in 794 aa overlap (1-785:1-777) 10 20 30 40 50 KIAA01 AGGGSCRPLGCVTAGSASAPSTLRPSPFASSRPPRPS---NGRHGAVGAPCAAPLSLGAA :::. :: . . : : : : :: :. : :. :: : . KIAA09 AGGARLRP------ARGRPPRLLPPRPGPCRPPPVPAPTVNERR----APPRAGWERRSD 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 KIAA01 ASAVEIAMPTR---VCCCCSALRPRYKRLVDNIFPEDPKDGLVKTDMEKLTFYAVSAPEK :. . : :.. :: ::.::::::::::::::::::.::::::.::::::::.::::: KIAA09 AGLSRGARPAEMYGVCGCCGALRPRYKRLVDNIFPEDPEDGLVKTNMEKLTFYALSAPEK 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 KIAA01 LDRIGSYLAERLSRDVVRHRSGYVLIAMEALDQLLMACHSQSIKPFVESFLHMVAKLLES :::::.::.::: ::: ::: ::: :::::::::::::: :::. ::::::.:::::::: KIAA09 LDRIGAYLSERLIRDVGRHRYGYVCIAMEALDQLLMACHCQSINLFVESFLKMVAKLLES 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 KIAA01 GEPKLQVLGTNSFVKFANIEEDTPSYHRRYDFFVSRFSAMCHSCHSDPEIRTEIRIAGIR .:.::.::::::::::::::::::::: ::::::::: :::: :.: ::.:.::..::. KIAA09 EKPNLQILGTNSFVKFANIEEDTPSYHRSYDFFVSRFSEMCHSSHDDLEIKTKIRMSGIK 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 KIAA01 GIQGVVRKTVNDELRATIWEPQHMDKIVPSLLFNMQKIEEVDSRIGPPSSPSATDKE-EN :.::::::::::::.:.::.::::::::::::::.:..::..:: :: .: .:: :. KIAA09 GLQGVVRKTVNDELQANIWDPQHMDKIVPSLLFNLQHVEEAESR--SPSPLQAPEKEKES 240 250 260 270 280 300 310 320 330 340 350 KIAA01 PAVLAENCFRELLGRATFGNMNNAVRPVFAHLDHHKLWDPNEFAVHCFKIIMYSIQAQYS :: ::: :.:::::::.:::..::..::. :::.:.::.:. ::..:::::::::: :.: KIAA09 PAELAERCLRELLGRAAFGNIKNAIKPVLIHLDNHSLWEPKVFAIRCFKIIMYSIQPQHS 290 300 310 320 330 340 360 370 380 390 400 410 KIAA01 HHVIQEILGHLDARKKDAPRVRAGIIQVLLEAVAIAAKGSIGPTVLEVFNTLLKHLRLSV : :::..:::::: ...: :::::..:: ::..::: ::.::::::.:::::..::::. KIAA09 HLVIQQLLGHLDANSRSAATVRAGIVEVLSEAAVIAATGSVGPTVLEMFNTLLRQLRLSI 350 360 370 380 390 400 420 430 440 450 460 470 KIAA01 EFEANDLQGGSVGSVNLNTSS-KDNDEKIVQNAIIQTIGFFGSNLPDYQRSEIMMFIMGK .. : :. :.:.:.:. :...:.. :.:.:.:.: :.:.:: :::::...:::.: KIAA09 DYA---LTGSYDGAVSLGTKIIKEHEERMFQEAVIKTVGSFASTLPTYQRSEVILFIMSK 410 420 430 440 450 460 480 490 500 510 520 530 KIAA01 VPVFGTSTH-TLDISQLGDLGTRRIQIMLLRSLLMVTSGYKAKTIVTALPGSFLDPLLSP :: : : ..: .. :. .: :::::.:::.:..:.. .....:::..::: ::: KIAA09 VPR--PSLHQAVDTGRTGENRNRLTQIMLLKSLLQVSTGFQCNNMMSALPSNFLDRLLST 470 480 490 500 510 520 540 550 560 570 580 590 KIAA01 SLMEDYELRQLVLEVMHNLMDRHDNRAKLRGIRIIPDVADLKIKREKICRQDTSFMKKNG .:::: :.: .:::.. ...::: :: :. : . :.. ::.: .: :::: ::::.. KIAA09 ALMEDAEIRLFVLEILISFIDRHGNRHKFSTISTLSDISVLKLKVDKCSRQDTVFMKKHS 530 540 550 560 570 580 600 610 620 630 640 650 KIAA01 QQLYRHIYLGCKEEDNVQKNYELLYTSLALITIELANEEVVIDLIRLAIALQDSAIINED :::::::::.:::: ::::.:: :: ::::.:::::::::.:::::..:.:: : .::. KIAA09 QQLYRHIYLSCKEETNVQKHYEALYGLLALISIELANEEVVVDLIRLVLAVQDVAQVNEE 590 600 610 620 630 640 660 670 680 690 700 710 KIAA01 NLPMFHRCGIMALVAAYLNFVSQMIAVPAFCQHVSKVIEIRTMEAPYFLPEHIFRDKCML :::...::...:: :::::..::. .:::::::. .::: : ::::.::: .: .. : KIAA09 NLPVYNRCALYALGAAYLNLISQLTTVPAFCQHIHEVIETRKKEAPYMLPEDVFVERPRL 650 660 670 680 690 700 720 730 740 750 760 770 KIAA01 PKSLEKHEKDLYFLTNKIAESLGGSGYSVERLSVPYVPQVTDEDRLSRRKSIVDTVSIQV ..:. .: : .::.: ::::::. .:: .::.::.:::::::.:.:: .:.:.:: KIAA09 SQNLDGVVIELLFRQSKISEVLGGSGYNSDRLCLPYIPQLTDEDRLSKRRSIGETISLQV 710 720 730 740 750 760 780 790 800 810 820 830 KIAA01 DILSNNVPSDDVVSNTEEITFEALKKAIDTSGMEEQEKEKRRLVIEKFQKAPFEEIAAQC .. : : : . :: KIAA09 EVESRNSPEKEEVSVRATVLGQPHLL 770 780 885 residues in 1 query sequences 1986620 residues in 2037 library sequences Scomplib [34.26] start: Thu Dec 18 15:09:11 2008 done: Thu Dec 18 15:09:12 2008 Total Scan time: 0.610 Total Display time: 0.040 Function used was FASTA [version 34.26.5 April 26, 2007]