# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/ha03961.fasta.huge -Q ../query/KIAA0128.ptfa ./tmplib.23147 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA0128, 424 aa vs ./tmplib.23147 library 1987081 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.5189+/-0.00772; mu= -1.0430+/- 0.518 mean_var=231.4510+/-59.290, 0's: 0 Z-trim: 5 B-trim: 123 in 1/39 Lambda= 0.084303 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 37, opt: 25, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA0202 ( 508 res) ha02944 ( 508) 2157 275.3 5.8e-75 KIAA0991 ( 630 res) hk06065 ( 630) 864 118.2 1.4e-27 KIAA0158 ( 367 res) ha03233 ( 367) 841 115.1 7.2e-27 >>KIAA0202 ( 508 res) ha02944 (508 aa) initn: 2157 init1: 2157 opt: 2157 Z-score: 1437.7 bits: 275.3 E(): 5.8e-75 Smith-Waterman score: 2157; 77.724% identity (93.947% similar) in 413 aa overlap (12-424:96-508) 10 20 30 40 KIAA01 TDIARQVGEGCRTVPLAGHVGFDSLPDQLVNKSVSQGFCFN :.. :.:::::::::::::.:::.::: :: KIAA02 PALVPAHPPGAELAMAATDLERFSNAEPEPRSLSLGGHVGFDSLPDQLVSKSVTQGFSFN 70 80 90 100 110 120 50 60 70 80 90 100 KIAA01 ILCVGETGLGKSTLMDTLFNTKFEGEPATHTQPGVQLQSNTYDLQESNVRLKLTIVSTVG ::::::::.::::::.::::: :: : :.: . :.:. .:::::::::.::::::..:: KIAA02 ILCVGETGIGKSTLMNTLFNTTFETEEASHHEACVRLRPQTYDLQESNVQLKLTIVDAVG 130 140 150 160 170 180 110 120 130 140 150 160 KIAA01 FGDQINKEDSYKPIVEFIDAQFEAYLQEELKIRRVLHTYHDSRIHVCLYFIAPTGHSLKS :::::::..::.:::..:::::: :::::::::: : :::.:::::::::.:::::::: KIAA02 FGDQINKDESYRPIVDYIDAQFENYLQEELKIRRSLFDYHDTRIHVCLYFITPTGHSLKS 190 200 210 220 230 240 170 180 190 200 210 220 KIAA01 LDLVTMKKLDSKVNIIPIIAKADAISKSELTKFKIKITSELVSNGVQIYQFPTDDESVAE :::::::::::::::::::::::.:::::: :::::: .:::::::::::::::::.::: KIAA02 LDLVTMKKLDSKVNIIPIIAKADTISKSELHKFKIKIMGELVSNGVQIYQFPTDDEAVAE 250 260 270 280 290 300 230 240 250 260 270 280 KIAA01 INGTMNAHLPFAVIGSTEELKIGNKMMRARQYPWGTVQVENEAHCDFVKLREMLIRVNME ::..:::::::::.:::::.:.:::..::::::::.:::::: ::::::::::::::::: KIAA02 INAVMNAHLPFAVVGSTEEVKVGNKLVRARQYPWGVVQVENENHCDFVKLREMLIRVNME 310 320 330 340 350 360 290 300 310 320 330 340 KIAA01 DLREQTHTRHYELYRRCKLEEMGFKDTDPDSKPFSLQETYEAKRNEFLGELQKKEEEMRQ :::::::.::::::::::::::::.:.: ::.::::::::::::.:::.:::.::::::: KIAA02 DLREQTHSRHYELYRRCKLEEMGFQDSDGDSQPFSLQETYEAKRKEFLSELQRKEEEMRQ 370 380 390 400 410 420 350 360 370 380 390 400 KIAA01 MFVQRVKEKEAELKEAEKELHEKFDRLKKLHQDEKKKLEDKKKSLDDEVNAFKQRKTAAE :::..::: : :::: :.::::::..::..::.::.:.:.:.. :..:.:::..::.:.: KIAA02 MFVNKVKETELELKEKERELHEKFEHLKRVHQEEKRKVEEKRRELEEETNAFNRRKAAVE 430 440 450 460 470 480 410 420 KIAA01 LLQSQGSQAGGSQTLKRDKEKKN ::::. .: ..: :..::.::: KIAA02 ALQSQALHATSQQPLRKDKDKKN 490 500 >>KIAA0991 ( 630 res) hk06065 (630 aa) initn: 817 init1: 268 opt: 864 Z-score: 586.7 bits: 118.2 E(): 1.4e-27 Smith-Waterman score: 864; 44.369% identity (78.498% similar) in 293 aa overlap (18-302:321-611) 10 20 30 40 KIAA01 TDIARQVGEGCRTVPLAGHVGFDSLPDQLVNKSVSQGFCFNILCVGE :.::.::. .:. :...::: :::. ::. 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