# /hgtech/tools/fasta-34.26.5_v890/fasta34_t -T 8 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/ha03611.fasta.nr -Q ../query/KIAA0086.ptfa /cdna2/lib/nr/nr 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA0086, 1044 aa vs /cdna2/lib/nr/nr library 2693465022 residues in 7827732 sequences statistics sampled from 60000 to 7825979 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.2892+/-0.000188; mu= 13.5946+/- 0.011 mean_var=78.3082+/-15.342, 0's: 37 Z-trim: 48 B-trim: 552 in 1/64 Lambda= 0.144934 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 39, opt: 27, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(7827732) gi|16753254|gb|AAH13124.1| DNA cross-link repair 1 (1040) 6986 1471.1 0 gi|73620749|sp|Q6PJP8.2|DCR1A_HUMAN RecName: Full= (1040) 6977 1469.2 0 gi|38566205|gb|AAH62582.1| DNA cross-link repair 1 (1040) 6966 1466.9 0 gi|114632910|ref|XP_508045.2| PREDICTED: DNA-cross (1040) 6907 1454.6 0 gi|109090605|ref|XP_001090942.1| PREDICTED: DNA-cr (1039) 6513 1372.2 0 gi|73998860|ref|XP_535018.2| PREDICTED: similar to (1074) 4686 990.2 0 gi|194205654|ref|XP_001495731.2| PREDICTED: simila (1043) 4680 988.9 0 gi|194042051|ref|XP_001926894.1| PREDICTED: simila (1058) 4655 983.7 0 gi|76655155|ref|XP_580486.2| PREDICTED: similar to (1051) 3930 832.1 0 gi|126273412|ref|XP_001377744.1| PREDICTED: simila (1043) 3692 782.3 0 gi|114053969|gb|ABI49507.1| DCLRE1A [Homo sapiens] ( 496) 3241 687.8 3.7e-195 gi|148669815|gb|EDL01762.1| DNA cross-link repair (1029) 2678 570.3 1.8e-159 gi|73620752|sp|Q9JIC3.2|DCR1A_MOUSE RecName: Full= (1026) 2669 568.4 6.4e-159 gi|7595835|gb|AAF64472.1|AF241240_1 SNM1 protein [ (1023) 2656 565.7 4.2e-158 gi|149040461|gb|EDL94499.1| DNA cross-link repair (1026) 2617 557.6 1.2e-155 gi|148669814|gb|EDL01761.1| DNA cross-link repair ( 557) 2046 438.0 6.6e-120 gi|149634612|ref|XP_001513453.1| PREDICTED: simila ( 994) 2025 433.8 2.2e-118 gi|73620743|sp|Q5QJC4.1|DCR1A_CHICK RecName: Full= ( 972) 1898 407.2 2.1e-110 gi|148922160|gb|AAI46633.1| LOC733261 protein [Xen ( 932) 1758 377.9 1.3e-101 gi|66910826|gb|AAH97815.1| LOC733261 protein [Xeno ( 526) 1754 376.9 1.5e-101 gi|189526049|ref|XP_001922627.1| PREDICTED: DNA cr ( 933) 1698 365.4 7.9e-98 gi|120537811|gb|AAI29477.1| Dclre1a protein [Danio ( 431) 1680 361.3 5.9e-97 gi|210090640|gb|EEA38911.1| hypothetical protein B ( 377) 1420 306.9 1.2e-80 gi|210089517|gb|EEA37821.1| hypothetical protein B ( 377) 1419 306.7 1.4e-80 gi|156222243|gb|EDO43089.1| predicted protein [Nem ( 338) 1275 276.6 1.5e-71 gi|222861836|gb|EEE99378.1| predicted protein [Pop ( 382) 1224 266.0 2.7e-68 gi|190580698|gb|EDV20779.1| hypothetical protein T ( 375) 1222 265.5 3.6e-68 gi|73621911|sp|Q38961.1|SNM1_ARATH RecName: Full=D ( 484) 1214 263.9 1.4e-67 gi|1495267|emb|CAA66406.1| orf12 [Arabidopsis thal ( 484) 1214 263.9 1.4e-67 gi|87241310|gb|ABD33168.1| DNA repair metallo-beta ( 511) 1210 263.1 2.6e-67 gi|115616464|ref|XP_001202045.1| PREDICTED: hypoth ( 351) 1204 261.7 4.6e-67 gi|222423539|dbj|BAH19739.1| AT3G26680 [Arabidopsi ( 484) 1204 261.9 5.9e-67 gi|38345210|emb|CAD40784.2| OSJNBb0012E08.8 [Oryza ( 481) 1188 258.5 6e-66 gi|222628797|gb|EEE60929.1| hypothetical protein O ( 517) 1188 258.5 6.3e-66 gi|56798256|dbj|BAD82911.1| Snm1 [Oryza sativa Jap ( 485) 1144 249.3 3.5e-63 gi|221110035|ref|XP_002170873.1| PREDICTED: simila (1070) 1109 242.3 1e-60 gi|162664687|gb|EDQ51397.1| predicted protein [Phy ( 334) 1088 237.5 8.9e-60 gi|157018434|gb|EAA07248.4| AGAP010353-PA [Anophel ( 689) 930 204.7 1.4e-49 gi|7296732|gb|AAF52011.1| Snm1 [Drosophila melanog ( 763) 909 200.3 3.1e-48 gi|190619760|gb|EDV35284.1| GF11594 [Drosophila an ( 676) 895 197.4 2.2e-47 gi|222855429|gb|EEE92976.1| predicted protein [Pop ( 740) 895 197.4 2.3e-47 gi|108872037|gb|EAT36262.1| DNA cross-link repair ( 778) 886 195.5 8.8e-47 gi|194198159|gb|EDX11735.1| GD19792 [Drosophila si ( 768) 885 195.3 1e-46 gi|194184128|gb|EDW97739.1| GE10135 [Drosophila ya ( 740) 879 194.0 2.3e-46 gi|3386625|gb|AAC28555.1| hypothetical protein [Ar ( 723) 876 193.4 3.6e-46 gi|194691900|gb|ACF80034.1| unknown [Zea mays] ( 280) 864 190.6 9.8e-46 gi|113631504|dbj|BAF25185.1| Os09g0439000 [Oryza s ( 966) 870 192.2 1.1e-45 gi|125605833|gb|EAZ44869.1| hypothetical protein O ( 967) 870 192.2 1.1e-45 gi|51091343|dbj|BAD36078.1| putative SNM1 [Oryza s (1024) 870 192.3 1.1e-45 gi|125563862|gb|EAZ09242.1| hypothetical protein O ( 966) 866 191.4 1.9e-45 >>gi|16753254|gb|AAH13124.1| DNA cross-link repair 1A (P (1040 aa) initn: 6986 init1: 6986 opt: 6986 Z-score: 7887.6 bits: 1471.1 E(): 0 Smith-Waterman score: 6986; 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