# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/ha03543.fasta.huge -Q ../query/KIAA0079.ptfa ./tmplib.23147 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA0079, 1102 aa vs ./tmplib.23147 library 1986403 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 13.2560+/-0.0133; mu= -21.0201+/- 0.901 mean_var=799.7427+/-190.415, 0's: 0 Z-trim: 9 B-trim: 0 in 0/40 Lambda= 0.045352 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 39, opt: 27, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA0755 ( 1093 res) hk04532 (1093) 3887 270.7 8.2e-73 >>KIAA0755 ( 1093 res) hk04532 (1093 aa) initn: 3844 init1: 3668 opt: 3887 Z-score: 1399.1 bits: 270.7 E(): 8.2e-73 Smith-Waterman score: 3988; 56.538% identity (79.492% similar) in 1063 aa overlap (52-1102:73-1093) 30 40 50 60 70 80 KIAA00 GQPQPIYPGYHQSSYGGQSGSTAPAIPYGAYNGPVPGYQQTPPQGMSRAPPSSGAPPAST :. : :: .::. . :: : :.. KIAA07 AGAGTDFFCRIILWNDIFIMSQQGYVATPPYSQPQPGIGLSPPHYGHYGDPSHTASPTGM 50 60 70 80 90 100 90 100 110 120 130 KIAA00 AQ--APCGQAAYGQFGQGDVQNGPSSTVQMQRLPGSQPFGSPLAPVGNQPPVLQPYGPPP . .: : .: .: . :: :: . ::. : . ..:: : :::: KIAA07 MKPAGPLGATAT----RGMLPPGPPP-------PGPHQFGQNGAHATGHPPQRFP-GPPP 110 120 130 140 150 140 150 160 170 180 190 KIAA00 TSAQVATQLSGMQISGAVAPAPPSSGLGFGPPTSLASAS--GSFPNSGLYGSYPQGQAPP .. ..... :: ::. .. : : .:.. :: .. .:: .:.::: KIAA07 VN----------NVASSHAPYQPSAQSSYPGPISTSSVTQLGSQLSAMQINSYGSGMAPP 160 170 180 190 200 200 210 220 230 240 250 KIAA00 LSQAQGHPG------IQTPQRSAPSQASSFTPPASGGPRLPS-MTGPLLPGQSFGGPSVS .:: :: .::: : : : : . : .. : :. ..:: : : . KIAA07 ---SQGPPGPLSATSLQTPPR--PPQPSILQPGSQVLPPPPTTLNGP---GASPLPLPMY 210 220 230 240 250 260 270 280 290 300 KIAA00 QPNHVSSPPQALPPGTQMTGPLGPLPPMHSPQQPGYQPQQNGSFGPAR-GPQSNYGGPYP .:. .:.:: ::..:. : ::: . :: ::: .: :: : : .: : .: KIAA07 RPDGLSGPP---PPNAQYQPP--PLPGQ--TLGAGYPPQQANS-GPQMAGAQLSYPGGFP 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 360 KIAA00 AAPTFGSQPGPPQPLPPKRLDPDAIPSPIQVIEDDRNNRGTEPFVTGVRGQVPPLVTTNF ..:. .. ::::: :.::::.:::::::::.:: .:: . ..:..:::.::::::. KIAA07 GGPA--QMAGPPQP--QKKLDPDSIPSPIQVIENDRASRGGQVYATNTRGQIPPLVTTDC 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 420 KIAA00 LVKDQGNASPRYIRCTSYNIPCTSDMAKQAQVPLAAVIKPLARLPPEEASPYVVDHGESG ...::::::::.::::.: .:::::::::::.::::::::.: .: .:. :.:.::::: KIAA07 MIQDQGNASPRFIRCTTYCFPCTSDMAKQAQIPLAAVIKPFATIPSNESPLYLVNHGESG 370 380 390 400 410 420 430 440 450 460 470 480 KIAA00 PLRCNRCKAYMCPFMQFIEGGRRFQCCFCSCINDVPPQYFQHLDHTGKRVDAYDRPELSL :.:::::::::::::::::::::.:: ::.:.::::: ::::::: :.:.: :..::::: KIAA07 PVRCNRCKAYMCPFMQFIEGGRRYQCGFCNCVNDVPPFYFQHLDHIGRRLDHYEKPELSL 430 440 450 460 470 480 490 500 510 520 530 540 KIAA00 GSYEFLATVDYCKNNKFPSPPAFIFMIDVSYNAIRTGLVRLLCEELKSLLDFLPREGGAE ::::..::.:::...: :.::::::::::::. :..:::.:.:::::..:. .:.: : KIAA07 GSYEYVATLDYCRKSKPPNPPAFIFMIDVSYSNIKNGLVKLICEELKTMLEKIPKEEQEE 490 500 510 520 530 540 550 560 570 580 590 600 KIAA00 ESAIRVGFVTYNKVLHFYNVKSSLAQPQMMVVSDVADMFVPLLDGFLVNVNESRAVITSL :::::::.::::::::.::::.:::::::::.::...::::::::::: .::..:: .: KIAA07 TSAIRVGFITYNKVLHFFNVKSNLAQPQMMVVTDVGEVFVPLLDGFLVNYQESQSVIHNL 550 560 570 580 590 600 610 620 630 640 650 660 KIAA00 LDQIPEMFADTRETETVFVPVIQAGMEALKAAECAGKLFLFHTSLPIAEAPGKLKNRDDR :::::.::::. :.::::. ::::::::::::.: ::::.::.::: ::::::::::::. KIAA07 LDQIPDMFADSNENETVFASVIQAGMEALKAADCPGKLFIFHSSLPTAEAPGKLKNRDDK 610 620 630 640 650 660 670 680 690 700 710 720 KIAA00 KLINTDKEKTLFQPQTGAYQTLAKECVAQGCCVDLFLFPNQYVDVATLSVVPQLTGGSVY ::.:::::: ::::::..:..:::.:::.:: : :::::.::::::.:..:::::::..: KIAA07 KLVNTDKEKILFQPQTNVYDSLAKDCVAHGCSVTLFLFPSQYVDVASLGLVPQLTGGTLY 670 680 690 700 710 720 730 740 750 760 770 780 KIAA00 KYASFQVENDQERFLSDLRRDVQKVVGFDAVMRVRTSTGIRAVDFFGAFYMSNTTDVELA :: .::.. :...::.::: :..: .::::.::::::::.::.::::.. :.::::::.: KIAA07 KYNNFQMHLDRQQFLNDLRNDIEKKIGFDAIMRVRTSTGFRATDFFGGILMNNTTDVEMA 730 740 750 760 770 780 790 800 810 820 830 840 KIAA00 GLDGDKTVTVEFKHDDRLNEESGALLQCALLYTSCAGQRRLRIHNLALNCCTQLADLYRN ..: ::.:::::::::.:.:.::::.:::.:::. .::::::::::.::: .::::::.. KIAA07 AIDCDKAVTVEFKHDDKLSEDSGALIQCAVLYTTISGQRRLRIHNLGLNCSSQLADLYKS 790 800 810 820 830 840 850 860 870 880 890 900 KIAA00 CETDTLINYMAKFAYRGVLNSPVKAVRDTLITQCAQILACYRKNCASPSSAGQLILPECM ::::.:::..:: :...::..:.:..:. :..: :..::::::::::::.:.:::::. : KIAA07 CETDALINFFAKSAFKAVLHQPLKVIREILVNQTAHMLACYRKNCASPSAASQLILPDSM 850 860 870 880 890 900 910 920 930 940 950 960 KIAA00 KLLPVYLNCVLKSDVLQPGAEVTTDDRAYVRQLVTSMDVTETNVFFYPRLLPLTKSPVES :.::::.::.::. :: :..::.::: :::: .: :.....::::.:::. :.: KIAA07 KVLPVYMNCLLKNCVLLSRPEISTDERAYQRQLVMTMGVADSQLFFYPQLLPIHTLDVKS 910 920 930 940 950 960 970 980 990 1000 1010 1020 KIAA00 TTEPPAVRASEERLSNGDIYLLENGLNLFLWVGASVQQGVVQSLFSVSSFSQITSGLSVL : : ::: :: :::. :.:: :::..:::.:.: ..:..:.: ::..:.. ...: KIAA07 TMLPAAVRCSESRLSEEGIFLLANGLHMFLWLGVSSPPELIQGIFNVPSFAHINTDMTLL 970 980 990 1000 1010 1020 1030 1040 1050 1060 1070 1080 KIAA00 PVLDNPLSKKVRGLIDSLRAQRSRYMKLTVVKQEDKMEMLFKHFLVEDKSLSGGASYVDF : . :: :...: .. .. .: ::::.:::... ::.:..::::::.: ::.::::: KIAA07 PEVGNPYSQQLRMIMGIIQQKRPYSMKLTIVKQREQPEMVFRQFLVEDKGLYGGSSYVDF 1030 1040 1050 1060 1070 1080 1090 1100 KIAA00 LCHMHKEIRQLLS :: .:::: :::. KIAA07 LCCVHKEICQLLN 1090 1102 residues in 1 query sequences 1986403 residues in 2037 library sequences Scomplib [34.26] start: Thu Dec 18 15:07:01 2008 done: Thu Dec 18 15:07:02 2008 Total Scan time: 0.700 Total Display time: 0.070 Function used was FASTA [version 34.26.5 April 26, 2007]