# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/ha00936.fasta.huge -Q ../query/KIAA0076.ptfa ./tmplib.23147 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA0076, 1701 aa vs ./tmplib.23147 library 1985804 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.3032+/-0.00544; mu= 11.3746+/- 0.371 mean_var=104.5979+/-25.276, 0's: 0 Z-trim: 3 B-trim: 7 in 1/39 Lambda= 0.125404 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 41, opt: 29, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA0708 ( 1753 res) hh01062b(revised) (1753) 3425 631.4 5.1e-181 KIAA0399 ( 2982 res) hg00651s2 (2982) 326 70.9 4.7e-12 >>KIAA0708 ( 1753 res) hh01062b(revised) (1753 aa) initn: 3952 init1: 3393 opt: 3425 Z-score: 3341.7 bits: 631.4 E(): 5.1e-181 Smith-Waterman score: 4516; 62.250% identity (81.942% similar) in 1102 aa overlap (592-1681:154-1227) 570 580 590 600 610 KIAA00 LINCHVYKKYGPEALAGNQAYPSLLEAQEDVLLLDAQAQAKDSEDAAKVEAKEPPSQ--S ..::. .. : . : .:. .: : KIAA07 IITQELRDTLFRHSGIAPRTEPMPTTRTILMMLLNRYSEPPGSPERAALETPIIQGQDGS 130 140 150 160 170 180 620 630 640 650 660 670 KIAA00 PNTPLQRLVEGYGPAGKILLDLEQALSSEGTQENKVKPLLLQLQRQPQPFLALMQSLDTP :. .. :: : ::....:::::..: ::. . :.::: .::.. :::: :...::.: KIAA07 PELLIRSLV-G-GPSAELLLDLERVLCREGSPGGAVRPLLKRLQQETQPFLLLLRTLDAP 190 200 210 220 230 240 680 690 700 710 720 730 KIAA00 ETNRTLHLTVLRILKQLVDFPEALLLPWHEAVDACMACLRSPNTDREVLQELIFFLHRLT :.:: :.:::.. .:.:::::..:::::... :. :: .:..: :..::: :::::. KIAA07 GPNKTLLLSVLRVITRLLDFPEAMVLPWHEVLEPCLNCLSGPSSDSEIVQELTCFLHRLA 250 260 270 280 290 300 740 750 760 770 780 790 KIAA00 SVSRDYAVVLNQLGARDAISKALEKHLGKLELAQELRDMVFKCEKHAHLYRKLITNILGG :. .:::::: :::.. .::.:.:: ..: :. ::::.: .:::.:.:: .: ..::.: KIAA07 SMHKDYAVVLCCLGAKEILSKVLDKHSAQLLLGCELRDLVTECEKYAQLYSNLTSSILAG 310 320 330 340 350 360 800 810 820 830 840 850 KIAA00 CIQMVLGQIEDHRRTHRPINIPFFDVFLRYLCQGSSVEVKEDKCWEKVEVSSNPHRASKL ::::::::::::::::.::::::::::::.:::::::::::::::::::::::::::::: KIAA07 CIQMVLGQIEDHRRTHQPINIPFFDVFLRHLCQGSSVEVKEDKCWEKVEVSSNPHRASKL 370 380 390 400 410 420 860 870 880 890 900 910 KIAA00 TDHNPKTYWESNGSAGSHYITLHMRRGILIRQLTLLVASEDSSYMPARVVVCGGDSTSSL ::::::::::::::.:::::::::.::.:.::::::::::::::::::::: :::::: . KIAA07 TDHNPKTYWESNGSTGSHYITLHMHRGVLVRQLTLLVASEDSSYMPARVVVFGGDSTSCI 430 440 450 460 470 480 920 930 940 950 960 970 KIAA00 HTELNSVNVMPSASRVILLENLTRFWPIIQIRIKRCQQGGIDTRIRGLEILGPKPTFWPV ::::.::::::::::::::::.:::::::::::::::::::::.::.:.:::::::::. KIAA07 GTELNTVNVMPSASRVILLENLNRFWPIIQIRIKRCQQGGIDTRVRGVEVLGPKPTFWPL 490 500 510 520 530 540 980 990 1000 1010 1020 1030 KIAA00 FREQLCRHTRLFYMVRAQAWSQDMAEDRRSLLHLSSRLNGALRQEQNFADRFLPDDEAAQ :::::::.: ::: .::::::.:.:::.: ::.: ::: .::.:::::::::::::::: KIAA07 FREQLCRRTCLFYTIRAQAWSRDIAEDHRRLLQLCPRLNRVLRHEQNFADRFLPDDEAAQ 550 560 570 580 590 600 1040 1050 1060 1070 1080 1090 KIAA00 ALGKTCWEALVSPVVQNITSPDEDGISPLGWLLDQYLECQEAVFNPQSRGPAFFSRVRRL :::::::::::::.:::::::: .:.: :::::::::: .:. :: ::. .: :::::: KIAA07 ALGKTCWEALVSPLVQNITSPDAEGVSALGWLLDQYLEQRETSRNPLSRAASFASRVRRL 610 620 630 640 650 660 1100 1110 1120 1130 1140 1150 KIAA00 THLLVHVEPCEAPPPVVATPRPKGRN-RSHDWSSLATRGLPSSIMRNLTRCWRAVVEKQV :::::::: .: : .: :: ..: ...: : . :::: .::.:.:: .::..:: KIAA07 CHLLVHVEPPPGPSPEPST-RPFSKNSKGRDRSPAPSPVLPSSSLRNITQCWLSVVQEQV 670 680 690 700 710 720 1160 1170 1180 1190 1200 1210 KIAA00 NNFLTSSWRDDDFVPRYCEHFNILQNSSSELFGPRAAFLLALQNGCAGALLKLPFLKAAH . ::...:: :::::::. .. :: ..::::::::::.:::..: .::::. :: ::: KIAA07 SRFLAAAWRAPDFVPRYCKLYEHLQRAGSELFGPRAAFMLALRSGFSGALLQQSFLTAAH 730 740 750 760 770 780 1220 1230 1240 1250 1260 1270 KIAA00 VSEQFARHIDQQIQGSRIGGAQEMERLAQLQQCLQAVLIFSGLEIATTFEHYYQHYMADR .::::::.:::::::. :::: .: :.:::. :. ....::::.::::::.:::::::: KIAA07 MSEQFARYIDQQIQGGLIGGAPGVEMLGQLQRHLEPIMVLSGLELATTFEHFYQHYMADR 790 800 810 820 830 840 1280 1290 1300 1310 1320 1330 KIAA00 LLGVVSSWLEGAVLEQIGPCFPNRLPQQMLQSLSTSKELQRQFHVYQLQQLDQELLKLED ::. ::::::::::::: :::::::: ::::::::.:::::::..:::.::. .:. :: KIAA07 LLSFGSSWLEGAVLEQIGLCFPNRLPQLMLQSLSTSEELQRQFHLFQLQRLDKLFLEQED 850 860 870 880 890 900 1340 1350 1360 1370 1380 1390 KIAA00 TEKKIQVGLGASGKEHKSEKEEEAGAAAVVDVAEGEEEEEENEDLYYEGAMPEVSVLVLS :.: . :.::: ::::: ...:. : : .:.:::: KIAA07 EEEK------------RLEEEEEE-----------EEEEEAEKELFIEDPSPAISILVLS 910 920 930 1400 1410 1420 1430 1440 1450 KIAA00 RHSWPVASICHTLNPRTCLPSYLRGTLNRYSNFYNKSQSHPALERGSQRRLQWTWLGWAE . :::. .:. .:: :::. . .:.:.:.::..::.::.:. : .::::::::: :: KIAA07 PRCWPVSPLCYLYHPRKCLPTEFCDALDRFSSFYSQSQNHPVLDMGPHRRLQWTWLGRAE 940 950 960 970 980 990 1460 1470 1480 1490 1500 1510 KIAA00 LQFGNQTLHVSTVQMWLLLYLNDLKAVSVESLLAFSGLSADMLNQAIGPLTSSRGPLDLH ::::.: :::::::::::: .:. . ::::.:: : :: ..: ::. ::::. ::: :: KIAA07 LQFGKQILHVSTVQMWLLLKFNQTEEVSVETLLKDSDLSPELLLQALVPLTSGNGPLTLH 1000 1010 1020 1030 1040 1050 1520 1530 1540 1550 1560 1570 KIAA00 EQKDIP-GGVLKIRDGSKEPRSRWDIVRLIPPQTYLQAEGEDGQNLEKRRNLLNCLIVRI : .:.: ::::.... . :. . . :::::.::..: ..:..::..::::.::.::: KIAA07 EGQDFPHGGVLRLHEPG--PQRSGEALWLIPPQAYLNVEKDEGRTLEQKRNLLSCLLVRI 1060 1070 1080 1090 1100 1110 1580 1590 1600 1610 1620 1630 KIAA00 LKAHGDEGLHIDQLVCLVLEAWQKGPCPPRGLVSSLGKGSACSSTDVLSCILHLLGKGTL :::::..::::::::::::::::::: :: : ... : ::.:::::::::::::.: . KIAA07 LKAHGEKGLHIDQLVCLVLEAWQKGPNPPGTLGHTVAGGVACTSTDVLSCILHLLGQGYV 1120 1130 1140 1150 1160 1170 1640 1650 1660 1670 1680 KIAA00 RRHDDRPQVLSYAVPVTVMEPHTESLNP--GS----SGPNPPL--TFHTLQIRSRGVPYA .:.:::::.: ::.: . . .. : :: : :.: :. .::. KIAA07 KRRDDRPQILMYAAPEPMGPCRGQADVPFCGSQSETSKPSPEAVATLASLQLPAGRTMSP 1180 1190 1200 1210 1220 1230 1690 1700 KIAA00 SCTATQSFSTFR KIAA07 QEVEGLMKQTVRQVQETLNLEPDVAQHLLAHSHWGAEQLLQSYSEDPEPLLLAAGLCVHQ 1240 1250 1260 1270 1280 1290 >>KIAA0399 ( 2982 res) hg00651s2 (2982 aa) initn: 371 init1: 310 opt: 326 Z-score: 308.3 bits: 70.9 E(): 4.7e-12 Smith-Waterman score: 326; 42.424% identity (72.727% similar) in 132 aa overlap (842-971:272-401) 820 830 840 850 860 870 KIAA00 RRTHRPINIPFFDVFLRYLCQGSSVEVKEDKCWEKVEVSSNPHRASKLTDHNPKTYWESN ::. .:.::: .:.:. . ..::.:. KIAA03 ESLDQLVQKEKESPGDLTRSPEMDKLKSVAKCYAYIETSSNSADIDKMTNGETSSYWQSD 250 260 270 280 290 300 880 890 900 910 920 930 KIAA00 GSAGSHYITLHMRRGILIRQLTLLVASEDSSYMPARVVVCGGDSTSSLHTELNSVNVMPS ::: ::.: :.:. ...:.:.. ::. :.:::: .:.: : ..:.:. :. .:.. :: KIAA03 GSACSHWIRLKMKPDVVLRHLSIAVAATDQSYMPQQVTVAVGRNASDLQ-EVRDVHI-PS 310 320 330 340 350 940 950 960 970 980 KIAA00 --ASRVILLENLTRFWPIIQIRIKRCQQGGIDTRIRGLEILGPKPTFWPVFREQLCRHTR .. : :::: . .:: :::: . : ::::.::. .: KIAA03 NVTGYVTLLENANVSQLYVQINIKRCLSDGCDTRIHGLRAVGFQRVKKSGVSVSDASAIW 360 370 380 390 400 410 990 1000 1010 1020 1030 1040 KIAA00 LFYMVRAQAWSQDMAEDRRSLLHLSSRLNGALRQEQNFADRFLPDDEAAQALGKTCWEAL KIAA03 YWSLLTSLVTASMETNPAFVQTVLHNTQKALRHMPPLSLSPGSTDFSTFLSPNVLEEVDS 420 430 440 450 460 470 1701 residues in 1 query sequences 1985804 residues in 2037 library sequences Scomplib [34.26] start: Thu Dec 18 15:06:54 2008 done: Thu Dec 18 15:06:55 2008 Total Scan time: 0.910 Total Display time: 0.210 Function used was FASTA [version 34.26.5 April 26, 2007]