# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/ha00512.fasta.huge -Q ../query/KIAA0023.ptfa ./tmplib.23147 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA0023, 2111 aa vs ./tmplib.23147 library 1985394 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 16.1442+/-0.0121; mu= -37.7921+/- 0.818 mean_var=720.3807+/-172.390, 0's: 0 Z-trim: 14 B-trim: 8 in 1/39 Lambda= 0.047785 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 43, opt: 31, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA0618 ( 1052 res) hg03971 (1052) 504 51.5 1.4e-06 KIAA1683 ( 832 res) fh24307 ( 832) 330 39.4 0.0048 KIAA1760 ( 2219 res) af00030 (2219) 338 40.3 0.0069 KIAA1114 ( 1458 res) fj15925 (1458) 325 39.3 0.0093 >>KIAA0618 ( 1052 res) hg03971 (1052 aa) initn: 372 init1: 146 opt: 504 Z-score: 210.0 bits: 51.5 E(): 1.4e-06 Smith-Waterman score: 667; 26.195% identity (53.676% similar) in 1088 aa overlap (944-1996:45-1010) 920 930 940 950 960 970 KIAA00 HSFDSDLESLCNALLKTTIESHTKSLPKVPAKLSPMKQAQLRNFLAKRKTPPVRSTAPAS : ::: .. .. . .. : .:: : KIAA06 TPRRRYPIHQAQYSCLGVLPTVCWNGYHKKAVLSPRNSRMVCSPVTVRIAPPDRR----- 20 30 40 50 60 980 990 1000 1010 1020 1030 KIAA00 LSRSAFLSQRYYEDLDEVSSTSSVSQSLESEDARTSCKDDEAVVQAPRHAPVVRTPSIQP .::::. : .::: : .: .: : :.:..: .. :: . 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KIAA06 HSAFGL--KATASAFG-APASSQ--PAFGGSTAVFFGAATS-------SGFGATTQTASS 830 840 850 860 870 1850 1860 1870 1880 1890 1900 KIAA00 GQAASTGGIVFGQQSSSSSGSVFGSGNTGRGGGFFSGLGGKPSQDAANKNPFSSASGGFG :...: ::: :.. : .::.. . :.: : :.. .... . :: ..: : KIAA06 GSSSS----VFG--STTPSPFTFGGSAAPAGSGSF-GINVATPGSSTTTGAFSFGAGQSG 880 890 900 910 920 1910 1920 1930 1940 1950 1960 KIAA00 STATSNT------SNLFGNSGAKTFGGFASSSFGEQKPTGTFSSGGGSVASQGFGFSSPN :::::. .: .:..: .: .: :: :.::. : :..:. ::...: KIAA06 STATSTPFAGGLGQNALGTTGQSTPFAFNVSSTTESKPV--F----GGTATPTFGLNTPA 930 940 950 960 970 1970 1980 1990 2000 2010 KIAA00 KTGGFGAAPVFGSPPTFGGS--P--GFGGVPAFGSAPAFTSPLGSTGGKVFGEGTAAASA : :.. :: .::.: : :: :: ::.. : KIAA06 P--GVGTS---GSSLSFGASSAPAQGFVGVAPFGNTFAHQQEHSPRKGPNNLSKRKLLPA 980 990 1000 1010 1020 1030 2020 2030 2040 2050 2060 2070 KIAA00 GGFGSLAMSLSPTLKGRLLLMRPKAGGGREQAAPGRKSNESRSLGHLCMERALTSPLKVW KIAA06 VRAQGPPRRGQASSFPTRKE 1040 1050 >>KIAA1683 ( 832 res) fh24307 (832 aa) initn: 198 init1: 88 opt: 330 Z-score: 146.6 bits: 39.4 E(): 0.0048 Smith-Waterman score: 390; 23.936% identity (53.457% similar) in 752 aa overlap (1072-1807:1-686) 1050 1060 1070 1080 1090 1100 KIAA00 FAKSHLVHGSSPGVMGTSVATSASKIIPQGADSTMLATKTVKHGAPSPSHPISAPQAAAA :. .... .. ..: :: . ... :. . 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KIAA17 APYAVDVAAQVPTVPVPPAAVLSPPLPEVLLPAAPELLPQFPSSLATVSASVQSVPTQTA 1030 1040 1050 1060 1070 1080 710 720 730 740 750 KIAA00 ------DPVMAGIGEEIAH----FQKELEELKARTSKACFQVGTSEEMKMLRTESDDLHT .: . : : :: : .: .. . .. : . . :: KIAA17 TLLPPANPPLPG-GPGIASPCPTVQLTVEPVQEEQASQDKPPGLPQSCESY-GGSD---- 1090 1100 1110 1120 1130 760 770 780 790 800 810 KIAA00 FLLEIKETTESLHGDISSLKTTLLEGFAGVEE------AREQNERNRDSGYLHLLYKRPL . :: ..: .: ... . ::: :. .. :: ..:: : KIAA17 -VTSGKELSDSCEGAFGGGR---LEGRAARKHHRRSTRARSRQERASRPRLTILNVCNTG 1140 1150 1160 1170 1180 1190 820 830 840 850 860 870 KIAA00 DPKSEAQLQEIRRLHQYVKFAVQDVNDVLDLEWDQHLEQKKKQRHLLVPERETLFNTLAN : : ::. . :..: : . .:. : .:. .: ::::... . KIAA17 DKMVECQLET--HNHKMVTFKFDLDGDAPDEIATYMVEHD----FILQAERETFIEQM-- 1200 1210 1220 1230 1240 880 890 900 910 920 KIAA00 NREIINQQRKRLNHLVDSLQQLRLYKQTSLWSLSSAVPSQSSIHSFDSDLESLCNALL-- ...... . :.. .:. . : . : : .. . . . .: :: . KIAA17 -KDVMDKAEDMLSEDTDA-------DRGSDPGTSPPHLSTCGLGTGEESRQSQANAPVYQ 1250 1260 1270 1280 1290 930 940 950 960 970 980 KIAA00 KTTIESHTKSLPKVPAKLSPMKQAQLRNFLAKRKTPPVR-STAPASLSRSAFLSQRYYED ...... . . :. : .: ...::. :. : :.. : : .. KIAA17 QNVLHTGKRWFIICPVAEHPAPEAP-------ESSPPLPLSSLPPEASQD---SAPYKDQ 1300 1310 1320 1330 1340 990 1000 1010 1020 1030 1040 KIAA00 LDEVSSTSSV-SQSLESEDARTSCKDDEAVVQAPRHAPVVRTPS--IQPSLLPHAAPFAK :. . : . ::.: :. . .. . :: ::. :. :. : :. KIAA17 LSSKEQPSFLASQQLLSQAGPSNPPGAPPAPLAPSSPPVTALPQDGAAPATSTMPEP-AS 1350 1360 1370 1380 1390 1400 1050 1060 1070 1080 1090 1100 KIAA00 SHLVHGSSPGV-MGTSVATSASKIIPQGADSTMLATKTVKHGAPSPSHPISAPQAAA--- . ....::. .: . .:. . . .. ::.. . : .: : ::.::. 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