# /hgtech/tools/fasta-34.26.5_v890/fasta34_t -T 8 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/ha00450s1.fasta.nr -Q ../query/KIAA0013.ptfa /cdna2/lib/nr/nr 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA0013, 1086 aa vs /cdna2/lib/nr/nr library 2693465022 residues in 7827732 sequences statistics sampled from 60000 to 7823017 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.4331+/-0.000189; mu= 12.9724+/- 0.011 mean_var=83.6823+/-16.065, 0's: 35 Z-trim: 66 B-trim: 0 in 0/65 Lambda= 0.140203 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 39, opt: 27, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(7827732) gi|114656186|ref|XP_510272.2| PREDICTED: Rho GTPas (1091) 7079 1442.6 0 gi|119361641|sp|Q6P4F7.2|RHGBA_HUMAN RecName: Full (1023) 6690 1363.9 0 gi|109080507|ref|XP_001084475.1| PREDICTED: simila (1289) 6682 1362.3 0 gi|194381166|dbj|BAG64151.1| unnamed protein produ ( 834) 5422 1107.3 0 gi|119612666|gb|EAW92260.1| Rho GTPase activating ( 694) 4514 923.6 0 gi|73999801|ref|XP_544601.2| PREDICTED: similar to ( 943) 3440 706.5 1.7e-200 gi|148695911|gb|EDL27858.1| Rho GTPase activating (1083) 3318 681.8 5.2e-193 gi|39793952|gb|AAH63444.1| Rho GTPase activating p ( 501) 3258 669.4 1.3e-189 gi|109468553|ref|XP_230459.4| PREDICTED: similar t ( 994) 3230 664.0 1.1e-187 gi|81895387|sp|Q80Y19.1|RHGBA_MOUSE RecName: Full= ( 987) 3189 655.7 3.4e-185 gi|123858298|emb|CAM16570.1| Rho GTPase activating ( 987) 3189 655.7 3.4e-185 gi|194206831|ref|XP_001503706.2| PREDICTED: Rho GT ( 499) 2888 594.6 4.4e-167 gi|194670632|ref|XP_875227.3| PREDICTED: similar t ( 497) 2832 583.3 1.1e-163 gi|123858300|emb|CAM16572.1| Rho GTPase activating ( 498) 2671 550.7 7.1e-154 gi|148695912|gb|EDL27859.1| Rho GTPase activating ( 553) 2559 528.1 5.1e-147 gi|123858299|emb|CAM16571.1| Rho GTPase activating ( 457) 2430 501.9 3.1e-139 gi|197725382|pdb|3EAP|A Chain A, Crystal Structure ( 271) 1673 348.6 2.6e-93 gi|46362541|gb|AAH66588.1| Zgc:77004 [Danio rerio] ( 461) 1517 317.2 1.2e-83 gi|121942629|sp|Q3KRB8.1|RHGBB_HUMAN RecName: Full ( 267) 1440 301.5 4e-79 gi|194034947|ref|XP_001924614.1| PREDICTED: simila ( 969) 1409 295.7 8.2e-77 gi|54673768|gb|AAH85123.1| Arhgap11a protein [Ratt ( 522) 1318 277.0 1.8e-71 gi|26328453|dbj|BAC27965.1| unnamed protein produc ( 648) 1310 275.5 6.4e-71 gi|149574070|ref|XP_001519030.1| PREDICTED: simila ( 265) 1260 265.1 3.6e-68 gi|34604128|gb|AAQ79777.1| Rho GTPase activating p ( 992) 1216 256.6 4.7e-65 gi|183986461|gb|AAI66229.1| LOC100158559 protein [ ( 946) 1088 230.7 2.8e-57 gi|28279443|gb|AAH46258.1| MGC53357 protein [Xenop ( 950) 1032 219.4 7.3e-54 gi|47230264|emb|CAG10678.1| unnamed protein produc ( 847) 943 201.4 1.8e-48 gi|169208760|ref|XP_001716962.1| PREDICTED: simila ( 144) 879 187.8 3.6e-45 gi|47123176|gb|AAH70822.1| MGC83907 protein [Xenop ( 803) 754 163.1 5.4e-37 gi|57920936|gb|AAH89149.1| MGC85067 protein [Xenop ( 801) 723 156.8 4.2e-35 gi|149497871|ref|XP_001517623.1| PREDICTED: simila ( 564) 654 142.8 5.1e-31 gi|47224553|emb|CAG03537.1| unnamed protein produc ( 221) 618 135.2 3.9e-29 gi|149022926|gb|EDL79820.1| rCG27309 [Rattus norve ( 90) 523 115.6 1.2e-23 gi|156221379|gb|EDO42235.1| predicted protein [Nem ( 558) 531 117.9 1.6e-23 gi|210080579|gb|EEA29855.1| hypothetical protein B ( 279) 492 109.7 2.2e-21 gi|190588514|gb|EDV28536.1| hypothetical protein T ( 474) 454 102.2 6.7e-19 gi|221116972|ref|XP_002164915.1| PREDICTED: simila ( 586) 449 101.3 1.6e-18 gi|116487943|gb|AAI25865.1| Zgc:153345 [Danio reri ( 922) 447 101.1 3e-18 gi|108871373|gb|EAT35598.1| hypothetical protein A (1045) 439 99.5 1e-17 gi|110756779|ref|XP_396895.3| PREDICTED: similar t ( 868) 433 98.2 2e-17 gi|210121431|gb|EEA69143.1| hypothetical protein B ( 181) 417 94.4 5.8e-17 gi|212512407|gb|EEB15185.1| Rho-GTPase-activating ( 816) 418 95.1 1.6e-16 gi|156542381|ref|XP_001600720.1| PREDICTED: hypoth (1080) 412 94.0 4.5e-16 gi|194166312|gb|EDW81213.1| GK11942 [Drosophila wi ( 816) 410 93.5 4.9e-16 gi|163779102|gb|EDQ92716.1| predicted protein [Mon ( 356) 386 88.4 7.5e-15 gi|91087031|ref|XP_974382.1| PREDICTED: similar to ( 766) 390 89.5 7.6e-15 gi|126632134|gb|AAI34069.1| Zgc:153345 protein [Da ( 272) 327 76.4 2.4e-11 gi|126272989|ref|XP_001372086.1| PREDICTED: simila ( 781) 328 76.9 4.6e-11 gi|209156022|gb|ACI34243.1| Rho GTPase-activating ( 659) 320 75.3 1.2e-10 gi|83770470|dbj|BAE60603.1| unnamed protein produc (1213) 320 75.5 2e-10 >>gi|114656186|ref|XP_510272.2| PREDICTED: Rho GTPase ac (1091 aa) initn: 7079 init1: 7079 opt: 7079 Z-score: 7732.7 bits: 1442.6 E(): 0 Smith-Waterman score: 7079; 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