KCC001684A_c01
[Fasta Sequence]   [Nr Search]   [EST assemble image]  

Fasta Sequence
>KCC001684A_C01 KCC001684A_c01
ctgggtggagaagcacggcgaccacctgcacgtgcagctcaagtgggacgcgccgttcgg
cgggcagggcacggaccactTCCGGCTGATGGGCGAGGACGAGCTGCAGATCGAGAGCGT
GCTGAACGTGGCGGGGCAGACAGCCAGCTACCTGACGATCTACAACCGCAAGCACGACCG
CCAGCACCGCCACCACGACGGCCGCAGCGAGGACGGCCACGAGGACGGTGGTCACCACCA
CGGCGACCAACAGCGCCAGCACCCCCGCGACGTGGACAGTCAACCCCGGCAGAAGCGGTG
AAGCAGCGCCAGACGCCGGCCGCCTCGTGCCTGGCTGGGCGGCCGTGTGGACTGGCACGC
ACGTGCGTGGCTGCGCCGCACACGTTCACGCGTCATGAGATCTTCAATGTGCGAATAGGC
GGATGGGCAGTCACCGCCACACCAACCGGCGCCAACCGAGCTAATTACGGCCCGCACTAC
CCGGCGCCGATAGCAAACATAGCCACATCGGATTGATTGTAATAGGTGGCTAAGGCCTCC
TGGTGCTTTCATCTATTTTTCGGGCTGGGCCCCTGGTGCGCAGCGTAATCCGAGGGTACG
TTGATTGGTTTTTTCCGAACACACTGAAAGAGAGGATTGCCGGGATTC


Nr search


BLASTX 2.2.2 [Dec-14-2001]

Reference: Altschul, Stephen F., Thomas L. Madden, Alejandro A. Schaffer, 
Jinghui Zhang, Zheng Zhang, Webb Miller, and David J. Lipman (1997), 
"Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search
programs",  Nucleic Acids Res. 25:3389-3402.

Query= KCC001684A_C01 KCC001684A_c01
         (648 letters)

Database: nr 
           1,537,769 sequences; 498,525,298 total letters

Searching..................................................done

                                                                   Score     E
Sequences producing significant alignments:                        (bits)  Value

ref|NP_626076.1| putative integral membrane protein [Streptomyce...    55  1e-06
gb|AAK61484.1| glycoprotein gp2 [Equine herpesvirus 1]                 52  1e-05
sp|P14328|SP96_DICDI Spore coat protein SP96 gi|84145|pir||S0763...    52  1e-05
gb|AAO50776.1| similar to Dictyostelium discoideum (Slime mold)....    52  1e-05
gb|AAK61480.1| glycoprotein gp2 [Equine herpesvirus 1]                 52  1e-05

>ref|NP_626076.1| putative integral membrane protein [Streptomyces coelicolor A3(2)]
           gi|7480852|pir||T36771 probable integral membrane
           protein - Streptomyces coelicolor
           gi|5525059|emb|CAB50875.1| putative integral membrane
           protein [Streptomyces coelicolor A3(2)]
          Length = 684

 Score = 54.7 bits (130), Expect = 1e-06
 Identities = 37/102 (36%), Positives = 43/102 (41%), Gaps = 13/102 (12%)
 Frame = +1

Query: 7   GEARRPPARAAQVGRAVRRAGHGPLPADGRGRAADRERAERGGADSQLPDDLQ------- 165
           G+ +  PAR      A +  G G   + G GR  D    E GG D +  DD+        
Sbjct: 579 GQGQADPARQGGADPARQGDGGGSRRSGGPGRYGDGAGREDGGRDGRSDDDVYGAPTVAG 638

Query: 166 PQARPPAPPPR------RPQRGRPRGRWSPPRRPTAPAPPRR 273
           P   PP  P R      RP R RP G   PP  P  PAPPRR
Sbjct: 639 PLGPPPGTPRRPPGPGERPPRPRPWGEGPPPPPPPPPAPPRR 680

>gb|AAK61484.1| glycoprotein gp2 [Equine herpesvirus 1]
          Length = 374

 Score = 51.6 bits (122), Expect = 1e-05
 Identities = 43/132 (32%), Positives = 57/132 (42%), Gaps = 4/132 (3%)
 Frame = +3

Query: 12  STATTCTCSSSGTRRSAGRARTTSG*W--ARTSCRSRAC*TWRGRQPAT*RSTTASTTAS 185
           + ATT + +++ T  SA  A TTS     A TS  + A  T      AT  S T + T S
Sbjct: 220 TAATTSSATTAATTSSATTAATTSSATTAATTSSATTAATTSSATTAATTSSATTAATTS 279

Query: 186 TATTTAAARTATRTVVTTTATNSASTPATWTVNPGRSGEAAPDAGRLVPG--WAAVWTGT 359
           +ATT A   +AT    TT AT +A+T    T     +  A   A         AA  TG+
Sbjct: 280 SATTAATTSSATTAATTTAATTTAATTTAATTTAATTTAATTTAATTTAATTTAATTTGS 339

Query: 360 HVRGCAAHVHAS 395
              G  +   AS
Sbjct: 340 PTSGSTSTTGAS 351

 Score = 48.5 bits (114), Expect = 8e-05
 Identities = 33/102 (32%), Positives = 50/102 (48%)
 Frame = +3

Query: 12  STATTCTCSSSGTRRSAGRARTTSG*WARTSCRSRAC*TWRGRQPAT*RSTTASTTASTA 191
           + ATT + +++ T  SA  A TTS   A T+  + A  T       T  +TTA+TT +  
Sbjct: 265 TAATTSSATTAATTSSATTAATTSS--ATTAATTTAATT-------TAATTTAATTTAAT 315

Query: 192 TTTAAARTATRTVVTTTATNSASTPATWTVNPGRSGEAAPDA 317
           TT A    AT T  TTTA  +  +P + + +   +  + P A
Sbjct: 316 TTAATTTAATTTAATTTAATTTGSPTSGSTSTTGASTSTPSA 357

 Score = 44.3 bits (103), Expect = 0.002
 Identities = 36/96 (37%), Positives = 50/96 (51%), Gaps = 5/96 (5%)
 Frame = +3

Query: 9   RSTATTCTCSSSGTRRSAGRARTTSG*WARTSCR---SRAC*TWRGRQPAT*RSTTASTT 179
           +S++T  T SS+ +  S+  +  TS     T+     S    T     P T  +TTA TT
Sbjct: 79  QSSSTAATSSSAPSTASSTTSIPTSTSTETTTTTPTASTTTPTTTTAAPTTAATTTAVTT 138

Query: 180 A--STATTTAAARTATRTVVTTTATNSASTPATWTV 281
           A  ++A TT A  TAT T  TTT T++ +T AT TV
Sbjct: 139 AASTSAETTTATATATSTPTTTTPTSTTTTTATTTV 174

 Score = 42.7 bits (99), Expect = 0.005
 Identities = 35/116 (30%), Positives = 48/116 (41%)
 Frame = +3

Query: 12  STATTCTCSSSGTRRSAGRARTTSG*WARTSCRSRAC*TWRGRQPAT*RSTTASTTASTA 191
           ST T  T +++ T  +   A TT+   A TS  +          P T  +T  STT +TA
Sbjct: 116 STTTPTTTTAAPTTAATTTAVTTA---ASTSAETTTATATATSTPTT--TTPTSTTTTTA 170

Query: 192 TTTAAARTATRTVVTTTATNSASTPATWTVNPGRSGEAAPDAGRLVPGWAAVWTGT 359
           TTT     +T T  TT AT +A+T    T     +  A   A        A  T +
Sbjct: 171 TTTVPTTASTTTDTTTAATTTAATTTAATTTAATTTAATTTAATTSSATTAATTSS 226

 Score = 40.8 bits (94), Expect = 0.017
 Identities = 37/92 (40%), Positives = 49/92 (53%), Gaps = 5/92 (5%)
 Frame = +3

Query: 12  STATTCTCSSSGTRRSAGRARTTSG*WARTSCRSRAC*TWRGRQPAT*RSTTASTTAST- 188
           +T  T T +S+ T  +     TT+   A T+  + A  T      AT  +T A+TTA+T 
Sbjct: 146 TTTATATATSTPTTTTPTSTTTTT---ATTTVPTTASTTTDTTTAAT--TTAATTTAATT 200

Query: 189 --ATTTAAARTATRTVVTTTA--TNSASTPAT 272
             ATTTAA  TA  T   TTA  T+SA+T AT
Sbjct: 201 TAATTTAATTTAATTSSATTAATTSSATTAAT 232

 Score = 40.4 bits (93), Expect = 0.023
 Identities = 32/99 (32%), Positives = 46/99 (46%)
 Frame = +3

Query: 12  STATTCTCSSSGTRRSAGRARTTSG*WARTSCRSRAC*TWRGRQPAT*RSTTASTTASTA 191
           S+ATT   +SS T  +   A TT+      +  + A  T      AT   TTA+TT +  
Sbjct: 279 SSATTAATTSSATTAATTTAATTTAATTTAATTTAATTTAATTTAAT---TTAATTTAAT 335

Query: 192 TTTAAARTATRTVVTTTATNSASTPATWTVNPGRSGEAA 308
           TT +    +T T   +T+T SAST  + T     +  AA
Sbjct: 336 TTGSPTSGSTSTTGASTSTPSASTATSATPTSTSTSAAA 374

 Score = 38.9 bits (89), Expect = 0.066
 Identities = 36/107 (33%), Positives = 55/107 (50%), Gaps = 15/107 (14%)
 Frame = +3

Query: 12  STATTCTCSSSGTRRSAGRARTTSG*WARTSCRSRAC*TWRGRQP-----------AT*R 158
           ST TT T +SS +   +G++ T+SG    +S  + +  T     P           +T  
Sbjct: 22  STTTTETTTSSSSTSGSGQS-TSSGTTNSSSSPTTSPPTTSSSPPTSTHTSSPSSTSTQS 80

Query: 159 STTASTTAS---TATTTAAARTATRT-VVTTTATNSASTPATWTVNP 287
           S+TA+T++S   TA++T +  T+T T   TTT T S +TP T T  P
Sbjct: 81  SSTAATSSSAPSTASSTTSIPTSTSTETTTTTPTASTTTPTTTTAAP 127

 Score = 38.1 bits (87), Expect = 0.11
 Identities = 30/90 (33%), Positives = 41/90 (45%), Gaps = 1/90 (1%)
 Frame = +3

Query: 12  STATTCTCSSSGTRRSAGRARTTSG*WARTSCRSRAC*TWRGRQPAT*RSTTASTTASTA 191
           S ++T T SSS    S+    T S   +  +  S    T       T  +TT +   + A
Sbjct: 72  SPSSTSTQSSSTAATSSSAPSTASSTTSIPTSTSTETTTTTPTASTTTPTTTTAAPTTAA 131

Query: 192 TTTAAARTATRTVVTTTAT-NSASTPATWT 278
           TTTA    A+ +  TTTAT  + STP T T
Sbjct: 132 TTTAVTTAASTSAETTTATATATSTPTTTT 161

 Score = 37.7 bits (86), Expect = 0.15
 Identities = 28/89 (31%), Positives = 46/89 (51%)
 Frame = +3

Query: 12  STATTCTCSSSGTRRSAGRARTTSG*WARTSCRSRAC*TWRGRQPAT*RSTTASTTASTA 191
           ST TT T +S+ T  +     TT+   + T+  + A  T      A   +TT + T + A
Sbjct: 155 STPTTTTPTSTTTTTATTTVPTTA---STTTDTTTAATTTAATTTA---ATTTAATTTAA 208

Query: 192 TTTAAARTATRTVVTTTATNSASTPATWT 278
           TTTAA  ++  T  TT++  +A+T ++ T
Sbjct: 209 TTTAATTSSATTAATTSSATTAATTSSAT 237

 Score = 34.7 bits (78), Expect = 1.2
 Identities = 31/96 (32%), Positives = 47/96 (48%), Gaps = 6/96 (6%)
 Frame = +3

Query: 9   RSTATTCTCSSSG------TRRSAGRARTTSG*WARTSCRSRAC*TWRGRQPAT*RSTTA 170
           +ST++  T SSS       T  S+    T +   + TS +S +        P+T  STT+
Sbjct: 40  QSTSSGTTNSSSSPTTSPPTTSSSPPTSTHTSSPSSTSTQSSSTAATSSSAPSTASSTTS 99

Query: 171 STTASTATTTAAARTATRTVVTTTATNSASTPATWT 278
             T+++  TT    TA+ T  TTT T + +T AT T
Sbjct: 100 IPTSTSTETTTTTPTASTTTPTTT-TAAPTTAATTT 134

>sp|P14328|SP96_DICDI Spore coat protein SP96 gi|84145|pir||S07638 spore coat protein
           SP96 precursor - slime mold  (Dictyostelium discoideum)
           gi|295736|emb|CAA34508.1| spore coat protein sp96
           [Dictyostelium discoideum]
          Length = 600

 Score = 51.6 bits (122), Expect = 1e-05
 Identities = 37/87 (42%), Positives = 47/87 (53%)
 Frame = +3

Query: 12  STATTCTCSSSGTRRSAGRARTTSG*WARTSCRSRAC*TWRGRQPAT*RSTTASTTASTA 191
           S  ++   SSS +  SA  A TT    A T+  + A  T      AT  +TTA+TTA+T 
Sbjct: 515 SAPSSSASSSSASSSSASSAATT----AATTIATTAATT-----TATTTATTATTTATTT 565

Query: 192 TTTAAARTATRTVVTTTATNSASTPAT 272
            TT AA  AT T  TTTAT +A+T  T
Sbjct: 566 ATTTAATIATTTAATTTATTTATTATT 592

 Score = 48.5 bits (114), Expect = 8e-05
 Identities = 34/89 (38%), Positives = 49/89 (54%)
 Frame = +3

Query: 12  STATTCTCSSSGTRRSAGRARTTSG*WARTSCRSRAC*TWRGRQPAT*RSTTASTTASTA 191
           S +++ + SSS +  SA  +  +S     +S  S +  +      AT  +TT +TTA+T 
Sbjct: 490 SASSSSSPSSSASSSSAPSSSASSSSAPSSSASSSSASSSSASSAATTAATTIATTAATT 549

Query: 192 TTTAAARTATRTVVTTTATNSASTPATWT 278
           T T  A TAT T  TTTAT +A+T AT T
Sbjct: 550 TATTTATTAT-TTATTTATTTAATIATTT 577

 Score = 48.1 bits (113), Expect = 1e-04
 Identities = 34/89 (38%), Positives = 47/89 (52%)
 Frame = +3

Query: 12  STATTCTCSSSGTRRSAGRARTTSG*WARTSCRSRAC*TWRGRQPAT*RSTTASTTASTA 191
           S+A++ +  SS    S+  + + S   A +S  S A  T      AT  +TTA+TT +T 
Sbjct: 499 SSASSSSAPSSSASSSSAPSSSASSSSASSSSASSAATT-----AATTIATTAATTTATT 553

Query: 192 TTTAAARTATRTVVTTTATNSASTPATWT 278
           T T A  TAT T  TT AT + +T AT T
Sbjct: 554 TATTATTTATTTATTTAATIATTTAATTT 582

 Score = 47.8 bits (112), Expect = 1e-04
 Identities = 35/87 (40%), Positives = 47/87 (53%)
 Frame = +3

Query: 12  STATTCTCSSSGTRRSAGRARTTSG*WARTSCRSRAC*TWRGRQPAT*RSTTASTTASTA 191
           S+A++ + SSS    +A  A TT    A T+  +    T       T  +TTA+TTA+T 
Sbjct: 519 SSASSSSASSSSASSAATTAATTIATTAATTTATTTATT-----ATTTATTTATTTAATI 573

Query: 192 TTTAAARTATRTVVTTTATNSASTPAT 272
            TT AA T T T   TTAT +A+T AT
Sbjct: 574 ATTTAA-TTTATTTATTATTTATTTAT 599

>gb|AAO50776.1| similar to Dictyostelium discoideum (Slime mold). Spore coat
           protein SP96
          Length = 600

 Score = 51.6 bits (122), Expect = 1e-05
 Identities = 37/87 (42%), Positives = 47/87 (53%)
 Frame = +3

Query: 12  STATTCTCSSSGTRRSAGRARTTSG*WARTSCRSRAC*TWRGRQPAT*RSTTASTTASTA 191
           S  ++   SSS +  SA  A TT    A T+  + A  T      AT  +TTA+TTA+T 
Sbjct: 515 SAPSSSASSSSASSSSASSAATT----AATTIATTAATT-----TATTTATTATTTATTT 565

Query: 192 TTTAAARTATRTVVTTTATNSASTPAT 272
            TT AA  AT T  TTTAT +A+T  T
Sbjct: 566 ATTTAATIATTTAATTTATTTATTATT 592

 Score = 48.5 bits (114), Expect = 8e-05
 Identities = 34/89 (38%), Positives = 49/89 (54%)
 Frame = +3

Query: 12  STATTCTCSSSGTRRSAGRARTTSG*WARTSCRSRAC*TWRGRQPAT*RSTTASTTASTA 191
           S +++ + SSS +  SA  +  +S     +S  S +  +      AT  +TT +TTA+T 
Sbjct: 490 SASSSSSPSSSASSSSAPSSSASSSSAPSSSASSSSASSSSASSAATTAATTIATTAATT 549

Query: 192 TTTAAARTATRTVVTTTATNSASTPATWT 278
           T T  A TAT T  TTTAT +A+T AT T
Sbjct: 550 TATTTATTAT-TTATTTATTTAATIATTT 577

 Score = 48.1 bits (113), Expect = 1e-04
 Identities = 34/89 (38%), Positives = 47/89 (52%)
 Frame = +3

Query: 12  STATTCTCSSSGTRRSAGRARTTSG*WARTSCRSRAC*TWRGRQPAT*RSTTASTTASTA 191
           S+A++ +  SS    S+  + + S   A +S  S A  T      AT  +TTA+TT +T 
Sbjct: 499 SSASSSSAPSSSASSSSAPSSSASSSSASSSSASSAATT-----AATTIATTAATTTATT 553

Query: 192 TTTAAARTATRTVVTTTATNSASTPATWT 278
           T T A  TAT T  TT AT + +T AT T
Sbjct: 554 TATTATTTATTTATTTAATIATTTAATTT 582

 Score = 47.8 bits (112), Expect = 1e-04
 Identities = 35/87 (40%), Positives = 47/87 (53%)
 Frame = +3

Query: 12  STATTCTCSSSGTRRSAGRARTTSG*WARTSCRSRAC*TWRGRQPAT*RSTTASTTASTA 191
           S+A++ + SSS    +A  A TT    A T+  +    T       T  +TTA+TTA+T 
Sbjct: 519 SSASSSSASSSSASSAATTAATTIATTAATTTATTTATT-----ATTTATTTATTTAATI 573

Query: 192 TTTAAARTATRTVVTTTATNSASTPAT 272
            TT AA T T T   TTAT +A+T AT
Sbjct: 574 ATTTAA-TTTATTTATTATTTATTTAT 599

>gb|AAK61480.1| glycoprotein gp2 [Equine herpesvirus 1]
          Length = 389

 Score = 51.6 bits (122), Expect = 1e-05
 Identities = 44/129 (34%), Positives = 57/129 (44%), Gaps = 1/129 (0%)
 Frame = +3

Query: 12  STATTCTCSSSGTRRSAGRARTTSG*WARTSCRSRAC*TWRGRQPAT*RSTTASTTASTA 191
           S+ATT   +SS T  +   + TT+   A TS  + A  T      AT  S T + T S+A
Sbjct: 244 SSATTAATTSSATTAATTSSATTA---ATTSSATTAATTSSATTAATTSSATTAATTSSA 300

Query: 192 TTTAAARTATRTVVTTT-ATNSASTPATWTVNPGRSGEAAPDAGRLVPGWAAVWTGTHVR 368
           TT A    AT T  TTT AT +A+T    T     +  A   A       AA  TG+   
Sbjct: 301 TTAATTTAATTTAATTTAATTTAATTTAATTTAATTTAATTTAATTT---AATTTGSPTS 357

Query: 369 GCAAHVHAS 395
           G  +   AS
Sbjct: 358 GSTSTTGAS 366

 Score = 49.7 bits (117), Expect = 4e-05
 Identities = 33/102 (32%), Positives = 50/102 (48%)
 Frame = +3

Query: 12  STATTCTCSSSGTRRSAGRARTTSG*WARTSCRSRAC*TWRGRQPAT*RSTTASTTASTA 191
           + ATT + +++ T  SA  A TTS   A T+  + A  T      A   +TTA+TT +  
Sbjct: 275 TAATTSSATTAATTSSATTAATTSS--ATTAATTTAATTTAATTTAA--TTTAATTTAAT 330

Query: 192 TTTAAARTATRTVVTTTATNSASTPATWTVNPGRSGEAAPDA 317
           TT A    AT T  TTTA  +  +P + + +   +  + P A
Sbjct: 331 TTAATTTAATTTAATTTAATTTGSPTSGSTSTTGASTSTPSA 372

 Score = 45.1 bits (105), Expect = 0.001
 Identities = 36/91 (39%), Positives = 47/91 (51%), Gaps = 2/91 (2%)
 Frame = +3

Query: 12  STATTCTCSSSGTRRSAGRARTTSG*WARTSCRSRAC*TWRGRQPAT*RSTTASTTASTA 191
           S+ATT   +SS T  +   + TT+   A TS  + A  T      AT  S T + T S+A
Sbjct: 235 SSATTAATTSSATTAATTSSATTA---ATTSSATTAATTSSATTAATTSSATTAATTSSA 291

Query: 192 TTTAAARTATRTVVTTTA--TNSASTPATWT 278
           TT A   +AT T  TTTA  T +A+T A  T
Sbjct: 292 TTAATTSSAT-TAATTTAATTTAATTTAATT 321

 Score = 44.3 bits (103), Expect = 0.002
 Identities = 36/96 (37%), Positives = 50/96 (51%), Gaps = 5/96 (5%)
 Frame = +3

Query: 9   RSTATTCTCSSSGTRRSAGRARTTSG*WARTSCR---SRAC*TWRGRQPAT*RSTTASTT 179
           +S++T  T SS+ +  S+  +  TS     T+     S    T     P T  +TTA TT
Sbjct: 79  QSSSTAATSSSAPSTASSTTSIPTSTSTETTTTTPTASTTTPTTTTAAPTTAATTTAVTT 138

Query: 180 A--STATTTAAARTATRTVVTTTATNSASTPATWTV 281
           A  ++A TT A  TAT T  TTT T++ +T AT TV
Sbjct: 139 AASTSAETTTATATATSTPTTTTPTSTTTTTATTTV 174

 Score = 42.4 bits (98), Expect = 0.006
 Identities = 33/102 (32%), Positives = 45/102 (43%)
 Frame = +3

Query: 12  STATTCTCSSSGTRRSAGRARTTSG*WARTSCRSRAC*TWRGRQPAT*RSTTASTTASTA 191
           ST T  T +++ T  +   A TT+   A TS  +          P T  +T  STT +TA
Sbjct: 116 STTTPTTTTAAPTTAATTTAVTTA---ASTSAETTTATATATSTPTT--TTPTSTTTTTA 170

Query: 192 TTTAAARTATRTVVTTTATNSASTPATWTVNPGRSGEAAPDA 317
           TTT     +T T  TT AT +A+T    T     +  A   A
Sbjct: 171 TTTVPTTASTTTDTTTAATTTAATTTAATTTAATTTAATTTA 212

 Score = 41.6 bits (96), Expect = 0.010
 Identities = 39/93 (41%), Positives = 51/93 (53%), Gaps = 6/93 (6%)
 Frame = +3

Query: 12  STATTCTCSSSGTRRSAGRARTTSG*WARTSCRSRAC*TWRGRQPAT*RSTTASTTAST- 188
           +T  T T +S+ T  +     TT+   A T+  + A  T      AT  +T A+TTA+T 
Sbjct: 146 TTTATATATSTPTTTTPTSTTTTT---ATTTVPTTASTTTDTTTAAT--TTAATTTAATT 200

Query: 189 --ATTTAAARTA-TRTVVTTTA--TNSASTPAT 272
             ATTTAA  TA T T  TTTA  T+SA+T AT
Sbjct: 201 TAATTTAATTTAATTTAATTTAATTSSATTAAT 233

 Score = 41.2 bits (95), Expect = 0.013
 Identities = 34/89 (38%), Positives = 45/89 (50%), Gaps = 2/89 (2%)
 Frame = +3

Query: 12  STATTCTCSSSGTRRSAGRARTTSG*WARTSCRSRAC*TWRGRQPAT*RSTTASTTASTA 191
           ST TT T +S+ T  +     TT+     T+  +            T  +TTA+TT + A
Sbjct: 155 STPTTTTPTSTTTTTATTTVPTTASTTTDTTTAATTTAATTTAATTTAATTTAATTTA-A 213

Query: 192 TTTAAARTATRTVVTTTA--TNSASTPAT 272
           TTTAA  TA  T   TTA  T+SA+T AT
Sbjct: 214 TTTAATTTAATTSSATTAATTSSATTAAT 242

 Score = 39.7 bits (91), Expect = 0.039
 Identities = 37/95 (38%), Positives = 48/95 (49%), Gaps = 6/95 (6%)
 Frame = +3

Query: 12  STATTCTCSSSGTRRSAGRARTTSG*WARTSCRSRAC*TWRGRQPAT*RSTTASTTAST- 188
           +TA T   S+S    +A    T++     T+  S    T     P T  +TT +TTA+T 
Sbjct: 133 TTAVTTAASTSAETTTATATATSTP--TTTTPTSTTTTTATTTVPTTASTTTDTTTAATT 190

Query: 189 --ATTTAAART-ATRTVVTTTA--TNSASTPATWT 278
             ATTTAA  T AT T  TTTA  T +A+T A  T
Sbjct: 191 TAATTTAATTTAATTTAATTTAATTTAATTTAATT 225

 Score = 39.7 bits (91), Expect = 0.039
 Identities = 34/90 (37%), Positives = 46/90 (50%), Gaps = 1/90 (1%)
 Frame = +3

Query: 12  STATTCTCSSSGTRRSAGRARTTSG*WARTSCRSRAC*TWRGRQPAT*RSTTASTTASTA 191
           S+ATT   +SS T  +   A TT+      +  + A  T      AT   TTA+TT + A
Sbjct: 289 SSATTAATTSSATTAATTTAATTTAATTTAATTTAATTTAATTTAAT---TTAATT-TAA 344

Query: 192 TTTAAARTATRTVVTTTATN-SASTPATWT 278
           TTTAA  T + T  +T+ T  S STP+  T
Sbjct: 345 TTTAATTTGSPTSGSTSTTGASTSTPSAST 374

 Score = 38.9 bits (89), Expect = 0.066
 Identities = 36/107 (33%), Positives = 55/107 (50%), Gaps = 15/107 (14%)
 Frame = +3

Query: 12  STATTCTCSSSGTRRSAGRARTTSG*WARTSCRSRAC*TWRGRQP-----------AT*R 158
           ST TT T +SS +   +G++ T+SG    +S  + +  T     P           +T  
Sbjct: 22  STTTTETTTSSSSTSGSGQS-TSSGTTNSSSSPTTSPPTTSSSPPTSTHTSSPSSTSTQS 80

Query: 159 STTASTTAS---TATTTAAARTATRT-VVTTTATNSASTPATWTVNP 287
           S+TA+T++S   TA++T +  T+T T   TTT T S +TP T T  P
Sbjct: 81  SSTAATSSSAPSTASSTTSIPTSTSTETTTTTPTASTTTPTTTTAAP 127

 Score = 38.1 bits (87), Expect = 0.11
 Identities = 27/89 (30%), Positives = 45/89 (50%)
 Frame = +3

Query: 12  STATTCTCSSSGTRRSAGRARTTSG*WARTSCRSRAC*TWRGRQPAT*RSTTASTTASTA 191
           +TATT   +++ T      A TT+   A T+  +    T       T  +TT + T + A
Sbjct: 168 TTATTTVPTTASTTTDTTTAATTTA--ATTTAATTTAAT-------TTAATTTAATTTAA 218

Query: 192 TTTAAARTATRTVVTTTATNSASTPATWT 278
           TTTAA  ++  T  TT++  +A+T ++ T
Sbjct: 219 TTTAATTSSATTAATTSSATTAATTSSAT 247

 Score = 38.1 bits (87), Expect = 0.11
 Identities = 30/90 (33%), Positives = 41/90 (45%), Gaps = 1/90 (1%)
 Frame = +3

Query: 12  STATTCTCSSSGTRRSAGRARTTSG*WARTSCRSRAC*TWRGRQPAT*RSTTASTTASTA 191
           S ++T T SSS    S+    T S   +  +  S    T       T  +TT +   + A
Sbjct: 72  SPSSTSTQSSSTAATSSSAPSTASSTTSIPTSTSTETTTTTPTASTTTPTTTTAAPTTAA 131

Query: 192 TTTAAARTATRTVVTTTAT-NSASTPATWT 278
           TTTA    A+ +  TTTAT  + STP T T
Sbjct: 132 TTTAVTTAASTSAETTTATATATSTPTTTT 161

 Score = 34.7 bits (78), Expect = 1.2
 Identities = 31/96 (32%), Positives = 47/96 (48%), Gaps = 6/96 (6%)
 Frame = +3

Query: 9   RSTATTCTCSSSG------TRRSAGRARTTSG*WARTSCRSRAC*TWRGRQPAT*RSTTA 170
           +ST++  T SSS       T  S+    T +   + TS +S +        P+T  STT+
Sbjct: 40  QSTSSGTTNSSSSPTTSPPTTSSSPPTSTHTSSPSSTSTQSSSTAATSSSAPSTASSTTS 99

Query: 171 STTASTATTTAAARTATRTVVTTTATNSASTPATWT 278
             T+++  TT    TA+ T  TTT T + +T AT T
Sbjct: 100 IPTSTSTETTTTTPTASTTTPTTT-TAAPTTAATTT 134



EST assemble image


clone accession position
1 HC098b08_r AV639343 1 479
2 CM080b06_r AV392027 105 704




Chlamydomonas reinhardtii
Kazusa DNA Research Institute