Treponema pallidum subsp. pallidum str. Nichols [gbbct]: 1031 CDS's (351648 codons)
fields: [triplet] [frequency: per thousand] ([number]) 
UUU 30.9( 10859)  UCU 15.9(  5607)  UAU 14.6(  5139)  UGU 10.2(  3604)
UUC 13.5(  4759)  UCC 10.6(  3718)  UAC 15.6(  5501)  UGC  8.8(  3111)
UUA  8.7(  3058)  UCA  8.0(  2821)  UAA  0.7(   253)  UGA  1.1(   379)
UUG 19.9(  7013)  UCG 10.7(  3751)  UAG  1.1(   399)  UGG  9.8(  3431)

CUU 23.5(  8278)  CCU 13.1(  4601)  CAU 11.7(  4111)  CGU 21.2(  7454)
CUC 21.1(  7406)  CCC  9.5(  3341)  CAC 15.8(  5544)  CGC 23.8(  8356)
CUA  5.7(  2018)  CCA  6.5(  2295)  CAA 11.9(  4172)  CGA  5.7(  1995)
CUG 22.5(  7904)  CCG 12.8(  4501)  CAG 26.5(  9311)  CGG 12.5(  4380)

AUU 22.5(  7923)  ACU  9.7(  3408)  AAU 13.0(  4557)  AGU 10.7(  3752)
AUC 17.3(  6085)  ACC 14.5(  5106)  AAC 11.8(  4150)  AGC 10.2(  3575)
AUA  9.1(  3184)  ACA 10.5(  3687)  AAA 18.1(  6371)  AGA  5.0(  1760)
AUG 19.7(  6920)  ACG 18.2(  6387)  AAG 21.6(  7579)  AGG  6.0(  2109)

GUU 18.8(  6613)  GCU 16.2(  5701)  GAU 26.2(  9229)  GGU 19.0(  6685)
GUC 12.4(  4343)  GCC 15.6(  5495)  GAC 18.9(  6636)  GGC 14.7(  5184)
GUA 15.8(  5547)  GCA 30.6( 10745)  GAA 28.1(  9898)  GGA 16.1(  5663)
GUG 36.4( 12790)  GCG 38.6( 13563)  GAG 31.4( 11047)  GGG 19.6(  6886)
Coding GC 52.61% 1st letter GC 60.20% 2nd letter GC 43.52% 3rd letter GC 54.11%
Format:
Genetic codes (NCBI)
Codon Usage Table with Amino Acids
A style like CodonFrequency output in GCG Wisconsin PackageTM
CDS Search:

Keyword example: ribosomal protein / MAP kinase
List of codon usage for each CDS [CAUTION: The file is big (> 1000 entries).] (format)
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