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大腸菌ゲノムの多様性ー病原性大腸菌O157のゲノム解析から 林 哲也、大西 真、中山 恵介、牧野 耕三、品川 日出夫、黒川 顕、安永 照男、久原 哲服部 正平 宮崎医大・微、阪大・微研、阪大・遺情、九大・院農、理研・ゲノム科学 |
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病原性大腸菌O157と非病原性大腸菌K-12に共通な4.1 Mbの染色体領域の比較解析 黒川顕、田中将司、目順子、大西真、林哲也、横山勝司、牧野耕三、品川日出夫、久原哲、服部正平、安永照雄 大阪大学遺伝情報実験施設 |
| 腸管出血性大腸菌O157:H7堺株ゲノムに存在する反復配列 大西真、中山恵介、村田敬寛、林哲也、黒川顕、安永照男、牧野耕三、品川日出夫、韓昌均、大坪栄一、久原哲、服部正平 宮医大、信大・医、阪大・遺情、阪大・微研、東大分生研、九大・院農、理研・ゲノム科学、東大・医科研 |
| 腸管出血性大腸菌O157:H7に存在するプロファージVT1-Sakaiの解析 横山 勝志1、久保田 佳乃1、渡部 素史1、木村 重信1、湯通堂 ちか子1、黒川 顕2、石井 一夫3、服部 正平3、立野 一郎4、安倍 裕順4、余 明順1、飯田 哲也1、大西 真5、林 哲哉5、安永 照雄2、本田 武司1、笹川 千尋4、品川 日出夫1、牧野 耕三1 1阪大微研、2阪大遺伝情報、3理研ゲノム、4東大医科研、5宮崎医科大 |
| 病原性大腸菌の第二のIII型分泌装置をコードする染色体領域 ETT2 の解析 戸辺亨、安倍裕順、林哲也、大西真、牧野耕三、品川日出夫、笹川千尋 東大・医科研・細菌感染、宮崎医科大・細菌、阪大・微研 |
| ウェルシュ菌全ゲノムシークエンスの決定 清水 徹 筑波大学・基礎医学系・微生物 |
| 黄色ブドウ球菌(Mu50株）のゲノム構造解析 太田敏子1、平松啓一3、黒田 誠3、平川英樹4、大島 健志朗5、山下敦士5、服部正平5、久原 哲4、林 英生2 筑波大・医療短大1、基礎医2、順天堂大・細菌3、九州大学・農学院4、北里大・未来開拓ゲノム解析センター5 |
| 黄色ブドウ球菌表皮剥脱毒素変換ファージphiETAの解析 山口隆之1）、林哲也2）、高見英人3）、仲宗根薫3）、大西真2）、中山恵介2）、山田作夫4）、小松澤均1）、菅井基行1） 1）広大・歯・口腔細菌、2）宮崎医科大・細菌 3）海洋科学技術センター、4）川崎医大・細菌 |
| 肺炎クラミジアのゲノム構造と病原性遺伝子の転写調節の解明 藤英博、平川英樹、三浦公志郎、藤永竜太郎、服部正平、田代康介、久原哲、中澤晶子、白井睦訓 山口大医学部微生物、九州大学遺資工遺伝子制御、理研ゲノム |
| 2つの環状染色体によりなる腸炎ビブリオのゲノム構造 飯田 哲也 大阪大学微生物病研究所 細菌感染分野 |
| 共生微生物 Buchnera のゲノム解析 重信秀治（東大院理，理研GSC) 共著者：渡邉日出海（理研ＧＳＣ），服部正平（理研ＧＳＣ），榊佳之（東大医科研，理研ＧＳＣ），石川統（理研ＧＳＣ） |
| 「高度好熱菌 丸ごと一匹 プロジェクト」のためのゲノム解析 倉光成紀 (1, 2, 3)，増井良治 (1, 2)，黒川顕 (4)，安永照雄 (4) ， 横山茂之 (2, 3, 5) 所属： 1 阪大・院理，2 理研・播磨研，3 理研・ゲノム科学，4 阪大・遺情，5東大 ・院理 |
| アミノ酸生産菌Corynebacterium glutamicum ATCC13032株のゲノム解析 中川智1 ○溝口寛1 安藤聖子1 林幹朗1 立石直子1 妹尾彰宏1 服部正平2,3 柴忠義3 榊佳之3,4 横井治彦1 尾崎明夫1 1協和発酵東京研究所､2理研ゲノム科学総合センター ､3北里大･理､4東京大学･医科研 |
| かずさDNA研究所における微生物ゲノム構造解析の現状 金子貴一、中村保一、佐藤修正、浅水恵理香、加藤友彦、笹本茂美、渡辺安希子、出澤久美、石川敦子、川島久美子、木村天治、岸田佳恵、清川千秋、小原光代、松本みどり、松野愛、望月葉子、中崎直美、中山しのぶ、新保さやか、杉本昌子、山田学、竹内千絵、田畑哲之 かずさDNA研究所 |
| ラン藻Synechococcus PCC6301株のゲノム解析 杉田 護1、續 伯彦2、石浦正寛1、高野 純3、軸屋博之3、緒方 是嗣3、四方 正光3、杉浦昌弘4 1名大・遺伝子、2愛知学院大・情報社会政策、3島津製作所 ジェノミックリサーチ室、4名市大・システム自然科学 |
| 海洋科学技術センターにおける微生物ゲノム解析の現状と展望 高見英人 海洋科学技術センター・深海微生物研究グループ |
| 好熱古細菌のゲノム解析とその後の確認への取り組み 河原林 裕、青木 健一、田中 敏広、増田 さやか、菊池 久 通商産業省 製品評価技術センター |
| Crenarchaeonゲノムから予想された新規イントロンを含むtRNA分子の解析 山崎 秀司、山崎 純、日野 由美、菊池 久、河原林 裕 通商産業省 製品評価技術センター |
| 改良型ホールゲノムショットガン法を用いた微生物ゲノムシークエンシング 山下 敦士1、大島 健志朗1,2、中野 千華子1、古谷 恵子1、吉野 智絵1、 北川 ゆう子1,2、橋本 恵律子1,2、石川 淳3、池田 治生4、久原 哲5、柴 忠義1、服部 正平1,6 1北里大・理、2日立計測器サービス、3国立感染研、4北里大・薬、5九大・院農、6理研・ゲノム科学総研セ |
| 分裂酵母のcDNAと第3染色体ゲノム解析 森明充興、本郷悦子、三田和英、小副川一豊*、呉健羽、味村正博、東智康、菅谷公彦、斉藤俊行、山内正剛、辻さつき、伊藤綽子、笹沼俊一、後藤美也子、林昭子、伊藤ゆかり、好田優美子、城間悦子 放医研・ゲノム、*オークランド小児病院研究所, CA |
| 原始紅藻Cyanidioschyzonのオルガネラゲノム 太田にじ、黒岩常祥 埼玉大学理学部分子生物学科（太田）、東京大学大学院理学系研究科生物科学専攻（黒岩） |
| 多細胞体構築メカニズムの解明をめざして：細胞性粘菌cDNAプロジェクト 森尾貴広、漆原秀子、齊藤玉緒(1)、桑山秀一、加藤磨理子、磯貝隆夫(2)、若松愛(2)、菅野純夫(3)、小原雄治(4)、Jeffrey Williams(5)、前田ミネ子(6)、竹内郁夫(7)、落合廣(1)、田仲可昌 筑波大・生物、(1)北大・理、(2)ヘリックス研究所、(3)東大・医科研、(4)遺伝研、(5)Univ. Dundee, UK、(6)阪大・理、(7)ノバルティス科学振興財団 |
| 全長cDNAライブラリーを用いた熱帯熱マラリア原虫ゲノムの研究 渡辺純一、佐々木全英、鈴木穣、菅野純夫 東京大学・医科学研究所・基礎医科学研究部門・ヒトゲノムセンター |
| 構造機能とゲノムから見た細胞内呼吸の進化 曽根のぶ史、坂本順司、野口俊介 九州工業大学情報工学部 |
| バクテリアのべん毛およびニードル遺伝子の新しい同定法 相沢慎一 帝京大学理工学部バイオサイエンス学科 |
| 遺伝子型による種同定システム：On-web Genome Profiling 西垣 功一、渡辺 雄大、上條 寛、Mohammed Naimuddin、幸塚 麻里子、Manish Biyani、齋藤 あゆむ、齋藤 由明 埼玉大学 工学部 機能材料工学科 |
| 近縁細菌ゲノムシークエンスの比較から示唆される制限酵素修飾酵素遺伝子のゲノム多型形成への関与 小林一三 東大医科研 |
| 制限酵素修飾酵素遺伝子のゲノム多型形成への関与----超好熱古細菌Pyrococcus abyssiとPyrococcus horikoshiiのゲノム配列の比較からの示唆 知念 秋人1, 内山 郁夫2, 小林 一三1 1東大医科研・基礎医科学, 2基生研 |
| 近縁細菌ゲノム配列の比較から得られた、制限修飾遺伝子が「動く遺伝子」である証拠 信里綾香, 内山郁夫, 大橋青史, 小林一三 東大医科研 |
| 植物病原性Pseudomonas syringae群細菌におけるornithine carbamoyltransferase（OCTase）遺伝子の動態：水平移動とゲノム再編成 澤田宏之1・津田雅孝2・鈴木文彦1・畔上耕児1・斎藤成也3 1 農水省 農業環境技術研究所、2 東北大学 遺伝生態研究センター、3 国立遺伝学研究所 |
| 環状ゲノム間の遺伝子配置の網羅的な比較法 堀本 勝久 佐賀医科大学数学 |
| 自動的オーソログ分類法に基づく微生物ゲノム比較解析 内山郁夫 岡崎国立共同研究機構計算科学研究センター |
| シグナルペプチド判別システムSOSUIsignalの開発 五味雅裕, 赤澤史嗣, 美宅成樹 東京農工大（工・生命工） |
| 膜タンパク質予測システムSOSUIによるゲノム比較 美宅成樹、高江州宏智、広川貴次、辻敏之、園山正史 東京農工大学工学部生命工学科 |
| タンパク質コード領域と非コード領域の塩基配列構造の類似性 "内古閑 伸之、陶山 明 東京大学大学院総合文化研究科生命 |
| 微生物ゲノムにおける転写調節因子の多様性の解析 "荒 武1，野嶋秀明2，鈴木健二3，森 浩禎1,2 1CREST， 2阪大・医，3山之内製薬， 4奈良先端大・遺伝子教育研究センター |
| 比較ゲノムアプローチによる枯草菌のレギュロン予測 寺井 悟朗（１，２）、 高木 利久（１）、 中井 謙太（１） １ 東京大学医科学研究所 ヒトゲノム解析センター ゲノムデータベース分野 ２ インテック・ウェブ・アンド・ゲノムインフォマティクス株式会社 |
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大腸菌必須遺伝子群の同定と機能ネットワークの解析(1)系統的な遺伝子破壊株の作製と必須遺伝子の同定 山本義弘、松田秀雄、堀内嵩、磯野克己、森浩禎、三木健良 兵庫医大、阪大院・基礎工、基生研、神戸大・理、奈良先端大、九大院・薬 |
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大腸菌必須遺伝子群の同定と機能ネットワークの解析（2）系統的な欠失株の作製と機能ネットワークの解析 加藤潤一1、池上徹1、山川武廣2、山崎由紀子2 1東大・医科研、2遺伝研 |
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Fuctional genomicsのための大腸菌全ORFのクローンセットの完成 北川 正成1, 荒 武2, 森 浩禎1,2 1奈良先端大・遺伝子センター, 2科技団・戦略的基礎研究 |
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全リポ蛋白質遺伝子の欠失変異株の構築と解析 松山 伸一、田中 貴美枝、徳田 元 東京大学・分子細胞生物学研究所, CREST |
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イソプレンユニット生合成の多様性 葛山 智久 東京大学分子細胞生物学研究所 |
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大腸菌H709c株由来?型制限修飾酵素遺伝子の構造と転写制御機構 喜多恵子、津田順子、中井伸哉 鳥取大学工学部生物応用工学科 |
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大腸菌におけるコイルドコイル構造を持つタンパク質YibPの解析 市村俊治, *山添光芳, **三木健良, 平賀壯太 熊本大・発生医学研究センター, *京大・医学部, **九大・薬学部 |
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染色体分断法により大腸菌ゲノムの機能的な構造を探る 山市 嘉治 仁木 宏典 熊本大学 発生医学研究センター／国立遺伝学研究所 放射線・アイソトープセンター/さきがけ研究21、科技団 |
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巨大化微生物細胞による新しいイオン輸送体アッセイ系の開発 矢部 勇＊、黒田 照夫＊＊ ＊ 東京大学・分子細胞生物学研究所、＊＊岡山大学・遺伝子実験施設 |
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枯草菌機能未知遺伝子の変異株バンク作製と必須遺伝子セットの同定 小林和夫、小笠原直毅 奈良先端大学院 （枯草菌ゲノム機能解析グループ） |
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枯草菌新規細胞内低分子RNAを介した転写・翻訳制御ネットワーク解析 中村幸治、鈴間聡、朝里さやか 筑波大学・生物科学 |
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枯草菌細胞分化遺伝子ネットワークの全体像（新規胞子形成遺伝子とその解析） 細谷 茂生、竹内 道雄、佐藤 勉 東京農工大学、農学研究科 |
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枯草菌の細胞分化・タンパク質の膜通過に関与するSpoIIIJ/YqjGパラログの解析 村上 孝子、佐藤 勉 東京農工大学、農学研究科 |
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シアノバクテリアの変異株バンクの作成と解析 池内昌彦１、福澤秀哉２、小池裕幸３、小川晃男４ １東大、２京大、３姫工大、４名大 |
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ラン藻ゲノムシーケンスによる信号カスケード解析 大森 正之、岡本 忍 東京大学大学院総合文化 |
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細菌のRNase E／RNase Gファミリーの機能解析 和地 正明、加賀 奈緒子、海附 玄龍、永井 和夫 東京工業大学大学院・生命理工学研究科・生物プロセス専攻 |
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コリネ型細菌の新規グルタミン依存性アミノ基転移酵素LtsAとそのホモログの機能解析 平沢敬、和地正明、永井和夫 東京工業大学大学院生命理工学研究科生物プロセス専攻 |
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遺伝子相互作用解析のモデルとしてのリボソーム 藤田 克利(1,2)、磯野 克己(2) 1CREST、2神戸大・理学部 |
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出芽酵母の機能ゲノム科学- 全プロテインホスファターゼ遺伝子二重破壊株の構築と網羅的表現型解析 - 原島 俊 大阪大学 |
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ポリAトラップ法を用いた粘菌Dictyosteliumの発生に関与する遺伝子の中規模探索 竹田 光介1、斉藤 玉緒1、森尾 貴広2、漆原 秀子2、前田 ミネ子3、竹内 郁夫4、田仲 可昌2、落合 廣1 北大・院理・生物科学1、筑波大・生物科学系2、阪大・院理・生物科学3、ノバルチス科学振興財団4 |
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ゲノム情報に基づく超好熱古細菌Pyrococcus horikoshii OT-のNAD（P）生合成系の解析：L-アスパラギン酸オキシダーゼの機能と構造解析 大島敏久1、櫻庭春彦1、河原林裕2、菊池久2、津下英明3、勝沼信彦3 1徳島大・工・生物工、2通産省製品評価センター、3徳島文理大・家政・健康科学研 |
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DNAコンピューティングによる遺伝子発現計測 西田 奈央、倉田 憲一、陶山 明 東京大学大学院総合文化研究科 陶山研 |
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Constitutonal dynamical analysis of DNA helical model Hirohumi, Hirayama., *Yoshimitu, Okita, **Teruhisa, Kazui Asahikawa medical college. * Shizuoka university, **Hamamatsu medical college |
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DNA分子内におけるレプレッサー粒子の解離結合反応の理論解析 平山博史、沖田善光、数井輝久 旭川医科大学、静岡大学、浜松医科大学 |
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DNAチップ作成と発現解析の現状及びDNAチップ技術の応用 田代康介、牟田滋、久原哲 九州大学・院農・遺伝子制御 |
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枯草菌転写制御のDNAマイクロアレイ解析 山口弘毅1、吉田健一1、朝井計2、定家義人2、小倉光雄3、田中暉夫3、藤田泰太郎1 1福山大学工学部生物工学科、2埼玉大学理学部分子生物学科、3東海大海洋学部海洋科学科 |
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大腸菌の網羅的発現プロファイル解析システムの構築 大島 拓1、和田 千惠子1, 3、川越雄弥2、荒 武1、前田 真希1、平賀 壯太1, 4 1.CREST, 2. 奈良先端大・遺伝子教育研究センター・生体情報, 3. 京都大学ウイルス研究所高次生体情報, 4. 熊本大学・発生医学研究センター胚形成部門・細胞複製分野 |
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ラン藻DNAチップ（シアノチップ）を用いた研究の現状 村田 紀夫 基礎生物研究所 |
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枯草菌菌体外タンパク質プロテオームの解析：タンパク質組成の可変性 山根國男、武内桂吾 筑波大学・生物科学系 |
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プロテオミクスコアファシリティの確立とその微生物プロテオーム解析への応用 谷口寿章、松崎英樹、村田康信、波多野直哉、山内英美子 理化学研究所播磨研究所 |
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RFHR 2-D PAGE による大腸菌のプロテオーム解析 和田明１、牧泰史１,4、吉田秀司１、鈴木勉２、前田真希３,4、小林元悟３、和田千恵子３ １大阪医大・物理、２東大院・創域、３京大・ウイルス研、４JST-CREST |
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大腸菌ゲノムのプロテオーム解析：大腸菌対数増殖期におけるRFHR(Radical-free and highly reducing)二次元電気泳動法によるGene-Protein Index の作成と応用 前田真希1,2，小林元悟2、和田明3、森浩禎1,4、平賀壮太5、和田千惠子1,2 1 科技団・CREST、2 京大・ウイルス研、３大阪医大、 ４ 奈良先端大・遺伝子、５熊本大・発生医学研究センター |
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ウェルシュ菌のプロテオーム解析 清水 健、嶋 謙介、1吉野 健一、1米澤 一仁、林 英生、清水 徹 筑波大・基礎医学系・微生物、神戸大・バイオシグナル研究センター1 |
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出芽酵母タンパク質間相互作用の網羅的解析 伊藤隆司 金沢大学がん研究所 |
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高度好熱菌Thermus thermophilus HB8の網羅的タンパク質間相互作用解析系の構築 胡桃坂仁志1,2、白水美香子1,2、榎本りま1、木川隆則1,2、Dmitry Vassylyev2、井上頼直3、柴田武彦4、倉光成紀3,5、横山茂之1,2,3,6 理研・ゲノムセンター1、細胞情報伝達2、播磨研究所3、遺伝生化学4、阪大・院理5、東大・院理6 |
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無細胞系による高度好熱菌 Thermus thermophilus HB8タンパク質の発現 ○白水美香子1,2,3、田島夏織1、井上みお1、矢吹孝1、寺田貴帆1,2、木川隆則1,2、井上頼直3、倉光成紀3,4、横山茂之1,2,3,5 1理研・GSC、2理研・細胞情報伝達、3理研・ストラクチュローム、4阪大・院理、5東大・院理 |
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マイクロアレイデータおよび Two-hybrid データからの知識発見 佐藤賢二 1、内藤隆弘 1、尾山卓也 2、北野景彦 2、伊藤隆司 3、久原哲 4、高木利久 5 1 北陸先端科学技術大学院大学、2 インテックW&G、3 金沢大学、4 九州大学、5 東京大学 |
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疎な遺伝子ネットワークの同定について 飯田惠介，篠原歩，竹田正幸，丸山修，宮野悟，久原悟 九州大学 大学院システム情報科学研究院 情報理学専攻 ほか |
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全ゲノム立体構造予測データベース''GTOP'' 川端 猛、福地佐斗志、本間桂一、太田元規、伊藤武彦、荒木次郎、市吉伸行、西川 建 遺伝研、三菱総研 |
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ゲノム情報からのComparative Modeling?CASP4、CAFASP2を通じて 岩舘満雄、海老沢計慶、栗原庸次、竹田−志鷹真由子、梅山秀明 北里大学薬学部 生物分子設計学教室 |
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枯草菌代謝物質のキャピラリー電気泳動による化学分析法の開発 西岡孝明(1)、 Michael Maruszewski(2)、井上直子(2)、大塚浩二(2)、山口弘毅(3)、東篠繁郎(3)、藤田泰太郎(3)、寺部茂(2) (1)京都大学大学院農学研究科、(2)姫路工業大学理学部、(3)福山大学工学部 |
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Functional-Genomic Analysis of conserved Unidentified Open-Reading Frames (cURFs) in E. coli. Doig, S.1, Kaderbhai, N.2, Poole, R.K.3, Kell, D.B.2, & Andrews, S.C.1* 1 Animal & Microbial Sciences, University of Reading, Reading, RG6 6AJ, UK. 2 Biological Sciences, University of Wales, Aberystwyth, SY23 3DD, UK 3 Molecular Biology & Biotechnology, University of Sheffield, Sheffield, S10 2TN, UK |