infobiologist: 第二回研究集会(2003)@遺伝研

主  催 生物学者による情報処理技術研究会 (infobiologist)
かずさDNA研究所


共  催 国立遺伝学研究所

主  旨 生物学者による情報処理技術研究会 (infobiologist) は、ソフトウェアの入手やシステムの組み方から個別の解析に必要なプログラムの書き方まで、計算機が専門ではない生物学者が相互に支援を行うための集まりです。今回の交流会では、使えると有用なのはわかっているが、独りでとりかかるにはちょっと敷居が高いかも... といったツールや環境の紹介を、導入と基本動作の実演を含めた実践的なかたちで達人が伝授します。基調講演には生物の研究者がコンピュータをどう利用すればいいのか、実際に計算機を使って仕事をされている生物学者である佐藤直樹先生にご講演いただきます。

場  所 国立遺伝学研究所 (静岡県三島市) ゲストハウス2階・セミナー室
(アクセスより詳細なアクセス(嘘))


日  時
2003 年 1 月 28 日 (火) 9:40 am - 5:05 pm (終了後ミキサー)

お知らせ
講師の皆様のご好意によりスライドの pdf を提供していただきました。 演題名がリンクとなっています。 はじめ、すべてのファイルをかずさのサーバに置いておりましたが、 講師の皆様のサイトで公開されている場合そちらにリンクする形に変更しました。 (Feb. 5) これらのファイルの再配布と営利目的での利用を禁じます。
今回の集会全体を通して、 参加者に望まれるコンピュータリテラシーのレヴェルとしては、
  • バイオデータベースとウェブツールの手とり足とり活用法 (手足本)に書いてあること程度はただちにできる
  • 「手足本」をお持ちの方は、載っていることを一通り予習しておく
ことを前提としてお話しいただきます。

プログラム
 9:40 -  9:45   はじめに   中村 保一 (かずさDNA研究所 植物遺伝子第一研究室)

講演・デモンストレーション I
 9:45 - 10:30   MacOS Xのススメ

荻島 創一 (東京医科歯科大大学院生命情報学)

参考サイト:
http://www.apple.co.jp/macosx/jaguar/unix.html
http://www.apple.com/scitech/physicalscience/unixports/
10:30 - 11:15   BioPerl

大浦 智紀 (タカラバイオ株式会社)

Perl について 「変数, 配列, ハッシュ, 標準出力, ファイルハンドル」を理解しているリテラシーレベルを想定しています。これらのキーワードを知らない人にも簡単にわかるような導入を用意しようと考えています。

参考書籍: 結城浩 著 Perl言語プログラミングレッスン 入門編 ソフトバンクパブリッシング (ISBN:4797312211) 懇切丁寧に書かれていますので、初めてプログラムを書く人にもお勧めできます。

参考サイト:
http://bioperl.org/
11:15 - 12:00   EnsEmblの織りなすゲノムリソースの見事な調和

坊農 秀雅 (理化学研究所 ゲノム科学総合研究センター 遺伝子構造・機能研究グループ)
参考書籍: 初心者でもわかる!バイオインフォマティクス入門 (若葉本)
とくに「第3章 - 2ゲノム情報の解析」を参考にしてください

参考サイト: http://www.ensembl.org/


配布資料: 手足本にはさみましょう
12:00 - 12:50   昼食

基調講演
12:50 - 13:35   生物学者自身による、生物理解のための情報科学の利用

佐藤 直樹 (埼玉大学理学部分子生物学科)

参考サイト:
http://www.molbiol.saitama-u.ac.jp/%7Enaoki/

講演・デモンストレーション II
13:35 - 14:20   DAS で結ぶ Genome annotation と Functional annotation

二階堂 愛 (横浜市立大学/理化学研究所 ゲノム科学総合研究センター 遺伝子構造・機能研究グループ)

参考サイト:
http://www.biodas.org/
14:20 - 15:05   BioRuby I: Rubyによる生物情報解析の基礎

後藤 直久 (大阪大学遺伝情報実験センター)

オブジェクト指向スクリプト言語Rubyの紹介とRubyプログラミング入門を兼ねつつ、配列データやデータベースエントリの処理・解析を中心に、BioRubyの便利な機能とそれを使ったスクリプトを紹介していきます。言語の種類は問いませんが一応はプログラミングを知っているレベルを想定しますが、プログラミングが初めての人にもわかる(あるいは、わからないがとりあえず使える)内容にしたいと思います。

参考サイト:
http://www.ruby-lang.org/ja/
http://bioruby.org/
15:05 - 15:20   ブレイク
15:20 - 16:05   BioRuby II とクマムシゲノムプロジェクト

片山 俊明 (京大化研バイオインフォマティクスセンター)

参考サイト:
http://bioruby.org/
http://kumamushi.net/
16:05 - 16:50   R と PSORTII

中尾 光輝 (東京大学医科学研究所ヒトゲノム解析センター)

参考サイト:
http://www.r-project.org/
http://aoki2.si.gunma-u.ac.jp/R/
http://psort.ims.u-tokyo.ac.jp/
16:50 - 17:05   EMBOSS

石崎 公庸 (京都大学大学院生命科学研究科)

  1. EMBOSSとは
  2. EMBOSSの魅力
  3. EMBOSSのシンプルかつ強力なパッケージ群
  4. コマンドラインでの使用のデモ
  5. ダウンロード先の紹介
  6. GUI好きな人のためにEMBOSS-GUIの紹介
参考サイト:
http://www.emboss.org/
17:05 - 17:10   おわりに   山崎 由紀子 (国立遺伝学研究所 系統情報研究室)
17:10 -      ミキサー

進行役 中村 保一 (かずさDNA研究所)
山崎 由紀子 (国立遺伝学研究所)


費  用
  1. 参加費: 学生会員 0 円, 一般会員 1,000 円, 非会員 3,000 円
  2. ランチボックス (希望者): 1,000 円
  3. ミキサー (希望者): 一般 1,000 円、学生 500 円

参加申込 定員に達しましたので締め切りました。

参加者リスト こちら

意見・文句 中村 (yn@kazusa.or.jp; 電話・電紙 0438-52-3907) までお寄せください

過去の企画 第一回研究集会@かずさ
第〇回(ゲノム情報解析技術チュートリアル)@かずさ