一日目 10/11(火)
かずさアーク202A会議室 | |
|---|---|
| 1:00 - 1:20 | はじめに |
| 1:20 - 2:00 | 坊農秀雅 (埼玉医大) 実戦的な遺伝子発現データと転写因子予測結合サイトの統合解析 [GNF Gene Expression Atlas, Ensembl, UCSC Genome Browser, BLAT, EMBOSS(と くにdreg, profit), SayaMatcher] |
| 2:00 - 2:40 | 仲里猛留 (NECバイオIT／大阪大学) マイクロアレイデータのアノテーションによる機能解析 [PubMed, MeSH Terms/Substance Names, Entrez Gene, GO Database] |
| 2:40 - 3:20 | 中尾光輝 (産総研CBRC) 選択的タンパク質アイソフォームにおける機能ドメインの関連解析 【QT】 [UniProt/SwissProt, H-Invitational DB, Ensembl, InterProScan, GO Database, R] |
| 3:20 - 3:40 | break |
| 3:40 - 4:20 | 片山俊明 (東大HGC) non coding 配列の探索と比較ゲノム解析 【PDF】 [emacs (ralee-mode.el), infernal (cmbuild, cmsearch), emboss (needle), xced, clustalw, R (ape), make] |
| 4:20 - 5:00 | 神田将和 (放医研) Mac OSXで始める中規模SNPs解析 【PDF】 [dbSNP, HapMap project, UCSC Genome Browser, BLAT, R (glm), LDpair, GOLD, htselect] |
| 5:00 - 5:40 | 粕川雄也 (理研CDB) 機能アノテーションパイプライン（仮） 【PDF】 [fasta, blast, wise2, make, perl, MGI, UniProt, InterPro, dbEST] |
| 5:40 - 6:20 | 長嶋剛史 (理研GSC) 反復配列解析とそのためのシステム構築 [BioPerl, RepeatMasker, BLAST, sim4, clustalw, GenBank, RefSeq, OMIM, MeSH] |
二日目 10/12(水)
かずさアーク202A会議室 | |
| 9:20 - 10:00 | 後藤直久 (大阪大学) ゲノムにおける保存配列の解析 【PDF】 [BioRuby, BLAST, sim4, BLAT, Spidey, NCBI, UCSCのデータベース] |
| 10:00 - 10:40 | 川路英哉 (NTTソフトウェア) 転写領域解析プラットフォームとしてのGFF [GFF format, Generic Genome Browser, Bio::DB::GFF (BioPerl)] |
| 10:40 - 12:00 | いただいた質問に対する Q&A コーナー (講師によるパネル) |
| 12:00 - 1:00 | lunch |
| 1:00 - 3:30 | 実習（事前登録者のみ）105会議室: MacOSX on Mac [講師による実習内容ページ] |
かずさアカデミアホールフロアマップ