FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 3.4t11 Apr 17, 2002 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 ../query/mKIAA1004.ptfa, 709 aa vs ./tmplib.26680 library 1768308 residues in 2168 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.9363+/-0.00564; mu= 8.3365+/- 0.376 mean_var=176.6593+/-42.563, 0's: 0 Z-trim: 6 B-trim: 89 in 1/35 Lambda= 0.0965 FASTA (3.45 Mar 2002) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 38, opt: 26, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2168) mKIAA3014 ( 1304 res) mbg08774 (1304) 1357 201 4.5e-52 mKIAA0304 ( 1744 res) mbg06324 (1744) 184 38 0.0078 >>mKIAA3014 ( 1304 res) mbg08774 (1304 aa) initn: 2169 init1: 803 opt: 1357 Z-score: 1027.3 bits: 201.5 E(): 4.5e-52 Smith-Waterman score: 2084; 44.000% identity (54.440% ungapped) in 850 aa overlap (1-709:477-1304) 10 20 30 mKIAA1 LTHFELEGLRCLVDKLESLPLHKKCVPTGI ::.:::.::. ::.:::::: .::::: :: mKIAA3 ESVKSTSMPMDDPKTPTGSPATEVSTKWTHLTEFELKGLKALVEKLESLPENKKCVPEGI 450 460 470 480 490 500 40 50 60 70 80 mKIAA1 EDEDALIADVKILLEELASSDPKLALTGVPIVQWPKRD-KLKFPTRPKVRVPTIPITKPH :: .::. :: .:.: ...:: ::.::::.:.:::. : . ::: . mKIAA3 EDPQALLEGVKNVLKEHVDDDPTLAITGVPVVSWPKKTAKNRVVGRPKGK---------- 510 520 530 540 550 90 100 110 120 130 140 mKIAA1 TMKPAPRLTPVRPAAASPIVSGARRRRVRCRKCKACVQGECGVCHYCRDMKKFGGPGRMK . :: . :. ::. ..::::::.:::::.::.. ::: ::.:.:::::::::::: mKIAA3 -LGPA---SAVK-LAANRTTAGARRRRTRCRKCEACLRTECGECHFCKDMKKFGGPGRMK 560 570 580 590 600 610 150 160 170 180 190 200 mKIAA1 QSCVLRQCLAPRLPHSVTCSLCGEVDQNEETQDFEKK----LMECCICNEIVHPGCLQM- :::..:::.:: :::...: .:::. ... ... : : :::: :::::.:::::.. mKIAA3 QSCIMRQCIAPVLPHTAVCLVCGEAGKEDTVEEEEGKFNLMLMECSICNEIIHPGCLKIK 620 630 640 650 660 670 210 220 230 240 mKIAA1 DGEGLLNEELPNCWECPKCYQEDSSDKAQKR------------------KIEESDEEAVQ ..::..:.::::::::::: . .. : ::: :......:. : mKIAA3 ESEGVVNDELPNCWECPKCNHAGKTGK-QKRGPGFKYASNLPGSLLKEQKMNRDNKEG-Q 680 690 700 710 720 250 260 270 280 mKIAA1 AKVLRPLRS-CEE-PLT----PPPHSPTS-MLQLIHDPV---------SPRGMVTR---- . : :: ::: : : . :.. .:. : : .:. . : mKIAA3 EPAKR--RSECEEAPRRRSDEHPKKVPADGILRRKSDDVHLRRKRKYEKPQELSGRKRAS 730 740 750 760 770 780 290 300 310 mKIAA1 ---SSPGAG------PSDHHSAS------------------RDERF--KRRQLL----RL .:::.. : : : .:. : :::. :: mKIAA3 SLQTSPGSSSHLSPRPPLGSSLSPWWRSSLTYFQQQLKPGKEDKLFRKKRRSWKNAEDRL 790 800 810 820 830 840 320 330 340 mKIAA1 QATERTMVR---EKENN----------------------PS--GKKELSEVEKAKIR--- . ... . : : :.. :: : . : .:.:.: mKIAA3 SLANKPLRRFKQEPEDDLPEAPPKTRESDQSRSSSPTAGPSTEGAEGPEEKKKVKMRRKR 850 860 870 880 890 900 350 360 370 380 390 mKIAA1 -------GSYLTVTLQRPTKELHGTSIVPKLQAITASSANLRPNPRVLMQHCPARNPQHG .. :. :.. .. ..: . : : . . .:. ..:: . : : mKIAA3 RLVNKELSKELSKELNHEIQKTESTLAHESQQPIKSEPESENDEPKRPLSHC--ERP-HR 910 920 930 940 950 960 400 410 420 430 mKIAA1 DEEGLGGEEEEEEEE-------------EEDDSAEEGGAARLNGR------------GSW .::.: .: .. . :: ... . . mKIAA3 FSKGLNGTPRELRHSLGPGLRSPPRVMSRPPPSASPPKCIQMERHVIRPPPISPPPDSLP 970 980 990 1000 1010 1020 440 450 460 470 480 490 mKIAA1 AQDGDESWMQREVWMSVFRYLSRKELCECMRVCKTWYKWCCDKRLWTKIDLSRCKAIVPQ .:: :.:::::.:: :::...:: :::::.:: .:::::::::.:::.:::.:.: mKIAA3 LDDGAAHVMHREVWMAVFSYLSHRDLCVCMRVCRTWNRWCCDKRLWTRIDLNRCKSITPL 1030 1040 1050 1060 1070 1080 500 510 520 530 540 550 mKIAA1 ALSGIIKRQPVSLDLSWTNISKKQLTWLVNRLPGLKDLLLAGCSWSAVSALSTSSCPLLR :::::.::::::::::::::::::.::.::::::.::.:.:::: ::::: .::::::: mKIAA3 MLSGIIRRQPVSLDLSWTNISKKQLSWLINRLPGLRDLVLSGCSWIAVSALCSSSCPLLR 1090 1100 1110 1120 1130 1140 560 570 580 590 600 mKIAA1 TLDLRWAVGIKDPQIRDLLTPPTD-KPGQ-DNRSKLRNMTDFRLAGLDITDATLRLIIRH :::..:. :.:: :.::::.:::: .::: ::::::::....:::::::::..::::::: mKIAA3 TLDVQWVEGLKDAQMRDLLSPPTDNRPGQMDNRSKLRNIVELRLAGLDITDVSLRLIIRH 1150 1160 1170 1180 1190 1200 610 620 630 640 650 660 mKIAA1 MPLLSRLDLSHCSHLTDQSSNLLTAVGSSTRYSLTELNMAGCNKLTDQTLFFLRRIANVT :::::.:.::.:.:..::: :::::::..:: ::::.:.. :::.:: : :..: .:. mKIAA3 MPLLSKLQLSYCNHINDQSINLLTAVGTTTRDSLTEVNLSDCNKVTDLCLSFFKRCGNIC 1210 1220 1230 1240 1250 1260 670 680 690 700 mKIAA1 LIDLRGCKQITRKACEHFISDLSINSLYCLSDEKLIQKIS :::: :::.:...::.::...:.. . .:::.::.: mKIAA3 HIDLRYCKQVTKEGCEQFIAEMSVSVQFGQVEEKLLQKLS 1270 1280 1290 1300 >>mKIAA0304 ( 1744 res) mbg06324 (1744 aa) initn: 262 init1: 129 opt: 184 Z-score: 143.2 bits: 38.3 E(): 0.0078 Smith-Waterman score: 184; 42.105% identity (42.857% ungapped) in 57 aa overlap (102-157:3-59) 80 90 100 110 120 130 mKIAA1 FPTRPKVRVPTIPITKPHTMKPAPRLTPVRPAAASPIVSGARRRRVRCRKCKACVQ-GEC : . : : . : .:: .:..:.. .: mKIAA0 HTPRRSLPSHHGKKMRMARCGHCRGCLRVQDC 10 20 30 140 150 160 170 180 190 mKIAA1 GVCHYCRDMKKFGGPGRMKQSCVLRQCLAPRLPHSVTCSLCGEVDQNEETQDFEKKLMEC : : : : :::::. :: :: :.: mKIAA0 GSCVNCLDKPKFGGPNTKKQCCVYRKCDKIEARKMERLAKKGRTIVKTLLPWDSDESPEA 40 50 60 70 80 90 709 residues in 1 query sequences 1768308 residues in 2168 library sequences Scomplib [34t11] start: Mon Mar 27 10:33:46 2006 done: Mon Mar 27 10:33:47 2006 Scan time: 0.880 Display time: 0.110 Function used was FASTA [version 3.4t11 Apr 17, 2002]