# /usr/local/bin/fasta34_t -T 4 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/mth02327.fasta.nr -Q ../query/mKIAA0586.ptfa /cdna4/rodent/rouge_util/new.rouge/nfasta/nr 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 mKIAA0586, 1349 aa vs /cdna4/rodent/rouge_util/new.rouge/nfasta/nr library 2727779818 residues in 7921681 sequences statistics sampled from 60000 to 7915282 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.5661+/-0.000199; mu= 9.0230+/- 0.011 mean_var=117.8471+/-22.825, 0's: 33 Z-trim: 56 B-trim: 352 in 1/65 Lambda= 0.118145 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 40, opt: 28, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(7921681) gi|148704605|gb|EDL36552.1| mCG5765, isoform CRA_a (1525) 4739 819.8 0 gi|187956265|gb|AAI50745.1| RIKEN cDNA 2700049A03 (1505) 4730 818.3 0 gi|148704606|gb|EDL36553.1| mCG5765, isoform CRA_b (1461) 4717 816.0 0 gi|12849118|dbj|BAB28215.1| unnamed protein produc ( 630) 3804 660.2 1.3e-186 gi|74217505|dbj|BAC30641.2| unnamed protein produc ( 570) 3632 630.8 7.8e-178 gi|221044152|dbj|BAH13753.1| unnamed protein produ (1347) 3279 570.9 2e-159 gi|194380220|dbj|BAG63877.1| unnamed 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RLSDHPHNPA-LLTTNT-RSVLKDAAKILRGVQNNKKVLEENLEAIVRAKDGAAMYSFIN .: : :.: . : :::: ::::::: ::::::::::::::::::::.::::::::::.:: gi|221 KLPDLPQNSVKLQTTNTTRSVLKDAEKILRGVQNNKKVLEENLEAIIRAKDGAAMYSLIN 330 340 350 360 370 380 530 540 550 560 570 580 mKIAA0 ALATNREMSEKIRIRKQVDEWIKIISAEIQDELMRKDYEQKRFDPKNQRNKKALTMSRDI ::.::::::::::::: :::::: ::::::::: : :::::::: ::::.::. .:..:: gi|221 ALSTNREMSEKIRIRKTVDEWIKTISAEIQDELSRTDYEQKRFDQKNQRTKKGQNMTKDI 390 400 410 420 430 440 590 600 610 mKIAA0 KANEREEW------PLEVSH--------NVARRGLYVTDIWEA----------------- ..: ... : . :. :. ::. .... . gi|221 RTNTQDKTVNKSVIPRKHSQKQIEEHFRNLPMRGMPASSLQKERKEGLLKATTVIQDEDY 450 460 470 480 490 500 620 630 640 650 660 670 mKIAA0 --SLSGPP------QPLKKGPYLRFSSPSPKAKPQRPRVIELVKGTKVKSAKTQTDFHAA .. : : . :::::::::.:::::..::::.::: :::::::: .:::::.:. gi|221 MLQVYGKPVYQGHRSTLKKGPYLRFNSPSPKSRPQRPKVIERVKGTKVKSIRTQTDFYAT 510 520 530 540 550 560 680 690 700 710 720 730 mKIAA0 SRMKMDSKIQHPITALPHADQQYMVSPSREMPTVSGTLEGHLIPMAILLGQTQSNSDSMP . :::::..: . .:::.::::. :::::::: :::::::::::::::::::::::.:: gi|221 KPKKMDSKMKHSVPVLPHGDQQYLFSPSREMPTFSGTLEGHLIPMAILLGQTQSNSDTMP 570 580 590 600 610 620 740 750 760 770 780 790 mKIAA0 PAGVTVNKPRPVTVTTSIPPASRKGNAGVKKPNVAIVEMKSEKKDPPQLSVQILPSVDID :::: :.::.::::::::::.::: ..::::::.:::::::::::::::.::.::::::: gi|221 PAGVIVSKPHPVTVTTSIPPSSRKVETGVKKPNIAIVEMKSEKKDPPQLTVQVLPSVDID 630 640 650 660 670 680 800 810 820 830 840 850 mKIAA0 SVSYSSTDGASSPPSPKEASLPPLHTWIQTPDFMKVDEEEVPLPGTNFDEVIDVIQEEEK :.: ::.: : :::::: ::..:::.::..:::::::: .:::::::.::::::::: gi|221 SISNSSADVLSPLSSPKEASPPPVQTWIKTPEIMKVDEEEVKFPGTNFDEIIDVIQEEEK 690 700 710 720 730 740 860 870 880 890 900 910 mKIAA0 RDEIPECSAPMLEFNRSVKVVPTKYNGPSFPPVVSAYHPTTDILDKVIERKETLENSLIQ ::::. : :.::::::::. :::::: ::::.:...::.::::::::::::::::::: gi|221 CDEIPD-SEPILEFNRSVKADSTKYNGPPFPPVASTFQPTADILDKVIERKETLENSLIQ 750 760 770 780 790 800 920 930 940 950 960 970 mKIAA0 WVEQEIMSRIISGLFPLQQQARLDASVSVSEASEPSASDIVAGTSSGALQRMVDARVPVN ::::::::::::::::.::: . ::::::.::: .:::: :::::::: .::: :::: gi|221 WVEQEIMSRIISGLFPVQQQIAPSISVSVSETSEPLTSDIVEGTSSGALQLFVDAGVPVN 810 820 830 840 850 860 980 990 1000 1010 1020 1030 mKIAA0 SDMVSHFVNEALTETIAVMLADREAERQRAAATSVPGDLSGTETNLLARVCAPVATPQPT :....:::::::.:::::::.::::..: .::.: :: : .:: : ::::.:.:::::: gi|221 SNVIKHFVNEALAETIAVMLGDREAKKQGPVATGVSGDASTNETYLPARVCTPLATPQPT 870 880 890 900 910 920 1040 1050 1060 1070 1080 mKIAA0 PPCSPS-PVREHVRVKTPDSSPCESDPDAASSIKEIRVEKGSDMPAVMLVSTPTRTPVAT :::::: :..: : :::::::::.:: : : .::: .:::.::::.:::.::: ::..: gi|221 PPCSPSSPAKECVLVKTPDSSPCDSDHDMAFPVKEICAEKGDDMPAIMLVNTPTVTPTTT 930 940 950 960 970 980 1090 1100 1110 1120 1130 1140 mKIAA0 PPPAAAL-TPTLSETSIDKLKLSSPELPKPWDSGDLPLDEENPNSLQELPHPRAVVMSVA ::::::. :::::. ::::::.::::::::: .:::::.:::::: :: ::::.::::: gi|221 PPPAAAVFTPTLSDISIDKLKVSSPELPKPWGDGDLPLEEENPNSPQEELHPRAIVMSVA 990 1000 1010 1020 1030 1040 1150 1160 1170 1180 1190 1200 mKIAA0 -NEEPESVDFSAQPAPPEPAPSAPLPEGTKAPSLQRVPSSGSSTLENTLS-TVTETETLD .:::::.:: ::: ::::.: :.: :::::: ...:.: :::::.::: ::::::::: gi|221 KDEEPESMDFPAQPPPPEPVPFMPFPAGTKAPSPSQMPGSDSSTLESTLSVTVTETETLD 1050 1060 1070 1080 1090 1100 1210 1220 1230 1240 1250 1260 mKIAA0 RHISEGEILFSCGQNLATKRPGD--LFLMNINDSLSSTLQDALEMEDDPPSEGQVIRRPH . ::::::::::::.:: : : :.: :.::::::::.::.:::::::::::::: : gi|221 KPISEGEILFSCGQKLAPKILEDIGLYLTNLNDSLSSTLHDAVEMEDDPPSEGQVIRMSH 1110 1120 1130 1140 1150 1160 1270 1280 1290 1300 1310 mKIAA0 KKRHEDAIVALLTKQQRELLVSQQE----EDLDNSVGELSEGQRLVLKAA-EDISAGPSG :: : :::... .::..: :::: :::.::::::::::: : :: :.: : : gi|221 KKFHADAILSF-AKQNQESAVSQQAVYHSEDLENSVGELSEGQRPQLTAAAENILMGHSL 1170 1180 1190 1200 1210 1220 1320 1330 1340 mKIAA0 QMLPPTSPAEPSYQHADPRLVLQQSDMASG : ::.. .. :. ::. . .: : .:: gi|221 YMQPPVTNTQSLDQQCDPKPLSRQFDTVSGSIYEDSCASHGPMSLGELELEPNSKLVLPT 1230 1240 1250 1260 1270 1280 >>gi|194380220|dbj|BAG63877.1| unnamed protein product [ (1463 aa) initn: 3387 init1: 1335 opt: 3279 Z-score: 3018.1 bits: 570.9 E(): 2.1e-159 Smith-Waterman score: 5436; 68.140% identity (83.079% 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..::::::.:::::::::::::::.::.::::::::.: ::.: gi|194 PHPVTVTTSIPPSSRKVETGVKKPNIAIVEMKSEKKDPPQLTVQVLPSVDIDSISNSSAD 690 700 710 720 730 740 800 810 820 830 840 850 mKIAA0 GASSPPSPKEASLPPLHTWIQTPDFMKVDEEEVPLPGTNFDEVIDVIQEEEKRDEIPECS : :::::: ::..:::.::..:::::::: .:::::::.::::::::: ::::. : gi|194 VLSPLSSPKEASPPPVQTWIKTPEIMKVDEEEVKFPGTNFDEIIDVIQEEEKCDEIPD-S 750 760 770 780 790 800 860 870 880 890 900 910 mKIAA0 APMLEFNRSVKVVPTKYNGPSFPPVVSAYHPTTDILDKVIERKETLENSLIQWVEQEIMS :.::::::::. :::::: ::::.:...::.::::::::::::::::::::::::::: gi|194 EPILEFNRSVKADSTKYNGPPFPPVASTFQPTADILDKVIERKETLENSLIQWVEQEIMS 810 820 830 840 850 860 920 930 940 950 960 970 mKIAA0 RIISGLFPLQQQARLDASVSVSEASEPSASDIVAGTSSGALQRMVDARVPVNSDMVSHFV ::::::::.::: . ::::::.::: .:::: :::::::: .::: :::::....::: gi|194 RIISGLFPVQQQIAPSISVSVSETSEPLTSDIVEGTSSGALQLFVDAGVPVNSNVIKHFV 870 880 890 900 910 920 980 990 1000 1010 1020 1030 mKIAA0 NEALTETIAVMLADREAERQRAAATSVPGDLSGTETNLLARVCAPVATPQPTPPCSPS-P ::::.:::::::.::::..: .::.: :: : .:: : ::::.:.:::::::::::: : gi|194 NEALAETIAVMLGDREAKKQGPVATGVSGDASTNETYLPARVCTPLATPQPTPPCSPSSP 930 940 950 960 970 980 1040 1050 1060 1070 1080 1090 mKIAA0 VREHVRVKTPDSSPCESDPDAASSIKEIRVEKGSDMPAVMLVSTPTRTPVATPPPAAAL- ..: : :::::::::.:: : : .::: .:::.::::.:::.::: ::..:::::::. gi|194 AKECVLVKTPDSSPCDSDHDMAFPVKEICAEKGDDMPAIMLVNTPTVTPTTTPPPAAAVF 990 1000 1010 1020 1030 1040 1100 1110 1120 1130 1140 1150 mKIAA0 TPTLSETSIDKLKLSSPELPKPWDSGDLPLDEENPNSLQELPHPRAVVMSVA-NEEPESV :::::. ::::::.::::::::: .:::::.:::::: :: ::::.::::: .:::::. gi|194 TPTLSDISIDKLKVSSPELPKPWGDGDLPLEEENPNSPQEELHPRAIVMSVAKDEEPESM 1050 1060 1070 1080 1090 1100 1160 1170 1180 1190 1200 1210 mKIAA0 DFSAQPAPPEPAPSAPLPEGTKAPSLQRVPSSGSSTLENTLS-TVTETETLDRHISEGEI :: ::: ::::.: :.: :::::: ...:.: :::::.::: :::::::::. :::::: gi|194 DFPAQPPPPEPVPFMPFPAGTKAPSPSQMPGSDSSTLESTLSVTVTETETLDKPISEGEI 1110 1120 1130 1140 1150 1160 1220 1230 1240 1250 1260 1270 mKIAA0 LFSCGQNLATKRPGD--LFLMNINDSLSSTLQDALEMEDDPPSEGQVIRRPHKKRHEDAI ::::::.:: : : :.: :.::::::::.::.:::::::::::::: ::: : ::: gi|194 LFSCGQKLAPKILEDIGLYLTNLNDSLSSTLHDAVEMEDDPPSEGQVIRMSHKKFHADAI 1170 1180 1190 1200 1210 1220 1280 1290 1300 1310 1320 mKIAA0 VALLTKQQRELLVSQQE----EDLDNSVGELSEGQRLVLKAA-EDISAGPSGQMLPPTSP ... .::..: :::: :::.::::::::::: : :: :.: : : : ::.. gi|194 LSF-AKQNQESAVSQQAVYHSEDLENSVGELSEGQRPQLTAAAENILMGHSLYMQPPVTN 1230 1240 1250 1260 1270 1280 1330 1340 mKIAA0 AEPSYQHADPRLVLQQSDMASG .. :. ::. . .: : .:: gi|194 TQSLDQQCDPKPLSRQFDTVSGSIYEDSCASHGPMSLGELELEPNSKLVLPTTLLTAQEN 1290 1300 1310 1320 1330 1340 >>gi|194380920|dbj|BAG64028.1| unnamed protein product [ (1644 aa) initn: 3260 init1: 1335 opt: 3279 Z-score: 3017.4 bits: 571.0 E(): 2.3e-159 Smith-Waterman score: 5680; 65.653% identity (80.719% similar) in 1447 aa overlap (1-1349:8-1443) 10 20 30 40 50 mKIAA0 FVTNQMKNVEFSLERGQRLKMPARKLREIVSPNQGNKLAVVEDELPRVPPALA ::::.::. : :::. ...:::...:::.:: :.:..:....:::: :::::. gi|194 MFWCGTCFVTNNMKGSEVSLEKKKKIKMPVKRLREVVSQNHGDHLVLLKDELPCVPPALS 10 20 30 40 50 60 60 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::.::::::::::::::::::::::::.::::.::.: ..: .:::: ::: : :..: gi|194 MNVFMEQHIRHLEKLQQQQIDIQTHFISAALKTSSFQPVSMPSSRAVEKYSVKPEHPNLG 300 310 320 330 340 350 320 330 340 350 360 mKIAA0 SSVFS-HNTFVSKRVPLSE--DTDFDGQKSPLETPAPRRFAPVPVSRDGKITKRESPTEE : : .:::.::..::.: ::.:: ::::::::::::::::::::: ...:::. :: gi|194 SCNPSLYNTFASKQAPLKEVEDTSFDKQKSPLETPAPRRFAPVPVSRDDELSKRENLLEE 360 370 380 390 400 410 370 380 390 400 410 420 mKIAA0 KENMEMNSPKGNVRLLEQVLNSNECLTRKTESSDITSLTQPKMGWNLEKRDSTETLHSQI :::::.. .::::::::.::.:. ::::.:::. ::::. :.::. :: . gi|194 KENMEVSCHRGNVRLLEQILNNNDSLTRKSESSNTTSLTRSKIGWTPEKTNR-------- 420 430 440 450 460 470 430 440 450 460 470 480 mKIAA0 FPSSEERGTAQVPVPKYNDVVHDLGQK-KQASDMLQIKQSPVTLRLSDHPHNPA-LLTTN ::: :: :..: . : .::.:::::: :....:.: :.: :.: : :.: . : ::: gi|194 FPSCEELETTKVTMQKSDDVLHDLGQKEKETNSMVQPKESLSMLKLPDLPQNSVKLQTTN 480 490 500 510 520 530 490 500 510 520 530 540 mKIAA0 T-RSVLKDAAKILRGVQNNKKVLEENLEAIVRAKDGAAMYSFINALATNREMSEKIRIRK : ::::::: 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:::::....:::::::.:::::::.::::..: .::.: :: : .: gi|154 TSSGALQLFVDAGVPVNSNVIKHFVNEALAETIAVMLGDREAKKQGPVATGVSGDASTNE 910 920 930 940 950 960 1020 1030 1040 1050 1060 1070 mKIAA0 TNLLARVCAPVATPQPTPPCSPS-PVREHVRVKTPDSSPCESDPDAASSIKEIRVEKGSD : : ::::.:. ::::::::::: :..: : :::::::::.:: : : .::: .:::.: gi|154 TYLPARVCTPLPTPQPTPPCSPSSPAKECVLVKTPDSSPCDSDHDMAFPVKEICAEKGDD 970 980 990 1000 1010 1020 1080 1090 1100 1110 1120 1130 mKIAA0 MPAVMLVSTPTRTPVATPPPAAAL-TPTLSETSIDKLKLSSPELPKPWDSGDLPLDEENP :::.:::.::: ::..:::::::. :::::. ::::::.::::::::: .:::::.:::: gi|154 MPAIMLVNTPTVTPTTTPPPAAAVFTPTLSDISIDKLKVSSPELPKPWGDGDLPLEEENP 1030 1040 1050 1060 1070 1080 1140 1150 1160 1170 1180 1190 mKIAA0 NSLQELPHPRAVVMSVA-NEEPESVDFSAQPAPPEPAPSAPLPEGTKAPSLQRVPSSGSS :: :: ::::.::::: .:::::.:: ::: ::::.: :.: :::::: ...:.: :: gi|154 NSPQEELHPRAIVMSVAKDEEPESMDFPAQPPPPEPVPFMPFPAGTKAPSPSQMPGSDSS 1090 1100 1110 1120 1130 1140 1200 1210 1220 1230 1240 mKIAA0 TLENTLS-TVTETETLDRHISEGEILFSCGQNLATKRPGD--LFLMNINDSLSSTLQDAL 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