# /usr/local/bin/fasta34_t -T 4 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/mth02105.fasta.nr -Q ../query/mKIAA2005.ptfa /cdna4/rodent/rouge_util/new.rouge/nfasta/nr 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 mKIAA2005, 1564 aa vs /cdna4/rodent/rouge_util/new.rouge/nfasta/nr library 2727779818 residues in 7921681 sequences statistics sampled from 60000 to 7921024 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.2043+/-0.000185; mu= 14.5938+/- 0.010 mean_var=77.4790+/-15.149, 0's: 31 Z-trim: 33 B-trim: 0 in 0/66 Lambda= 0.145708 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 41, opt: 29, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(7921681) gi|143811352|sp|Q69Z37.2|SAM9L_MOUSE RecName: Full (1561) 10255 2166.7 0 gi|63540653|ref|XP_620286.1| PREDICTED: sterile al (1579) 7360 1558.1 0 gi|82802395|ref|XP_914015.1| PREDICTED: similar to (1579) 7358 1557.7 0 gi|62646811|ref|XP_575369.1| PREDICTED: similar to (1574) 6659 1410.7 0 gi|109473080|ref|XP_001069386.1| PREDICTED: simila (1574) 6650 1408.8 0 gi|109067508|ref|XP_001099842.1| PREDICTED: simila (1585) 5055 1073.6 0 gi|114614492|ref|XP_527818.2| PREDICTED: sterile a 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70) 353 84.1 4.3e-14 gi|63100039|gb|AAQ04689.3|AF453311_1 OEF-1 splice ( 82) 347 82.9 1.2e-13 gi|115750996|ref|XP_001203439.1| PREDICTED: hypoth ( 719) 254 64.1 4.6e-07 gi|72041688|ref|XP_798303.1| PREDICTED: hypothetic ( 520) 185 49.4 0.0084 >>gi|143811352|sp|Q69Z37.2|SAM9L_MOUSE RecName: Full=Ste (1561 aa) initn: 10255 init1: 10255 opt: 10255 Z-score: 11640.4 bits: 2166.7 E(): 0 Smith-Waterman score: 10255; 100.000% identity (100.000% similar) in 1561 aa overlap (4-1564:1-1561) 10 20 30 40 50 60 mKIAA2 SLNMSGQVTQPKLIKDWTKEHVRKWVTEDLNIVEKYAQILFKEEVTGMVLQELTEEDLRE ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: gi|143 MSGQVTQPKLIKDWTKEHVRKWVTEDLNIVEKYAQILFKEEVTGMVLQELTEEDLRE 10 20 30 40 50 70 80 90 100 110 120 mKIAA2 MGLPRGPALLIKRMYNKLISSPESHNQDSRELNDKKLSTKEQQTKTKNEEENSVSSNSDH :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: gi|143 MGLPRGPALLIKRMYNKLISSPESHNQDSRELNDKKLSTKEQQTKTKNEEENSVSSNSDH 60 70 80 90 100 110 130 140 150 160 170 180 mKIAA2 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