# /usr/local/bin/fasta34_t -T 4 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/mth00251.fasta.nr -Q ../query/mKIAA0870.ptfa /cdna4/rodent/rouge_util/new.rouge/nfasta/nr 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 mKIAA0870, 1280 aa vs /cdna4/rodent/rouge_util/new.rouge/nfasta/nr library 2727779818 residues in 7921681 sequences statistics sampled from 60000 to 7919016 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.1663+/-0.000187; mu= 15.1073+/- 0.010 mean_var=77.1227+/-15.306, 0's: 32 Z-trim: 45 B-trim: 3122 in 1/64 Lambda= 0.146044 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 40, opt: 28, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(7921681) gi|158513218|sp|A2RT67.2|DEND3_MOUSE RecName: Full (1274) 8555 1813.0 0 gi|109480872|ref|XP_235398.4| PREDICTED: similar t (1408) 7995 1695.1 0 gi|194215140|ref|XP_001499398.2| PREDICTED: simila (1261) 6859 1455.7 0 gi|194672882|ref|XP_584806.4| PREDICTED: similar t (1282) 6810 1445.4 0 gi|119612623|gb|EAW92217.1| DENN/MADD domain conta (1278) 6798 1442.8 0 gi|109087613|ref|XP_001082457.1| PREDICTED: simila (1423) 6773 1437.6 0 gi|158513219|sp|A2RUS2.2|DEND3_HUMAN RecName: Full (1198) 6452 1369.9 0 gi|149410182|ref|XP_001513673.1| PREDICTED: simila (1294) 6347 1347.8 0 gi|114621963|ref|XP_519983.2| PREDICTED: hypotheti (1219) 5462 1161.3 0 gi|148697474|gb|EDL29421.1| mCG123968 [Mus musculu (1211) 5441 1156.9 0 gi|26343225|dbj|BAC35269.1| unnamed protein produc ( 780) 5135 1092.3 0 gi|149066243|gb|EDM16116.1| hypothetical LOC315055 ( 788) 4734 1007.8 0 gi|124376358|gb|AAI33024.1| DENND3 protein [Homo s (1146) 4294 915.2 0 gi|189532738|ref|XP_001338419.2| PREDICTED: simila (1268) 4105 875.4 0 gi|189529965|ref|XP_686005.3| PREDICTED: similar t (1252) 2423 521.0 1.8e-144 gi|119612624|gb|EAW92218.1| DENN/MADD domain conta ( 554) 2359 507.2 1.1e-140 gi|47229374|emb|CAF99362.1| unnamed protein produc (2176) 2263 487.5 3.9e-134 gi|47225464|emb|CAG11947.1| unnamed protein produc (1308) 1386 302.5 1.1e-78 gi|119612625|gb|EAW92219.1| DENN/MADD domain conta ( 248) 1157 253.7 1.1e-64 gi|119612622|gb|EAW92216.1| DENN/MADD domain conta ( 269) 1074 236.2 2.1e-59 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