FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 3.4t11 Apr 17, 2002 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 ../query/mKIAA1881.ptfa, 1017 aa vs ./tmplib.26680 library 1768000 residues in 2168 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.8942+/-0.00512; mu= -1.8360+/- 0.339 mean_var=141.8057+/-33.476, 0's: 0 Z-trim: 2 B-trim: 2 in 1/35 Lambda= 0.1077 FASTA (3.45 Mar 2002) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 39, opt: 27, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2168) mKIAA1114 ( 1736 res) mbg06405 (1736) 286 57 2.4e-08 >>mKIAA1114 ( 1736 res) mbg06405 (1736 aa) initn: 125 init1: 55 opt: 286 Z-score: 242.3 bits: 57.2 E(): 2.4e-08 Smith-Waterman score: 366; 24.046% identity (26.620% ungapped) in 786 aa overlap (17-782:718-1447) 10 20 30 40 mKIAA1 CVTQRLPPPAPQAAIMSASGDGTRVPPKSKGKTLSSFFGSLPGFSS : :: . : . ..: ::. :. :. mKIAA1 NTSANFSSAPSISFGDTPNTSTSFSGGANSSFSGTPSTSAPFCNTASIS--FGGAPSTST 690 700 710 720 730 740 50 60 70 80 90 100 mKIAA1 ARNL--VSHTHSSTSTKDLQTAT-DPSGTPAPSSKVSTNSQMAGDAAGLLQPSEQTAGDK . . .: . ... .:.::. . .:.:. :.. :: : : : . . : .::. . mKIAA1 SFSTASISFGGAPSTSTSLSTASISFGGAPSTSTSFSTASISFGGAPST-STSLSTASIS 750 760 770 780 790 800 110 120 130 140 150 160 mKIAA1 DMGSFSVTSSEDAFSGVFGIMDAAKGMVQGGLGATQSALVGTKEAVSGGVMGAVGVAKGL :. :..:: . : :: ... .:: . .. : ..:::. .. : . mKIAA1 FGGAPSINSSSGGSSVSFGGAPTTSTSFSGGPCISFGGAPCTTASISGGASSGFGSTLCS 810 820 830 840 850 860 170 180 190 200 210 220 mKIAA1 VKGGLDT-SKNVLTNTKDTVTTGVMGAANMAKGTVQTGLDTTKSVVMGTKDTVATGLAGA .. :... : :. .. :..: ::.. . : : . :: .:.. ..:..:. mKIAA1 TNPGFSALSTNTSFGSAPTTSTVFSGAVSTTTGF---GGTLSTSVCFGSSPYSGAGFGGT 870 880 890 900 910 920 230 240 250 260 270 280 mKIAA1 VNVAKGTIQGGLDTTKSVVMGTKDTVTTGLTGAVNVAKGAVQGGLDTTKSVVMGTKDTVT .... . :: .:.. :: .: .. :: . ... : :.: :: .: .. .. mKIAA1 LSTSISF--GGSPSTNTGFGGTLSTSVS--FGASSSTSSDFGGTLST--SVSFGGSSGAN 930 940 950 960 970 290 300 310 320 330 340 mKIAA1 TGLTGALNVAKGTAQMGIDTSKTVLIGTKDTVCAGATGAINMAKGAAQGGLDTTKSVLMG .:. :.:: .....: : .. .:. . :. :::. . .: :... : .: mKIAA1 AGFGGTLN---SSTSFGGAISTSTGFGSALNNSANFGGAISTS---FSGVLNSSAS--FG 980 990 1000 1010 1020 350 360 370 380 390 mKIAA1 TKDTVTTGLTGAINVAKGSAQGGLDTTKSVLIGTKDTVTTGLTGALN-------VAKGTV ....:. ...: .::. : . :. .: . ..:. :::: : .:.. mKIAA1 GAINTSAGFGSTLN---SSASFGSALSTSASFGGVLNGSAGFGGALNTNATFGGVLNGSA 1030 1040 1050 1060 1070 1080 400 410 420 430 440 450 mKIAA1 QTGLDTSQRVLTGTKDNVYAGVTGAVNVAKGTIQGGLDTTKSVVMGTKDTVTTGLTGAVN : . . : : :: ::.... : :: .... :. .: .... ::.: mKIAA1 GFGGAMNTNATFGGALNSNAGFGGAISTS--TNFGGALNNSAGFGGAMNT-SASFGGALN 1090 1100 1110 1120 1130 1140 460 470 480 490 500 510 mKIAA1 VAKGAVQGGLDTTKSVVMGTKDTVTTGLTGAMNVAKGTAQMGIDTSKTVLTGTKDTVCAG . : :: .:... :. .. ..:. ::... .: .: .... : .. :. mKIAA1 NSAGF--GGAISTNATFGGALNN-SAGFGGAIST---NATFGGALNNSAGFGGAISTSAS 1150 1160 1170 1180 1190 520 530 540 550 560 570 mKIAA1 LTGAINVAKGATQGGLDTTKSVLMGTKDTVTTGLTGAINVAKGAAQGGLDTTKSVLLGTK . :..: ..:. :: .:.. . :. .. ..:. ::::.. : :: :.:. .: mKIAA1 FGGTLN--NSASFGGAINTSASFGGVLNN-SAGFGGAINTS--ANFGGA-LTNSAGFGGA 1200 1210 1220 1230 1240 580 590 600 610 620 630 mKIAA1 DTVTTGLTGAANVAKETVQMGLDTSKNILMDTKDSICAGATGAITVVKGAAQGGLDTSNA ...... :: : ... .: : . . . :: :::.. .:. :: ... mKIAA1 ISTSASFGGALN---NSAGFGGAISTSASFGGALNNSAGFGGAIST--NASFGGAISNSP 1250 1260 1270 1280 1290 1300 640 650 660 670 680 mKIAA1 ALTGTMDTA---KGTVQTSLDTSKH---MLIGMKDT--VCAGVTSAMNMAKGIHKNTDTT . :...:. ::..:. :.: . .: : : : . . :. : .:. mKIAA1 DFGGAFSTSVGFGGTLNTTDFGSNHSNSISFGSAPTTSVSFGGSHSTNLCFGGAPSTSLC 1310 1320 1330 1340 1350 1360 690 700 710 720 730 740 mKIAA1 RDTQSSV-LAHSGNVATNAIHTGVHTVPSSLSGSHSIICHEPSIYRATNHGVGQAILTST . :.. : .:. .:: . .:. . .... .::: . .:. : :... ::. mKIAA1 FGSASNTNLCFGGSNSTNCF-SGATS--ANFNEGHSISFGNGL---STSAGFGNGLGTSA 1370 1380 1390 1400 1410 750 760 770 780 790 800 mKIAA1 ESLCCETSSFSDKYGLGHVTEPRADTKTLVSGMASSACAATRSVEECGQLAATGFAALPD ::.. . :.: : : .. .:...:. mKIAA1 GF----GSSLGTSTGFGGSLGPSA---SFNGGLGTSTGFGGGLGTSTDFSGGLNHNADFN 1420 1430 1440 1450 1460 1470 810 820 830 840 850 860 mKIAA1 ELKGLGDIFQPMTTEEQAQLAVSESGPRVLSADRGSYYIRLGDLAPSFRQRAFEHALSHI mKIAA1 GGLGNSAGFNGGLNTNTDFGGELGTSAGFGDGLGSSTSFGAGLVTSDGFAGNLGTNTGFG 1480 1490 1500 1510 1520 1530 1017 residues in 1 query sequences 1768000 residues in 2168 library sequences Scomplib [34t11] start: Mon Mar 27 10:55:04 2006 done: Mon Mar 27 10:55:05 2006 Scan time: 0.950 Display time: 0.090 Function used was FASTA [version 3.4t11 Apr 17, 2002]