FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 3.4t11 Apr 17, 2002 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 ../query/mKIAA4033.ptfa, 718 aa vs ./tmplib.26680 library 1768299 residues in 2168 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 3.9646+/-0.0041; mu= 21.6058+/- 0.275 mean_var=83.7801+/-19.675, 0's: 0 Z-trim: 2 B-trim: 0 in 0/36 Lambda= 0.1401 FASTA (3.45 Mar 2002) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 38, opt: 26, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2168) mKIAA0230 ( 1431 res) mbg10262 (1431) 1720 358 3.1e-99 >>mKIAA0230 ( 1431 res) mbg10262 (1431 aa) initn: 1632 init1: 684 opt: 1720 Z-score: 1874.1 bits: 358.3 E(): 3.1e-99 Smith-Waterman score: 1774; 41.143% identity (42.793% ungapped) in 700 aa overlap (36-717:577-1267) 10 20 30 40 50 60 mKIAA4 ALAGLLAPLAMLQTSNGATPALLGEVENSVVLSCMEEAKQLVDRAYKERRESIKRSLQSG : . . :: :::: . : . ..: mKIAA0 CVARNTIGYASVSMVLSVNVPDVSRNGDPYVATSIVEAIATVDRAINSTRTHL---FDSR 550 560 570 580 590 600 70 80 90 100 110 mKIAA4 SASPTELLFYFKQPV-AGTRTAVRAADYLHVALDLLKRKLQ-----PLWPRPFNVTDVLT ::..:: :. : : .::.. .. .:.:.....: : .. .:... mKIAA0 PRSPNDLLALFRYPRDPYTVGQARAGEIFERTLQLIQEHVQHGLMVDLNGTSYHYNDLVS 610 620 630 640 650 660 120 130 140 150 160 170 mKIAA4 PAQLNLLSVSSGC-AYQDVGVTCPP---NDKYRTITGHCNNRRSPTLGASNRAFVRWLPA : :.:.. ::: :.. :. .: ..:::: : ::: . : ::: :: : : : mKIAA0 PQYLSLIANLSGCTAHRRVN-NCSDMCFHQKYRTHDGTCNNLQHPMWGASLTAFERLLKA 670 680 690 700 710 720 180 190 200 210 220 230 mKIAA4 EYEDGVSMPFVWTPGVNRNGFKVPLARQVSNAIVRFPNDQLTKDQERALMFMQWGQFLDH ::.: . : . . :: .:. : ::.... .. .: :.. . :.::::::::: mKIAA0 VYENGFNTPRGINSQRQYNGHVLPMPRLVSTTLI--GTEVITPDEQFTHMLMQWGQFLDH 730 740 750 760 770 780 240 250 260 270 280 290 mKIAA4 DITLTPEPATRFSFFTGLNCETSCLQQPPCFPLKIPPNDPRIKNQKDCIPFFRSCPACTR :. : .. : : .: . : ..:::: . :::::::... :. : :: :.: mKIAA0 DLDSTVVALSQARFSDGQHCSSVCSNDPPCFSVMIPPNDPRVRSGARCMFFVRSSPVCGS 790 800 810 820 830 840 300 310 320 330 340 mKIAA4 -------NNITIRNQINALTSFVDASGVYGSEDPLARKLRNLTNQLGLLAVNTRFQDNGR :.. :.::: :::..:::.:::: : ::..:.:... ::: . : .:. mKIAA0 GMTSLLMNSVYPREQINQLTSYIDASNVYGSTDHEARSIRDLASHRGLLRQGI-VQRSGK 850 860 870 880 890 350 360 370 380 390 400 mKIAA4 ALMPFDSLHDDPCLLTNRSARIPCFLAGDMRSSEMPELTSMHTLFVREHNRLATQLKRLN :.:: . :. . . :::::::: :..:. :::::::. :::::.:..: .:: mKIAA0 PLLPFATGPPTECMRDENESPIPCFLAGDHRANEQLGLTSMHTLWFREHNRIAAELLKLN 900 910 920 930 940 950 410 420 430 440 450 460 mKIAA4 PRWNGEKLYQEARKIVGAMVQIITYRDYLPLVLGPAAMKKYLPQYRSYNDSVDPRIANVF :.:.:. .:.:.:::::: .: :::: .:: .:: ..:: .: .::.:. ::. : :.: mKIAA0 PHWDGDTVYHETRKIVGAEIQHITYRHWLPKILGEVGMK-MLGEYRGYDPSVNAGIFNAF 960 970 980 990 1000 1010 470 480 490 500 510 520 mKIAA4 -TNAFRYGHTLIQPFMFRLNNQYRPTGPNPRVPLSKVFFASWRVVLEGGIDPILRGLMAT : :::.:::::.:...::.....: :. .::: :.::. .:.: ::::::.::::... mKIAA0 ATAAFRFGHTLINPLLYRLDENFEPI-PQGHVPLHKAFFSPFRIVNEGGIDPLLRGLFGV 1020 1030 1040 1050 1060 1070 530 540 550 560 570 580 mKIAA4 PAKLNRQNQIVVDEIRERLFEQVMRIGLDLPALNMQRSRDHGLPGYNAWRRFCGLPQPST .:. .:.. :. :::: .. ..::: :.:.::.::::.: :. .: .:.: : mKIAA0 AGKMRIPSQLLNTELTERLFSMAHTVALDLAAINIQRGRDHGIPPYHDYRVYCNLSAAYT 1080 1090 1100 1110 1120 1130 590 600 610 620 630 640 mKIAA4 VGELGTVLKNLELARKLMAQYGTPNNIDIWMGGVSEPLEPNGRVGQLLACLIGTQFRKLR .: . .:. . .::. ::. :::.. . . : : :..:.: : ::..::::.:: mKIAA0 FEDLKNEIKSPVIREKLQRLYGSTLNIDLFPALMVEDLVPGSRLGPTLMCLLSTQFRRLR 1140 1150 1160 1170 1180 1190 650 660 670 680 690 700 mKIAA4 DGDRFWWENPGVFSKQQRQALASISLPRIICDNTGITTVSKNNIFMSNTYPRDFVSCNTL ::::.:.::::::: : : . :: ::.:::. : ....: .:. . ::. . mKIAA0 DGDRLWYENPGVFSPAQLTQLKQTSLARILCDNSDNITRVQQDVFRVAEFPHGYSSCEDI 1200 1210 1220 1230 1240 1250 710 mKIAA4 PKLNLTSWKET :...: :.. mKIAA0 PRVDLRVWQDCCEDCRTRGQFNAFSYHFRGRRSLEFSYEDDKPTKRARWRKALSVKHGKH 1260 1270 1280 1290 1300 1310 718 residues in 1 query sequences 1768299 residues in 2168 library sequences Scomplib [34t11] start: Mon Mar 27 10:59:45 2006 done: Mon Mar 27 10:59:46 2006 Scan time: 0.850 Display time: 0.060 Function used was FASTA [version 3.4t11 Apr 17, 2002]