# /usr/local/bin/fasta34_t -T 4 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/msj04008.fasta.nr -Q ../query/mKIAA0012.ptfa /cdna4/rodent/rouge_util/new.rouge/nfasta/nr 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 mKIAA0012, 727 aa vs /cdna4/rodent/rouge_util/new.rouge/nfasta/nr library 2727779818 residues in 7921681 sequences statistics sampled from 60000 to 7908805 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.1116+/-0.000186; mu= 12.2841+/- 0.010 mean_var=72.6991+/-14.450, 0's: 42 Z-trim: 105 B-trim: 2846 in 1/66 Lambda= 0.150421 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 38, opt: 26, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(7921681) gi|20140791|sp|Q9EPQ1.1|TLR1_MOUSE RecName: Full=T ( 795) 4840 1060.2 0 gi|11385997|gb|AAG35062.1|AF316985_1 toll-like rec ( 795) 4835 1059.2 0 gi|149035377|gb|EDL90081.1| rCG56938 [Rattus norve ( 837) 4292 941.3 0 gi|194068397|dbj|BAG55019.1| toll-like receptor 1 ( 786) 3777 829.6 0 gi|164652830|gb|ABY64984.1| Toll-like receptor 1 [ ( 786) 3776 829.3 0 gi|164652832|gb|ABY64985.1| Toll-like receptor 1 [ ( 786) 3773 828.7 0 gi|194068399|dbj|BAG55020.1| toll-like receptor 1 ( 786) 3771 828.2 0 gi|194068393|dbj|BAG55017.1| toll-like receptor 1 ( 786) 3753 824.3 0 gi|194068391|dbj|BAG55016.1| toll-like receptor 1 ( 786) 3750 823.7 0 gi|194068389|dbj|BAG55015.1| toll-like receptor 1 ( 786) 3742 822.0 0 gi|146291086|sp|Q15399.3|TLR1_HUMAN RecName: Full= ( 786) 3742 822.0 0 gi|2459618|gb|AAC34137.1| Toll-like receptor 1 [Ho ( 786) 3741 821.7 0 gi|208965624|dbj|BAG72826.1| toll-like receptor 1 ( 786) 3734 820.2 0 gi|194068395|dbj|BAG55018.1| toll-like receptor 1 ( 786) 3732 819.8 0 gi|58476814|gb|AAH89403.1| Toll-like receptor 1 [H ( 786) 3732 819.8 0 gi|62086557|dbj|BAD91798.1| Toll-like receptor 1 [ ( 796) 3732 819.8 0 gi|68533206|dbj|BAE06146.1| Toll-like receptor 1 [ ( 796) 3722 817.6 0 gi|158259425|dbj|BAF85671.1| unnamed protein produ ( 786) 3721 817.4 0 gi|4886483|emb|CAB43364.1| hypothetical protein [H ( 786) 3721 817.4 0 gi|49065550|emb|CAG38593.1| TLR1 [Homo sapiens] ( 786) 3717 816.5 0 gi|184132918|gb|ACC68075.1| toll-like receptor 1 [ ( 753) 3701 813.0 0 gi|169264964|dbj|BAG12310.1| toll-like receptor 1 ( 796) 3697 812.2 0 gi|184132936|gb|ACC68084.1| toll-like receptor 1 [ ( 754) 3690 810.7 0 gi|149702824|ref|XP_001498694.1| PREDICTED: toll-l ( 789) 3690 810.7 0 gi|171187539|gb|ACB41373.1| Toll-like receptor 1 [ ( 789) 3676 807.6 0 gi|156602084|gb|ABU86939.1| Toll-like receptor 1 [ ( 727) 3655 803.0 0 gi|63494869|gb|AAT48486.2| Toll-like receptor 1 [B ( 727) 3655 803.0 0 gi|201066462|gb|ACH92575.1| Toll-like receptor 1 l ( 792) 3655 803.1 0 gi|156602072|gb|ABU86933.1| Toll-like receptor 1 [ ( 727) 3654 802.8 0 gi|156602080|gb|ABU86937.1| Toll-like receptor 1 [ ( 727) 3649 801.7 0 gi|198281852|emb|CAQ37820.1| Toll-like receptor 1 ( 731) 3644 800.7 0 gi|156602082|gb|ABU86938.1| Toll-like receptor 1 [ ( 727) 3633 798.3 0 gi|20140792|sp|Q9EPW9.2|TLR6_MOUSE RecName: Full=T ( 795) 3303 726.7 8e-207 gi|11596326|gb|AAG38563.1|AF314636_1 toll-like rec ( 806) 3303 726.7 8.1e-207 gi|5006250|dbj|BAA78632.1| TLR6 [Mus musculus] ( 806) 3303 726.7 8.1e-207 gi|33286898|gb|AAH55366.1| Toll-like receptor 6 [M ( 806) 3302 726.5 9.4e-207 gi|110618129|gb|ABG78745.1| mutant TLR6 [Mus muscu ( 806) 3297 725.4 2e-206 gi|38382867|gb|AAH62390.1| Toll-like receptor 6 [R ( 806) 3105 683.7 7e-194 gi|149035375|gb|EDL90079.1| toll-like receptor 6, ( 806) 3104 683.5 8.1e-194 gi|158346911|gb|ABW37072.1| toll-like receptor 6 [ ( 796) 3101 682.9 1.3e-193 gi|164707965|gb|ABY67113.1| toll-like receptor 6 [ ( 796) 3100 682.6 1.5e-193 gi|158346913|gb|ABW37073.1| toll-like receptor 6 [ ( 796) 3098 682.2 2e-193 gi|119613308|gb|EAW92902.1| toll-like receptor 6 [ ( 796) 3095 681.6 3.1e-193 gi|165868286|gb|ABY67947.1| Toll-like receptor 6 [ ( 796) 3095 681.6 3.1e-193 gi|164707971|gb|ABY67116.1| toll-like receptor 6 [ ( 796) 3094 681.3 3.6e-193 gi|20140925|sp|Q9Y2C9.1|TLR6_HUMAN RecName: Full=T ( 796) 3094 681.3 3.6e-193 gi|158346907|gb|ABW37070.1| toll-like receptor 6 [ ( 796) 3094 681.3 3.6e-193 gi|194068467|dbj|BAG55054.1| toll-like receptor 6 ( 796) 3093 681.1 4.2e-193 gi|158346897|gb|ABW37065.1| toll-like receptor 6 [ ( 796) 3093 681.1 4.2e-193 gi|164707967|gb|ABY67114.1| toll-like receptor 6 [ ( 796) 3092 680.9 4.9e-193 >>gi|20140791|sp|Q9EPQ1.1|TLR1_MOUSE RecName: Full=Toll- (795 aa) initn: 4840 init1: 4840 opt: 4840 Z-score: 5672.1 bits: 1060.2 E(): 0 Smith-Waterman score: 4840; 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