# /usr/local/bin/fasta34_t -T 4 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/msh32285.fasta.nr -Q ../query/mKIAA0086.ptfa /cdna4/rodent/rouge_util/new.rouge/nfasta/nr 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 mKIAA0086, 984 aa vs /cdna4/rodent/rouge_util/new.rouge/nfasta/nr library 2727779818 residues in 7921681 sequences statistics sampled from 60000 to 7918281 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.4965+/-0.000189; mu= 12.6160+/- 0.011 mean_var=86.5277+/-16.809, 0's: 31 Z-trim: 41 B-trim: 356 in 2/64 Lambda= 0.137879 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 39, opt: 27, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(7921681) gi|73620752|sp|Q9JIC3.2|DCR1A_MOUSE RecName: Full= (1026) 6605 1324.5 0 gi|148669815|gb|EDL01762.1| DNA cross-link repair (1029) 6575 1318.6 0 gi|7595835|gb|AAF64472.1|AF241240_1 SNM1 protein [ (1023) 6409 1285.5 0 gi|149040461|gb|EDL94499.1| DNA cross-link repair (1026) 5412 1087.2 0 gi|148669814|gb|EDL01761.1| DNA cross-link repair ( 557) 3521 710.9 4.4e-202 gi|194205654|ref|XP_001495731.2| PREDICTED: simila (1043) 2675 542.8 3.3e-151 gi|73620749|sp|Q6PJP8.2|DCR1A_HUMAN RecName: Full= (1040) 2670 541.8 6.5e-151 gi|114632910|ref|XP_508045.2| PREDICTED: DNA-cross (1040) 2669 541.6 7.4e-151 gi|16753254|gb|AAH13124.1| DNA cross-link repair 1 (1040) 2669 541.6 7.4e-151 gi|76655155|ref|XP_580486.2| PREDICTED: similar to (1051) 2660 539.8 2.6e-150 gi|38566205|gb|AAH62582.1| DNA cross-link repair 1 (1040) 2659 539.6 2.9e-150 gi|73998860|ref|XP_535018.2| PREDICTED: similar to (1074) 2635 534.8 8.3e-149 gi|109090605|ref|XP_001090942.1| PREDICTED: DNA-cr (1039) 2611 530.1 2.2e-147 gi|194042051|ref|XP_001926894.1| PREDICTED: simila (1058) 2572 522.3 4.8e-145 gi|149634612|ref|XP_001513453.1| PREDICTED: simila ( 994) 2185 445.3 6.9e-122 gi|126273412|ref|XP_001377744.1| PREDICTED: simila (1043) 2183 444.9 9.4e-122 gi|73620743|sp|Q5QJC4.1|DCR1A_CHICK RecName: Full= ( 972) 1828 374.3 1.6e-100 gi|148922160|gb|AAI46633.1| LOC733261 protein [Xen ( 932) 1715 351.8 9.1e-94 gi|66910826|gb|AAH97815.1| LOC733261 protein [Xeno ( 526) 1703 349.2 3.1e-93 gi|189526049|ref|XP_001922627.1| PREDICTED: DNA cr ( 933) 1673 343.4 3e-91 gi|120537811|gb|AAI29477.1| Dclre1a protein [Danio ( 431) 1656 339.8 1.7e-90 gi|210089517|gb|EEA37821.1| hypothetical protein B ( 377) 1416 292.0 3.7e-76 gi|210090640|gb|EEA38911.1| hypothetical protein B ( 377) 1415 291.8 4.2e-76 gi|156222243|gb|EDO43089.1| predicted protein [Nem ( 338) 1302 269.3 2.3e-69 gi|190580698|gb|EDV20779.1| hypothetical protein T ( 375) 1238 256.6 1.7e-65 gi|222861836|gb|EEE99378.1| predicted protein [Pop ( 382) 1205 250.0 1.6e-63 gi|115616464|ref|XP_001202045.1| PREDICTED: hypoth ( 351) 1203 249.6 2e-63 gi|87241310|gb|ABD33168.1| DNA repair metallo-beta ( 511) 1175 244.2 1.3e-61 gi|73621911|sp|Q38961.1|SNM1_ARATH RecName: Full=D ( 484) 1154 240.0 2.2e-60 gi|1495267|emb|CAA66406.1| orf12 [Arabidopsis thal ( 484) 1154 240.0 2.2e-60 gi|223547811|gb|EEF49303.1| DNA cross-link repair ( 493) 1151 239.4 3.3e-60 gi|222423539|dbj|BAH19739.1| AT3G26680 [Arabidopsi ( 484) 1144 238.0 8.6e-60 gi|38345210|emb|CAD40784.2| OSJNBb0012E08.8 [Oryza ( 481) 1132 235.6 4.5e-59 gi|222628797|gb|EEE60929.1| hypothetical protein O ( 517) 1132 235.6 4.7e-59 gi|56798256|dbj|BAD82911.1| Snm1 [Oryza sativa Jap ( 485) 1092 227.6 1.1e-56 gi|162664687|gb|EDQ51397.1| predicted protein [Phy ( 334) 1088 226.7 1.5e-56 gi|221110035|ref|XP_002170873.1| PREDICTED: simila (1070) 1088 227.1 3.5e-56 gi|157018434|gb|EAA07248.4| AGAP010353-PA [Anophel ( 689) 918 193.2 3.8e-46 gi|108872037|gb|EAT36262.1| DNA cross-link repair ( 778) 913 192.2 8.4e-46 gi|222855429|gb|EEE92976.1| predicted protein [Pop ( 740) 901 189.8 4.2e-45 gi|194198159|gb|EDX11735.1| GD19792 [Drosophila si ( 768) 893 188.2 1.3e-44 gi|7296732|gb|AAF52011.1| Snm1 [Drosophila melanog ( 763) 886 186.8 3.4e-44 gi|190619760|gb|EDV35284.1| GF11594 [Drosophila an ( 676) 883 186.2 4.7e-44 gi|157339371|emb|CAO43912.1| unnamed protein produ ( 693) 878 185.2 9.6e-44 gi|125563862|gb|EAZ09242.1| hypothetical protein O ( 966) 873 184.3 2.5e-43 gi|113631504|dbj|BAF25185.1| Os09g0439000 [Oryza s ( 966) 872 184.1 2.8e-43 gi|125605833|gb|EAZ44869.1| hypothetical protein O ( 967) 872 184.1 2.8e-43 gi|51091343|dbj|BAD36078.1| putative SNM1 [Oryza s (1024) 872 184.1 2.9e-43 gi|194184128|gb|EDW97739.1| GE10135 [Drosophila ya ( 740) 867 183.0 4.6e-43 gi|162678734|gb|EDQ65189.1| predicted protein [Phy ( 530) 865 182.5 4.7e-43 >>gi|73620752|sp|Q9JIC3.2|DCR1A_MOUSE RecName: Full=DNA (1026 aa) initn: 6605 init1: 6605 opt: 6605 Z-score: 7096.1 bits: 1324.5 E(): 0 Smith-Waterman score: 6605; 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