FASTA searches a protein or DNA sequence data bank
version 3.4t11 Apr 17, 2002
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
../query/mFLJ00017.ptfa, 408 aa
vs ./tmplib.26680 library
1768609 residues in 2168 sequences
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Lambda= 0.1255
FASTA (3.45 Mar 2002) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2
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The best scores are: opt bits E(2168)
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Smith-Waterman score: 1957; 71.835% identity (72.021% ungapped) in 387 aa overlap (23-408:66-452)
10 20 30 40 50
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: .:: : .:: .:. ..:.:..::..::
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60 70 80 90 100 110
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120 130 140 150 160 170
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160 170 180 190 200 210
180 190 200 210 220 230
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mKIAA4 QKIDRMMEAFASRYCLCNPGVFQSTDTCYVLSFAIIMLNTSLHNHNVRDKPTAERFITMN
220 230 240 250 260 270
240 250 260 270 280 290
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:::: :.::::: ::::..:::.:::.::::::.:::::::::::::::::::: :::::
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280 290 300 310 320 330
300 310 320 330 340 350
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::::::::::::::::.::::::::::::::::...::::.:: :.:::::: .:: :::
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340 350 360 370 380 390
360 370 380 390 400
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:::..::.::::.: ::::: . ::...:...:.:::.: ::::.:..::..:..:
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400 410 420 430 440 450
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Smith-Waterman score: 1893; 70.312% identity (70.496% ungapped) in 384 aa overlap (23-405:27-410)
10 20 30 40 50
mFLJ00 AGKASSWATFPLGFRMDVCHTDPAELSSGEAKELQQIKWHRKQLLEDIQKLKDEIA
:..:.. : .::..:. ....:: :::.::.:::
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10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
mFLJ00 DVFAQIDCFESTEESRMAQKEKEMCIGRKKFNMDPNKGIQYLIEHKLLTSDVQDIAQFLY
.: .:. . :::: . :..:.. .:::::::::.::::.:::. :: . .:::::::
mKIAA4 EVANEIESLGSTEERKNMQRNKQVAMGRKKFNMDPKKGIQFLIENGLLKNTCEDIAQFLY
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120 130 140 150 160 170
mFLJ00 KGDGLNKTAIGTYLGEKDPINLQVLQAFVDCHEFANLNLVQALRQFLWSFRLPGEAQKID
::.:::::::: ::::.: ...::: :::. :::..::::::::::::::::::::::::
mKIAA4 KGEGLNKTAIGDYLGERDEFSIQVLYAFVELHEFTDLNLVQALRQFLWSFRLPGEAQKID
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
mFLJ00 RMMEAFAARYCLCNPGVFRSTDTCYVLSFSVIMLNTGLHNPNVRDRPPFERFVTMNRGIN
::::::: ::: :: :::.::::::::::..:::::.::::::.:.: :::..::::::
mKIAA4 RMMEAFAQRYCQCNTGVFQSTDTCYVLSFAIIMLNTSLHNPNVKDKPTVERFIAMNRGIN
190 200 210 220 230 240
240 250 260 270 280 290
mFLJ00 SGSDLPEEQLRNLFDSIKSEPFSIPEDDGGDLTHTFFNPDREGWLLKLGG-RVKTWKRRW
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300 310 320 330 340 350
mFLJ00 FILTDNCLYYFEFTTDKEPRGIIPLENLSVQKVEDPKKPFCLELYNPSCRGQKIKACKTD
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mKIAA4 FILTDNCLYYFEYTTDKEPRGIIPLENLSIREVEDSKKPNCFELYIPDNKDQVIKACKTE
310 320 330 340 350 360
360 370 380 390 400
mFLJ00 GDGKVVEGKHESYRISAANAEERDQWIEAIRASITRVPFYDLLSARKKKIVGK
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mKIAA4 ADGRVVEGNHTVYRISAPTPEEKEDWIKCIKAAISRDPFYEMLAARKKKVSSTKRH
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Smith-Waterman score: 501; 38.164% identity (39.303% ungapped) in 207 aa overlap (63-263:78-284)
40 50 60 70 80 90
mFLJ00 ELQQIKWHRKQLLEDIQKLKDEIADVFAQIDCFESTEESRMAQKEKEMCIGRKKFNMDPN
. ..: : . ..... :: . :: :.
mKIAA0 DTINCSSESSSRDSLREQTLSKQTYHKETRNSWDSPAFSNDVIRKRHYRIGLNLFNKKPE
50 60 70 80 90 100
100 110 120 130 140 150
mFLJ00 KGIQYLIEHKLLTSDVQDIAQFLYKGDGLNKTAIGTYLGEKDP-INLQVLQAFVDCHEFA
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mKIAA0 KGIQYLIERGFVPDTPVGVAHFLLQRKGLSRQMIGEFLGNRQKQFNRDVLDCVVDEMDFS
110 120 130 140 150 160
160 170 180 190 200
mFLJ00 NLNLVQALRQFLWSFRLPGEAQKIDRMMEAFAARYCLCNPGV---FRSTDTCYVLSFSVI
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170 180 190 200 210 220
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mFLJ00 MLNTGLHNPNVRD--RPPFERFVTMNRGINSGSDLPEEQLRNLFDSIKSEPFSIPEDDGG
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230 240 250 260 270 280
270 280 290 300 310 320
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mKIAA0 QVQKVEKLIVGKKPIGSLHHGLGCVLSLPHRRLVCYCRLFQVPDPNKPQKLGLHQREIFL
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Smith-Waterman score: 487; 39.362% identity (40.659% ungapped) in 188 aa overlap (82-263:377-564)
60 70 80 90 100 110
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:: . ::..:.::::.:: . .. . .
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350 360 370 380 390 400
120 130 140 150 160 170
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mKIAA1 AHFLLQRKGLSRQMIGEFLGNSKKQFNRDVLDCVVDEMDFSNMELDEALRKFQAHIRVQG
410 420 430 440 450 460
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470 480 490 500 510 520
230 240 250 260 270 280
mFLJ00 ERFVTMNRGINSGSDLPEEQLRNLFDSIKSEPFSIPEDDGGDLTHTFFNPDREGWLLKLG
: :. ::...:.:.:.: . .... :... .. ::
mKIAA1 EDFIRNLRGVDDGADIPRELVVGIYERIQQKELKSNEDHVTYVTKVEKSIVGMKTVLSMP
530 540 550 560 570 580
290 300 310 320 330 340
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Smith-Waterman score: 471; 35.565% identity (37.778% ungapped) in 239 aa overlap (40-266:602-838)
10 20 30 40 50 60
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: : .:... : :: :.. ..:
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580 590 600 610 620 630
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mFLJ00 F--ESTEESRMAQKEKEMCIGRKKFNMDPNKGIQYLIEHKLLT--SDVQDIAQFLYKGDG
. . : .. .:.: . : ..::. :.::::.: :. ::: : ..::.: ..
mKIAA0 LLPDPRELIEIKNKKKLLITGTEQFNQKPKKGIQFLQEKGLLTIPMDNTEVAQWLRENPR
640 650 660 670 680 690
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:.: :: ..... :...:..::. : .: : .::: .: .::::::: : :..:
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:.:. .. :.... .::.: . .::.. :
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: .:. ::. ::. :. .. .::... ..
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280 290 300 310 320 330
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: .. :....: :::: :: . : ::.:. .:.. :. :: ::: .. : :
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..:. ....::: ::. :. : :. .:.:.:.:.:.: :. :..:::.: .
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400 410 420 430 440 450
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mFLJ00 SIPEDDGGDLTHTFFNPDREGWLLKLGGRVKTWKRRWFILTDNCLYYFEFTTDKEPRGII
. :.
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Smith-Waterman score: 280; 36.275% identity (38.144% ungapped) in 102 aa overlap (167-263:3-104)
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:. :::::..:..:::. :::.:::..
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mFLJ00 FRSTDTCYVLSFSVIMLNTGLHNPNVRD--RPPFERFVTMNRGINSGSDLPEEQLRNLFD
::. :: ..:.:..:.::: ...:.:. . .. :. ::...: :.:.. : ....
mKIAA0 FRNPDTIFILAFAIILLNTDMYSPSVKAERKMKLDDFIKNLRGVDNGEDIPRDLLVGIYQ
40 50 60 70 80 90
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:... . .:
mKIAA0 RIQGRELRTNDDHVSQVQAVERMIVGKKPVLSLPHRRLVCCCQLYEVPDPNRPQRLGLHQ
100 110 120 130 140 150
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.: .:.: : : :..: :. .:
mKIAA0 RHPVTGQIPEENKKFDLKTSALDMSNKTGGKRSATINSDIANHNMVSEVPPERPNIRATR
20 30 40 50 60 70
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mFLJ00 DSIKSEPFSIPEDDGGDLTHTF-FNPD----REGWLLKLGGR-VKTWKRRWFILTDNCLY
: :. : : .:.. ::. . ::: : .. :: :..:::.:.: ::.
mKIAA0 TSRKAIAF-------GKRAHSMKRNPNAPVTKAGWLYKQASSGVKQWNKRWFVLVDRCLF
80 90 100 110 120
310 320 330 340 350
mFLJ00 YFEFTTDKEPRGIIPLENLSVQKVEDP-----KKPFCLELYNPSCRGQKIKACKTDGDGK
:.. .. : ::: .. : :. :. : . .. . : . : . .
mKIAA0 YYKDEKQESILGSIPLLSFRVAAVQPSDNISRKHTFKVTVHWVDEAGASSTHCLSP---Q
130 140 150 160 170 180
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. .. ..: .:: . ::.. ::.:. .:. ...:
mKIAA0 AEHAGVRTYFFSAESPEEQEAWIQAMGEAARVQIPPAQKSVPQPVRHSLEKPDSENIPPS
190 200 210 220 230 240
mKIAA0 KHHQQPPHNNLTKLEPEAKTRGEGDGRGCEKAERRPERPEVKKETLVKANGLPSGPETAS
250 260 270 280 290 300
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Smith-Waterman score: 165; 41.538% identity (44.262% ungapped) in 65 aa overlap (276-337:665-728)
250 260 270 280 290 300
mFLJ00 LRNLFDSIKSEPFSIPEDDGGDLTHTFFNPDREGWLLKLGGRVKTWKRRWFILTDNCLYY
.. :.:::.:.::::::::::.: .. . :
mKIAA1 PDACSLDSDYSEPEHKLQRTSSYSTDGEALEKSGYLLKMGSRVKTWKRRWFVLRQGQILY
640 650 660 670 680 690
310 320 330 340 350 360
mFLJ00 FEFTTD--KEPRGIIPLENLSVQKV-EDPKKPFCLELYNPSCRGQKIKACKTDGDGKVVE
.. .: ..:.: . : : : : :. . : :
mKIAA1 YKSPSDVIRKPQGQVDL-NSHCQIVREEEAQTFQLISGNKTYYLTAESPSLLEEWIRVLQ
700 710 720 730 740 750
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mFLJ00 GKHESYRISAANAEERDQWIEAIRASITRVPFYDLLSARKKKIVGK
mKIAA1 SLLKVQVTGPPALHQGGTKPTVKGWLTKVKHGHSKLVWCALVGKTFYYYRSHEDKRPLGC
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