# /usr/local/bin/fasta34_t -T 4 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/mpm11192.fasta.nr -Q ../query/mKIAA0259.ptfa /cdna4/rodent/rouge_util/new.rouge/nfasta/nr 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 mKIAA0259, 1569 aa vs /cdna4/rodent/rouge_util/new.rouge/nfasta/nr library 2727779818 residues in 7921681 sequences statistics sampled from 60000 to 7916786 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.6538+/-0.000195; mu= 13.9068+/- 0.011 mean_var=95.8388+/-18.709, 0's: 33 Z-trim: 48 B-trim: 876 in 2/63 Lambda= 0.131010 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 41, opt: 29, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(7921681) gi|62901438|sp|Q6ZQF0.2|TOPB1_MOUSE RecName: Full= (1515) 10173 1934.3 0 gi|109483894|ref|XP_236578.4| PREDICTED: similar t (1594) 9740 1852.5 0 gi|13938110|gb|AAH07170.1| Topbp1 protein [Mus mus (1296) 8647 1645.8 0 gi|73990583|ref|XP_534266.2| PREDICTED: similar to (1697) 8022 1527.8 0 gi|114589472|ref|XP_516761.2| PREDICTED: topoisome (1587) 7954 1514.9 0 gi|62901464|sp|Q92547.2|TOPB1_HUMAN RecName: Full= (1522) 7779 1481.8 0 gi|119599579|gb|EAW79173.1| topoisomerase (DNA) II 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.::: .::.. gi|114 PDVNTEPSQNEQIIWDDPTAREERARLASNLQWPSCPTQYSELQVDIQNLEDSPFQKPLH 1200 1210 1220 1230 1240 1250 1250 1260 1270 1280 1290 1300 mKIAA0 HSEIAEQASC------VTQAPGHPGSEEPEPPVAERPLIPEPQAPAVASPLAKPPVAPQP ::::.:: : ::.:: :: ::: : :. . ::: ::::..: :::.:::::.: gi|114 DSEIAKQAVCDPGNIRVTEAPKHPISEELETPIKDSHLIPTPQAPSIAFPLANPPVAPHP 1260 1270 1280 1290 1300 1310 1310 1320 1330 1340 1350 1360 mKIAA0 ADKIETQEETHRKVKKQYVFQMSSLNSQERIDYCRLIKDLGGSVIEKQCSDPSCTHMVVG .:: ::::...::::.::.:::: :::::::.::. ::: :::::: ::.:::.::: gi|114 REKIIMIEETHEELKKQYIFQLSSLNPQERIDYCHLIEKLGGLVIEKQCFDPTCTHIVVG 1320 1330 1340 1350 1360 1370 1370 1380 1390 1400 1410 1420 mKIAA0 YPLRNEKYLASMAAGKWVLHRSYLDACKTAGRFVQEEDYEWGSSSILDALPDVTEHQQKL .::::::::::.::::::::::::.::.:::.::::::::::::::::.: .. .:..: gi|114 HPLRNEKYLASVAAGKWVLHRSYLEACRTAGHFVQEEDYEWGSSSILDVLTGINVQQRRL 1380 1390 1400 1410 1420 1430 1430 1440 1450 1460 1470 1480 mKIAA0 ALAAMRWRKRIQQSQESGIVEGAFSGWKAILRVDRPREAGFKRLLQAGGAKVLSGHPEPL :::::::::.::: 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