# /usr/local/bin/fasta34_t -T 4 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/mpm11002.fasta.nr -Q ../query/mFLJ00191.ptfa /cdna4/rodent/rouge_util/new.rouge/nfasta/nr 2
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
mFLJ00191, 916 aa
vs /cdna4/rodent/rouge_util/new.rouge/nfasta/nr library
2727779818 residues in 7921681 sequences
statistics sampled from 60000 to 7918948 sequences
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Lambda= 0.132453
FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2
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The best scores are: opt bits E(7921681)
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gi|148725345|emb|CAN88025.1| novel protein similar ( 871) 2429 475.1 5.9e-131
gi|149026262|gb|EDL82505.1| similar to zinc finger ( 283) 1962 385.4 1.9e-104
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gi|190587396|gb|EDV27438.1| hypothetical protein T ( 573) 948 192.0 6.8e-46
gi|221123186|ref|XP_002165710.1| PREDICTED: simila ( 543) 741 152.4 5.3e-34
gi|210107382|gb|EEA55322.1| hypothetical protein B ( 720) 717 147.9 1.6e-32
gi|156212902|gb|EDO33941.1| predicted protein [Nem ( 316) 711 146.4 1.9e-32
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gi|48097408|ref|XP_391891.1| PREDICTED: similar to ( 388) 541 114.0 1.3e-22
gi|215496097|gb|EEC05738.1| conserved hypothetical ( 337) 531 112.1 4.5e-22
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>>gi|47847456|dbj|BAD21400.1| mFLJ00191 protein [Mus mus (916 aa)
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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910
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::::::::::::::::
gi|478 GTSYSYLDPNYFPANR
910
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910
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gi|148 GTSYSYLDPNYFPANR
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Smith-Waterman score: 6171; 100.000% identity (100.000% similar) in 910 aa overlap (7-916:1-910)
10 20 30 40 50 60
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
gi|147 QAEPAPPVFKNIKRCLRAEATNSSEEDSPVKPDKEPGEHRRIVVDHDADFQGAKRACRCL
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.::::: : .:::::::: :::::::::::::::::::: .:.::::..::::::::.::
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gi|114 GTSYNYLDPNYFPANR
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.::::: ::.:::::::: :::::::::::::::::::: .:.::::..::::::::.::
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:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: .::::::::::::.:
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gi|114 GTSYNYLDPNYFPANR
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gi|151 GTSYNYLDPNYFPANR
890 900
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Function used was FASTA [version 34.26.5 April 26, 2007]