FASTA searches a protein or DNA sequence data bank
version 3.4t11 Apr 17, 2002
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
../query/mFLJ00153.ptfa, 505 aa
vs ./tmplib.26680 library
1768512 residues in 2168 sequences
Expectation_n fit: rho(ln(x))= 10.9225+/-0.00817; mu= -8.6470+/- 0.541
mean_var=479.6982+/-116.520, 0's: 0 Z-trim: 6 B-trim: 0 in 0/36
Lambda= 0.0586
FASTA (3.45 Mar 2002) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2
join: 37, opt: 25, open/ext: -10/-2, width: 16
The best scores are: opt bits E(2168)
mKIAA1308 ( 924 res) mbh02485 ( 924) 920 92 2.3e-19
mKIAA0959 ( 333 res) mid17095 ( 333) 340 42 6.8e-05
>>mKIAA1308 ( 924 res) mbh02485 (924 aa)
initn: 1251 init1: 590 opt: 920 Z-score: 439.9 bits: 91.8 E(): 2.3e-19
Smith-Waterman score: 1184; 42.500% identity (47.222% ungapped) in 520 aa overlap (35-505:364-880)
10 20 30 40 50 60
mFLJ00 AEAREAEKLLEDFLKEAKGEQTEEEKRLAWSGP-PRIAQTPGSEFAEDCVEEEGPSSEGP
:.: : : :. . : . :.: .: :
mKIAA1 PVPEPPQEPEPSLALAPELEPAVSQSLELESAPVPTPALEPSWSLPE--ATENG-LTEKP
340 350 360 370 380 390
70 80 90 100 110 120
mFLJ00 ELLDFSVDDVAEQLTLMDVELFLRVRSCECLGSMWSQRDRPGAAGISPTVRATVAQFNTV
.:: : : ::::.::::.::: .: .::::.:::::. : ..::.::::::::.:
mKIAA1 HLLLFPPDLVAEQFTLMDAELFKKVVPYHCLGSIWSQRDKKGKEHLAPTIRATVAQFNNV
400 410 420 430 440 450
130 140 150 160 170 180
mFLJ00 TGCVLGSVLAAPGLAASQRAQRIEKWIRIAQRCRELRNFSSLRAILSALQSNPIYRLKRS
..::. . :. .. : .::. .:.::..:..:: :.::::: ::::::::: :.:::..
mKIAA1 ANCVITTCLGDQSMKAPDRARVVEHWIEVARECRALKNFSSLYAILSALQSNAIHRLKKT
460 470 480 490 500 510
190 200 210 220 230
mFLJ00 WGAVSREPLSVFRKLSQIFSDEDNHLSSRAILSQEETTE---DDDCPSGSL----PSKLP
: :::. . ::.:::.:::::.:. :: .: .: :.. . : . . .
mKIAA1 WEEVSRDSFRVFQKLSEIFSDENNYSLSRELLIKEGTSKFATLEMNPRRAQRRQKETGVI
520 530 540 550 560 570
240 250 260 270 280 290
mFLJ00 PGPVPYLGTFLTDLVMLDTALPDTLKGNLINFEKRRKEWEILARIQQLQQRCQRYSLSPR
: :::::::::::::::::. : : : ::::::::::.:..:.:. ::. :. ::..:.
mKIAA1 QGTVPYLGTFLTDLVMLDTAMKDYLYGRLINFEKRRKEFEVIAQIKLLQSACNNYSIAPE
580 590 600 610 620 630
300 310 320 330 340
mFLJ00 PPILAALRAQRQLSEEQSYRVSRVIEPPAASCPSSPRIRRRISLTKR----------LSA
. . .::...::: .:: .: .:::. : .. : .. ...:: ::.
mKIAA1 EHFGTWFRAMERLSEAESYTLSCELEPPSESASNTLRSKKSTAIVKRWSDRQAPSTELST
640 650 660 670 680 690
350 360 370 380
mFLJ00 KLSREKNS------SPGGSPGDPSSPTSSVSPGSP------------PSSPRNREP----
. : ...: :: . :: .. : : :: : :: ..:
mKIAA1 SSSAHSKSCDQLRCSPYLGSGDITDALSVHSAGSSSSDVEEINMSFVPESPDGQEKKFWE
700 710 720 730 740 750
390 400 410 420 430
mFLJ00 PPPGSPPASPGPQSPSTKLSLTMDPPGPWPVTLTPS---------SSRVPLLGQQTSEAR
: : . : .: :.. : . : .: : . :: .:: .::...
mKIAA1 SASQSSPETSGISSASSSTSSSSASTTPVSTTRTHKRSVSGVCSYSSSLPLYNQQVGDCC
760 770 780 790 800 810
440 450 460 470 480 490
mFLJ00 VIRVSINNNHGNLYRSILLTCQDKAPSVVQRALEKHNVPQPWARDYQLFQVLPGDRELLI
.::::.. ..::.:.:::.: :::::.:...:..:::. . .::.: :.. :..: :
mKIAA1 IIRVSLDVDNGNMYKSILVTSQDKAPTVIRKAMDKHNLDEDEPEDYELVQIISEDHKLKI
820 830 840 850 860 870
500
mFLJ00 PDGANVFYAM
:..:::::::
mKIAA1 PENANVFYAMNSTANYDFILKKRTFTKGAKVKHGASSTLPRMKQKGLRIAKGIF
880 890 900 910 920
>>mKIAA0959 ( 333 res) mid17095 (333 aa)
initn: 548 init1: 317 opt: 340 Z-score: 180.2 bits: 42.3 E(): 6.8e-05
Smith-Waterman score: 520; 38.194% identity (45.082% ungapped) in 288 aa overlap (259-505:1-285)
230 240 250 260 270 280
mFLJ00 GSLPSKLPPGPVPYLGTFLTDLVMLDTALPDTLKGNLINFEKRRKEWEILARIQQLQQRC
: ..:.::::::::.:.:..:.:. ::. :
mKIAA0 DYIEGGLINFEKRRREFEVIAQIKLLQSAC
10 20 30
290 300 310 320 330 340
mFLJ00 QRYSLSPRPPILAALRAQRQLSEEQSYRVSRVIEPPAASCPSSPRIRRRISLTKRLSAKL
. : ..: .. .. :. ::::.:: .: :: : . .::. :. :..:::: :
mKIAA0 NSYCMGPDQKFIQWFQRQQLLSEEESYALSCEIEAAADANTTSPKPRK--SMVKRLSL-L
40 50 60 70 80
350 360 370 380 390
mFLJ00 SREKNSSPGGSPG--DPSSPTS--------SVSPGSPPSSPRNREPPP--PGSPPASPGP
.. ::..: .:.: .: ::: .: :. . : : : . : :
mKIAA0 FLGSDIIPGSTPTKEQPKSAASGSSGESMDSVSVSSCESNHSEAEEGPVTPMDTPDEPQK
90 100 110 120 130 140
400 410 420
mFLJ00 ---QSPSTKLSL-TMD---------------PP----GP----WPVTLTPSSSRV--PLL
.: :. :. .:: :: .: :..: .: : :.
mKIAA0 KLSESSSSCSSIHSMDTNSSGMSSLINPLSSPPTCNNNPKIHKRSVSVTSITSTVLPPVY
150 160 170 180 190 200
430 440 450 460 470 480
mFLJ00 GQQTSEARVIRVSINNNHGNLYRSILLTCQDKAPSVVQRALEKHNVPQPWARDYQLFQVL
.::. .. .::.:...:.::.:.::.:: :::.:.:.:::. :::. . :..:.: ::.
mKIAA0 NQQNEDTCIIRISVEDNNGNMYKSIMLTSQDKTPAVIQRAMSKHNLESDPAEEYELVQVI
210 220 230 240 250 260
490 500
mFLJ00 PGDRELLIPDGANVFYAM
:.::.:::.:::::::
mKIAA0 SEDKELVIPDSANVFYAMNSQVNFDFILRKKNSVEEQVKLRSRTSLTLPRTAKRGCWSNR
270 280 290 300 310 320
505 residues in 1 query sequences
1768512 residues in 2168 library sequences
Scomplib [34t11]
start: Mon Mar 27 10:07:26 2006 done: Mon Mar 27 10:07:27 2006
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Function used was FASTA [version 3.4t11 Apr 17, 2002]