FASTA searches a protein or DNA sequence data bank
 version 3.4t11 Apr 17, 2002
Please cite:
 W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

 ../query/mKIAA1020.ptfa, 642 aa
 vs ./tmplib.26680 library

1768375 residues in  2168 sequences
  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 8.4285+/-0.00666; mu= 1.2150+/- 0.444
 mean_var=306.8050+/-73.576, 0's: 0 Z-trim: 56  B-trim: 0 in 0/36
 Lambda= 0.0732

FASTA (3.45 Mar 2002) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2
 join: 38, opt: 26, open/ext: -10/-2, width:  16
The best scores are:                                       opt bits E(2168)
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mKIAA1396  ( 481 res)   mfj16154                   ( 481)  470   63 6.8e-11
mKIAA1948  ( 463 res)   mph00578                   ( 463)  449   61 3.1e-10
mKIAA1431  ( 833 res)   mfj27243                   ( 833)  453   62 3.3e-10
mKIAA0326  ( 885 res)   mib10041                   ( 885)  452   62 3.7e-10
mKIAA1874  ( 435 res)   mbg02924                   ( 435)  435   59 8.3e-10
mKIAA4205  ( 653 res)   mfj21207                   ( 653)  435   60 1.1e-09
mKIAA1710  ( 461 res)   mbg19468                   ( 461)  423   58 2.1e-09
mKIAA0628  ( 508 res)   msj08164                   ( 508)  423   58 2.2e-09
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mKIAA0961  ( 486 res)   mph04182                   ( 486)  413   57 4.5e-09
mKIAA4196  ( 437 res)   mfj00049                   ( 437)  412   57 4.5e-09
mKIAA4237  ( 519 res)   mfj17080                   ( 519)  407   56 7.2e-09
mKIAA1954  ( 643 res)   mpj01436                   ( 643)  408   57 7.6e-09
mKIAA1141  ( 886 res)   mef00011                   ( 886)  408   57 9.3e-09
mKIAA3006  ( 617 res)   mbg05721                   ( 617)  401   56 1.2e-08
mKIAA1588  ( 617 res)   mbp00262                   ( 617)  396   55 1.8e-08
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mKIAA1559  ( 504 res)   mbp01052                   ( 504)  385   54 3.5e-08
mFLJ00187  ( 488 res)   mbg06919                   ( 488)  373   53 8.4e-08
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mKIAA1015  ( 831 res)   mbh00453                   ( 831)  361   52 2.8e-07
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mKIAA1572  ( 463 res)   mfj40003                   ( 463)  337   49 1.1e-06
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mKIAA4227  ( 539 res)   mng13251                   ( 539)  320   47 4.3e-06
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mKIAA1993  ( 527 res)   meh02016                   ( 527)  292   44 3.3e-05
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mKIAA1900  ( 546 res)   mbg06467                   ( 546)  237   39  0.0019
mKIAA1951  ( 392 res)   mid22012                   ( 392)  227   37  0.0032
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>>mKIAA4229  ( 450 res)   mfj48069                        (450 aa)
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Smith-Waterman score: 472;  37.363% identity (39.306% ungapped) in 182 aa overlap (459-639:230-403)

      430       440       450       460       470       480        
mKIAA1 GKDGSEDSGQSGSEGGSGHTGAHYVYRQEGYETVSYGDNVYVCIPCAKGFPSSEQLNAHV
                                     .. .  :.. : :  :.:.: .: .:  : 
mKIAA4 ISHQRLQMGDKPHKCDECSKSFNRTSDLIQHQRIHTGEKPYECSECGKAFSQSAHLIQHQ
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      490        500       510       520       530       540       
mKIAA1 ETHTEEELF-IKEEGAYETGSGGAEEEAEDLSTPSAAYTADSRPFKCSVCEKTYKDPATL
       . :: :. .  :. :   . :..       :   .  .:.. .:..:. : ::..  .::
mKIAA4 RIHTGEKPYECKDCGKTFSCSSA-------LILHQRIHTGE-KPYECNECGKTFSWSSTL
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mKIAA1 RQHEKTHWLTRPFPCNICGKMFTQRGTMTRHMRSHLGLKPFACDECGMRFTRQYRLTEHM
        .:.. :   .:. :: ::: :.. .:. .:.: : : ::. :.:::  :... .: .:.
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mKIAA1 RVHSGEKPYECQLCGGKFTQQRNLISHLRMHTSPS                         
       :.:.:::::::. :::::: . .::.: :.::.                           
mKIAA4 RIHTGEKPYECMECGGKFTYSSGLIQHQRIHTGENPYECSECGKAFRYSSALVRHQRIHT
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             440       450

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Smith-Waterman score: 470;  37.017% identity (38.506% ungapped) in 181 aa overlap (459-639:192-365)

      430       440       450       460       470       480        
mKIAA1 GKDGSEDSGQSGSEGGSGHTGAHYVYRQEGYETVSYGDNVYVCIPCAKGFPSSEQLNAHV
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      490       500       510       520       530       540        
mKIAA1 ETHTEEELFIKEEGAYETGSGGAEEEAEDLSTPSAAYTADSRPFKCSVCEKTYKDPATLR
        :::.:.::  ::         :  .   :..    .:.. .:.::. : :....:: : 
mKIAA1 TTHTHEKLFQCEE------CKKAFSQNSYLTVHRRIHTGE-KPYKCKECAKSFRQPAHLA
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mKIAA1 QHEKTHWLTRPFPCNICGKMFTQRGTMTRHMRSHLGLKPFACDECGMRFTRQYRLTEHMR
       ::.. :   .:. :.:::: :..  ..: :.: : : ::. : .::  : .. .:. : :
mKIAA1 QHHRIHTGEKPYKCEICGKAFNHSMSLTGHQRVHSGEKPYKCKDCGKAFRQSIHLVVHSR
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       .:.::.::::. ::  : .. .:  : : ::.                            
mKIAA1 IHTGEEPYECNECGKTFRESSQLTIHQRNHTGEKPFECKQCGKFFNRSAYLARHQKIHTG
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>>mKIAA1948  ( 463 res)   mph00578                        (463 aa)
 initn: 586 init1: 343 opt: 449  Z-score: 276.1  bits: 60.9 E(): 3.1e-10
Smith-Waterman score: 449;  32.609% identity (34.722% ungapped) in 230 aa overlap (416-638:125-347)

         390       400       410       420       430       440     
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                                     ::. . :::     .. .. . ..  ..: 
mKIAA1 HFVEKPYECNECGKAFRVRQQLTFHHRIHTGEKPYECKECGMAFRQTAHLTRHQRLHSGE
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mKIAA1 ----SGHTGAHYVYRQE--GYETVSYGDNVYVCIPCAKGFPSSEQLNAHVETHTEEELFI
             . :  ..:  :  ... .  :.. :.:  :.:.:    ::. : . :: :. ..
mKIAA1 KLYECKECGQAFIYGPELRAHQKLHTGEKPYTCRECGKAFRVRGQLTLHQRIHTGEKPYV
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mKIAA1 KEEGAYETGSGGAEEEAEDLSTPSAAYTADSRPFKCSVCEKTYKDPATLRQHEKTHWLTR
        .:       : : ..   :.  .   ..: : ..:. : : .   . :: :.: :   .
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mKIAA1 PFPCNICGKMFTQRGTMTRHMRSHLGLKPFACDECGMRFTRQYRLTEHMRVHSGEKPYEC
       :. :. ::: :  :  .: :.::: : ::. : :::  :.: :.:  : :.:.:::::::
mKIAA1 PYECKDCGKAFRVRQQLTLHQRSHTGEKPYECTECGKTFSRGYHLILHHRIHTGEKPYEC
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       . :   :..  .::::  .:                                        
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>>mKIAA1431  ( 833 res)   mfj27243                        (833 aa)
 initn: 397 init1: 397 opt: 453  Z-score: 275.6  bits: 61.6 E(): 3.3e-10
Smith-Waterman score: 458;  32.489% identity (36.321% ungapped) in 237 aa overlap (416-639:409-633)

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mKIAA1 PGEEGEGTGDRVPNGVLASSAGGGGPSASYGEQSFPCKEEEENGKDGSE-------DSGQ
                                     ::. . :..  .  .:::         .:.
mKIAA1 CSGKKLFQCNECKKTFTQSSSLTVHQRIHTGEKPYKCNQCGKAFSDGSSFARHQRCHTGK
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      440           450       460       470       480       490    
mKIAA1 SGSE----GGSGHTGAHYVYRQEGYETVSYGDNVYVCIPCAKGFPSSEQLNAHVETHTEE
       .  :    : .   ..  : . . :.:   :.. . :: :.:.: .   :: : . :: :
mKIAA1 KPYECPECGKAFIQNTSLVRHWRYYHT---GEKPFDCIDCGKAFSDHIGLNQHRRIHTGE
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mKIAA1 ELFIKE--EGAYETGSGGAEEEAEDLSTPSAAYTADSRPFKCSVCEKTYKDPATLRQHEK
       . .  :  . ... ::.        :.. .  .:.. .:..: .:.:...  :.: ::..
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       .:   .:: :. ::: : :   .. : : : : ::: : :::  :. . .:. :.:.:.:
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       ::::::..:   :::. .: .: . ::.                                
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            :.  :: : . : .... . .    :: .   .. :. :..:    .: . ..  
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       ..  :  . .: ... . ...  :. ::  .  .:    :::. ..    :.. .:  : 
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       :::   ..  . ..: . :   .  : :.     .. . ::.   . :. :   : ... 
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            .  ::. . : : :.   ....    . ...: .  .     .  ::.     ..
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mKIAA1 TVSYGDNVYVCIPCAKGFPSSEQLNAHVETHTEEELFIKEEGAYETGSGGAEEEAEDLST
       ..  :.. : :  :.: : ....:  : . :. :. .   :       : .  .. .:. 
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mKIAA1 PSAAYTADSRPFKCSVCEKTYKDPATLRQHEKTHWLTRPFPCNICGKMFTQRGTMTRHMR
        . ..:.. .:..:  : :..   .:: .:..::    :: : .::: ::  .:. ::.:
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       .: : .:. : :::  :. .  : .:.:.: ::.:: :  :: .: .. .:: : :.::.
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mKIAA1 PS                                                          
                                                                   
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       ::. :. : .  :::.:  ..  :  .:  .     :.: : : .  : . : .. :   
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       . ::....   .:        .:..  : :   .    : :: :.:     . :     .
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        :.:.:    .:. : .:::.  ::  : :  .     .  :. .: . .  . .. ::.
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       .:. : : ..  . : ::.  :  ..:. :: : : : . ... .:.:.: : ::. :..
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