FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 3.4t11 Apr 17, 2002 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 ../query/mKIAA1217.ptfa, 1053 aa vs ./tmplib.26680 library 1767964 residues in 2168 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 11.2820+/-0.00817; mu= -11.7339+/- 0.541 mean_var=400.3870+/-97.811, 0's: 0 Z-trim: 1 B-trim: 0 in 0/36 Lambda= 0.0641 FASTA (3.45 Mar 2002) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 39, opt: 27, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2168) mKIAA1684 ( 937 res) mbg19789 ( 937) 706 80 1.8e-15 >>mKIAA1684 ( 937 res) mbg19789 (937 aa) initn: 1193 init1: 638 opt: 706 Z-score: 370.1 bits: 80.0 E(): 1.8e-15 Smith-Waterman score: 1464; 36.225% identity (40.445% ungapped) in 853 aa overlap (221-1005:2-833) 200 210 220 230 240 250 mKIAA1 QTKERSLGVLYLQYGDETKQLRMPNEVTSTDTIRALFVSAFPQQLTMKMLESPSVAIYIK ::..::.. :::.::: ::.::..:: :: mKIAA1 LDTLHALIAHMFPQKLTMGMLKSPNTAILIK 10 20 30 260 270 280 290 300 310 mKIAA1 DDSRNVYYELNDVRNIQDRSLLKVYNKDPSHAFNHMTKAVNGDMRMQREIVYARGDGLVA :..:::.:::.:::.:::::..:.: :.: .: .. .:::.: ::.::: .. . mKIAA1 DEARNVFYELEDVRDIQDRSIIKIYRKEPLYAAFPGSHLTNGDLR--REMVYASRESSPT 40 50 60 70 80 320 330 340 350 360 mKIAA1 PRPGSVAHPPHVIPNSPP-STP--VPHSLP---PSPSRIPYGGSRPMAIPGNATI-PRDR : .... :. .::: . : .: .:: :: ::. :.:.:: . :. . .: mKIAA1 RRLNNLSPASHLASSSPPPGLPSGLPSGLPSGSPSRSRLSYAGGRPPSYAGSPVHHAAER 90 100 110 120 130 140 370 380 390 400 410 420 mKIAA1 LSSLPVSRSISPSPSAILERRDVKPDEDMSSK--NLVMFRNEGFYADPY-LYHEGRMSIA :.. :.....::::::::::::::::::...: ..:. ..::.::::: : ::::.:.: mKIAA1 LGGAPTGQGVSPSPSAILERRDVKPDEDLAGKAGGMVLVKGEGLYADPYGLLHEGRLSLA 150 160 170 180 190 200 430 440 450 460 470 mKIAA1 SSHGGHPLDVPDHVIAYHRTAIRSASAYCSPSLQAEMHMEQSLYRQKSRK--YPDSHLPT .. .: :. : :.: ..:: :.: . .::... :.:::. . : :.. mKIAA1 AA-AGDPFAYPGAGGLYKRGSVRSLSTYSAAALQSDL--EDSLYKAGAGGPLYGDGY--- 210 220 230 240 250 260 480 490 500 510 520 530 mKIAA1 LGSKTPPASPHRVGDLRMIDLHPHLNTHGPPHTLQPDRASPSRQSFKKEPGTL-VYIEKP : . ::.::....:. . : :.: .. :.:.:: ::::.:. :. :. :.: mKIAA1 -GFRLPPSSPQKLADVSAPSGGPP-PPHSP-YSGPPSRGSPVRQSFRKDSGSSSVFAESP 270 280 290 300 310 320 540 550 mKIAA1 ----RNTS----------------GLSSLVDLGPPL-------------VEKQ-----GF :.:. : ::: .:::. .::: :. mKIAA1 GGKARSTGSASTAGAPPSELFPGPGERSLVGFGPPVPAKDTETRERMEAMEKQIASLTGL 330 340 350 360 370 380 560 570 580 590 600 610 mKIAA1 AYSTATIPKDRETSEKMVKAT--ANRNQAD--GAGTAHVSAGKVLGS---VEFSLPPSQP . :. .. :: . :... : .: :.:. .: : : : : .:: mKIAA1 VQSALLRGSEPETPSEKVEGSNGAATPSAPVCGSGSKSSGATPVSGPPPPSASSTPAGQP 390 400 410 420 430 440 620 630 640 650 660 670 mKIAA1 LPAGTSPIHTSLLDMRRNVAELRLQLQQMRQLQLQNQEILRAMMKKAELEISNKVKETMK .. .. : .. ....:: ::::.:.::::::: .::..:..: :.: .:.:. . mKIAA1 TAVSRLQMQLHLRGLQNSASDLRGQLQQLRKLQLQNQESVRALLKRTEAELSMRVSEAAR 450 460 470 480 490 500 680 690 700 710 720 730 mKIAA1 RLEDPVQRQRTLVEQERQKYLHEEERIVKKLCELEDFVEDLKKDSSSTGRVVTLKDVEDG : :::.::::::::.:: .::..:: :...: .:: :: ...: . . :.: ..:. mKIAA1 RQEDPLQRQRTLVEEERLRYLNDEELITQQLNDLEKSVEKIQRDVAHNHRLVPGPELEEK 510 520 530 540 550 560 740 750 760 770 780 790 mKIAA1 AFLLRQVGEAVATLKGEFPTLQNKMRAVLRIEVEAVRFLKEEPHKLDSLLKRVRSMTDVL :..:.:.::... ::..:: ::.:::.:::.:::::.::::::..::.:::: :..::.: mKIAA1 ALVLKQLGETLTELKAHFPGLQSKMRVVLRVEVEAVKFLKEEPQRLDGLLKRCRGVTDTL 570 580 590 600 610 620 800 810 820 830 840 850 mKIAA1 TMLQRHVTDGLLKGTDA--SQAAQYVAMEKATAAEVLKHQEETAHAPGQPLHCSTGSPGD ....:.: .:. . .:. . :: : .. : . :. ::. : mKIAA1 AQIRRQVDEGMWPPPNNLLNQSPKKVAAE----TDFSKGLDFEIPPPSPPLNLHELSGPA 630 640 650 660 670 860 870 880 890 900 mKIAA1 VKSEVVPLSTMTSKNRPGS----LDKA-SKQSKLQDPRQYRQA--NGSAKKAGGDCKPTS . ..: :: .:. .: ::: : .. .: .. : : . ::: . . :. mKIAA1 EGTPLTPKSTNPTKGLDASSKRNTDKAVSVEAAERDWEEKRAALTQYSAKDINRLLEETQ 680 690 700 710 720 730 910 920 930 940 950 960 mKIAA1 PSLPASKIPALSPSSGKSSSLPSASGDSSNLPNAPATKPSIASTPLSPQAGRSAHSASLI : . :: :. .: :. :. . : . :.:: . . .: . .:: . . . mKIAA1 AEL-LKAIPDLDCAS-KTHPGPAPTPDHKP-PKAPHGQKA---APRTEPSGRRGSDELTV 740 750 760 770 780 790 970 980 990 1000 1010 1020 mKIAA1 PSVSNGSLKFQSPPHAGKGHHHLSFALQT-QNGRAAPTTSSSSSPPSPASPTSLNQGARG : . . . . :: . : .: : ..:... :....: mKIAA1 PRYRTEKPSKSPPPPPPRRSFPSSHGLTTTRTGEVVVTSKKDSVFIKKAESEELEVQKPQ 800 810 820 830 840 850 1030 1040 1050 mKIAA1 IRTIHTPSLASYKAQNGSSSKATPSTAKETS mKIAA1 VKLRRAVSEVVRPASTPPIMASAIKDEDDEERIIAELESGGSSVPPMKVVTPGASRLKAA 860 870 880 890 900 910 1053 residues in 1 query sequences 1767964 residues in 2168 library sequences Scomplib [34t11] start: Mon Mar 27 10:38:38 2006 done: Mon Mar 27 10:38:39 2006 Scan time: 1.050 Display time: 0.080 Function used was FASTA [version 3.4t11 Apr 17, 2002]