# /usr/local/bin/fasta34_t -T 4 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/mpm09246.fasta.nr -Q ../query/mKIAA0564.ptfa /cdna4/rodent/rouge_util/new.rouge/nfasta/nr 2
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
mKIAA0564, 1246 aa
vs /cdna4/rodent/rouge_util/new.rouge/nfasta/nr library
2727779818 residues in 7921681 sequences
statistics sampled from 60000 to 7920650 sequences
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mean_var=83.3752+/-16.369, 0's: 39 Z-trim: 48 B-trim: 14 in 1/66
Lambda= 0.140461
FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2
join: 40, opt: 28, open/ext: -10/-2, width: 16
The best scores are: opt bits E(7921681)
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gi|211970373|emb|CAR97821.1| C. elegans protein F1 (1818) 1511 316.9 7.3e-83
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gi|190648980|gb|EDV46258.1| GG18311 [Drosophila er (1388) 1409 296.1 9.8e-77
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gi|194167078|gb|EDW81979.1| GK25374 [Drosophila wi (1398) 1399 294.1 4e-76
gi|163779289|gb|EDQ92903.1| predicted protein [Mon (1371) 1376 289.4 1e-74
gi|152003217|emb|CAA91031.2| C. elegans protein F1 (1339) 1359 286.0 1.1e-73
>>gi|149266164|ref|XP_920456.3| PREDICTED: hypothetical (1905 aa)
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::::::::::::::::::::::::::::::::::.:::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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:::::::::::::::::::::::: :::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::
gi|149 PQILQQIFTSTMLSSI
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Smith-Waterman score: 7871; 94.382% identity (98.636% similar) in 1246 aa overlap (1-1246:776-2021)
10 20 30
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:::::::::::::::::: :...:::::::::::::::::::::.::.::::::::::::
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::::::::::.:: ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::.:::::: ...::::::..:::::::::::::::::::::::::::::
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::::::: :::::::.:: :::.::::::::::::::::::::::::::::::::::.::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
gi|109 PTEGLSSVVRNVFDFDSYNNDMREILMNTLHKYGIPIGAKPTNVQLAKEFPLPEKTFMGY
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::.::::::::::::::::...:::::::::.:::::::::.:::.::::::::.::.::
gi|109 WIIGQTGNGMQKVLCPAETHRIDIKGPVLVNIEKYPIEKHESRFLNFTEECTSWRFPVDE
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:::: ::::::::::.:::::.:::.:::::::::.::::::::::::::::::::::::
gi|109 VNLISDIAVSHENGEHTLYVATCNPISLYFMNMTGENGFFVDFFDIFPRMASGSWRPFVT
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::::::::::::::::::::.:::::::: ::.:::::::: ::::::::.:::::::::
gi|109 VAPLGSPLRGQVVLHEEQSNVVLLLDTTGRAIHRLVLPTEESTSKKSSWWNKEEGETYRM
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mKIAA0 CKEFSHKNWVVFYKQTGNSLTVLDVLEGLAHTISLPINLRTVFLVAEDKWLLVENETNQK
:::::::::::::.:::::::::::::::.:::::::::::::::::::::::::.::::
gi|109 CKEFSHKNWVVFYRQTGNSLTVLDVLEGLTHTISLPINLRTVFLVAEDKWLLVENKTNQK
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:::::::::::::.::::::::::::::: ::::::::::: .::::..::::::::..:
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1240
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2010 2020
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>>gi|126337713|ref|XP_001368914.1| PREDICTED: hypothetic (1908 aa)
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gi|126 IPQILQQIFTSTMLSSI
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>>gi|118084822|ref|XP_425624.2| PREDICTED: hypothetical (1908 aa)
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mKIAA0 VAPLGSPLRGQVVLHEEQSNAVLLLDTTGSAIRRLVL-PTEEFTSKKSSWWS-KEEGETY
:::::.::.:::.::::.::.::::::...:::::.: : . . ... ::: ::: .:
gi|118 VAPLGNPLKGQVILHEEESNVVLLLDTNSGAIRRLLLSPDAQDSPRRTPWWSSKEETSSY
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570 580 590 600 610 620
mKIAA0 RMCKEFSHKNWVVFYKQTGNSLTVLDVLEGLAHTISLPINLRTVFLVAEDKWLLVENETN
:::.:::::::.::::. :: : ::::::: .::::::::: .:::::::.:::::.:::
gi|118 RMCREFSHKNWLVFYKEKGNRLIVLDVLEGQTHTISLPINLGSVFLVAEDRWLLVESETN
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630 640 650 660 670 680
mKIAA0 QKYLLTKPAHIGSEDTGACQLYMLKEELPSTGFGVTQETEFCIPDKVSSDQLSSENLTSA
::.:: : .:. .::. ::::: :.:: . :::.: .:.:.: :.: :::::::..:
gi|118 QKFLLMKRVHMEAEDSEACQLYALNEEPADMGFGLTTASELCVPHTVASAQLSSENLSAA
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mKIAA0 VGQKIASPNRILSDENSHATIVVGFPDLMSPSEVYSWKRSSSL-RQPSVTSMTMYTG-KR
:: ::.:::::.:::...::.:.::::::::::::::::.: : :. . : ..: : .:
gi|118 VGLKISSPNRIFSDEHNYATVVIGFPDLMSPSEVYSWKRNSPLSRKHASPSDSFYYGARR
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mKIAA0 TNATPRHNNCVTLTHTNQVVRILPPGEVPLKDLYPKDVTPPQTAGYIEVTDLQAKKLRYI
.. ...::::: .::.:::: ::.:::::.:::::.:::.:::.:::::..::..::
gi|118 KRGAAKQTNCVTLLASNQIVRILAPGDVPLKDIYPKDVAPPQAAGYLEVTDLNSKKIKYI
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mKIAA0 PVPSAESLSPYTAWISAISDTDALLAEWDKSSVVTVDMGGRVRLWETGLERLQQSLMEWR
.:: ::::::.:.: :::.::::: : ..:.::::: ::::::::: ::.::..::
gi|118 AIPSPGSLSPYTSWLSKISDADALLAPLGKVGLVSVDMGGGVRLWETGLESLQRSLQDWR
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:::::.. . :::::.:::. :::.::::: :::::::::::::::::::::::::::::
gi|118 NMIGQEDGRPVQITIQRDSGLDVSSPKHGKVDPDNMPHVGGNTWAGGTGGRDTAGLGGKG
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mKIAA0 GPYRLDAGHPVYQVSEVEKDAVPEDVKRAAREMAQKAFQQRLKEIQMSEYDAATYERFSS
::::::::: :::::..:::::::.::::::::..:::.:::::::::::::.::::::.
gi|118 GPYRLDAGHKVYQVSQAEKDAVPEEVKRAAREMGEKAFKQRLKEIQMSEYDASTYERFSG
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990 1000 1010 1020 1030 1040
mKIAA0 AVQRQVHALRIILDNLQAKGKERQWLRHQATGELDDAKIIDGLAGEKSIYKRRGDLEPQL
::.:::..:::::::::::::::::.::::.::::::::::::.:::.::::::.::::
gi|118 AVRRQVQSLRIILDNLQAKGKERQWMRHQAVGELDDAKIIDGLTGEKAIYKRRGELEPQP
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mKIAA0 GSPQQKPKRLRLVVDVSGSMYRFNGVDRRLERSMEAVCMVMEAFENYEEKFKYDIAGHSG
::::::::::::::::::::::::::: ::::::::::::.:::::::.::::::.::::
gi|118 GSPQQKPKRLRLVVDVSGSMYRFNGVDGRLERSMEAVCMVLEAFENYEHKFKYDIVGHSG
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1110 1120 1130 1140 1150 1160
mKIAA0 DGYNIKLVPVNQIPKNNKQRLEILKTMHEHSQFCMSGDHTLEGTEHAIKDITTEEADEYF
::::: :: ...::::::::::::.:: :.:::::::::::::::::..:. :.:::::
gi|118 DGYNIALVESGKVPKNNKQRLEILKVMHAHAQFCMSGDHTLEGTEHAIREIAKEDADEYF
1770 1780 1790 1800 1810 1820
1170 1180 1190 1200 1210 1220
mKIAA0 VIILSDANLSRYGINPARFAQILTSDPQVNAFAIFIGSLGDQAARLQRTLPAGRSFIAMD
::.:::::: ::::.:..:::.::.. :::::::::::::::: ::::::::::::::::
gi|118 VIVLSDANLERYGIEPSKFAQVLTTNSQVNAFAIFIGSLGDQADRLQRTLPAGRSFIAMD
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1230 1240
mKIAA0 TKKIPQILQQIFTSTMLSSI
::.::::::::::::::::
gi|118 TKEIPQILQQIFTSTMLSSA
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>>gi|194671950|ref|XP_602479.4| PREDICTED: similar to F1 (1870 aa)
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10 20 30
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::::::::::.::.::::.:.:::::::::
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::::.::::::::::::: .:..: : :::.::::. .:::.::.::.:..:::::::::
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::::.:::::.:: ::::::::::::::::::.:.:::::::::::::::::::::::::
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gi|194 PTEGLSSVVRNVFDFDSYNNDMREILMNTLHKYGIPVGAKPSNVQLAKELPLPEQTFMGY
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: .::. :::::.::::::.:.:.:::.:.....::::.::.: .:::::.::..::::
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.:::::.:..::: :.::::.:::::::::::::::.: :::.:::::: ::: :.::::
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:::::.::.:::::::.:::..:::: ...:.:::.::.:::: ::.:::.:::.:::.:
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:::::::::.::::. ::.:.::::::: .:::::::::.::::::::::::::..::::
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:::: :::: :.:.:.::::.:.::::: :::: :::. :: .::::::::::.::::
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. .:.:.::::::.:.::::.:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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gi|194 QKPKRLRLVVDVSGSMYRFNGVDGRLERSMEAVCMVMEAFENYEEKFKYDVAGHSGDGYN
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1240
mKIAA0 PQILQQIFTSTMLSSI
:::::::::::::::.
gi|194 PQILQQIFTSTMLSSV
1860 1870
>>gi|55732088|emb|CAH92750.1| hypothetical protein [Pong (1029 aa)
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10 20 30
mKIAA0 QLLRISRRLSKYPSENLHDAITKACLSRFL
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:::::::.::...::::::::.::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
gi|557 DVLFYDNIQHVIAMEDMLKDFLLGEHLLLVGNQGVGKNKIVDRFLHLLNRPREYIQLHRD
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::::.:::::.:: ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
gi|557 TTVQTLTLQPSVKDGLIVYEDSPLVKAVKLGHILVVDEADKAPTNVTCILKTLVENGEMI
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:::::::::..:::.::::.:.:::::::..::::::::::::::::::::::::::.::
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:.::::::::::::::::::::::::.:::::::::::::::.::::::.::::.:::::
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: .::. .::::.:::.::.:.:::::.:.:...::::.:: : :.:::::.::..::::
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.:.:::::.:::: ..::::..:::.::::.:::::.:::::::::::: :.: :.::.:
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gi|557 CKEFSHKNWLVFYKEKGNSLTVLDVLEGRTHTISLPINLKTVFLVAEDKWLLVESKTNQK
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::::::::: :: .:.::::.:::: ::::::.:::::: :: :.::::::::.:.:::
gi|557 YLLTKPAHIESEGSGVCQLYVLKEEPPSTGFGATQETEFSIPHKISSDQLSSEHLSSAVE
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::::::::::::::..::::::::::::::::::::: :::.. : :. ..: ::. ..:
gi|557 QKIASPNRILSDENNYATIVVGFPDLMSPSEVYSWKRPSSLHKRSGTDTSFYRGKKKSGT
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:...::::: :::::::::::::::::.:::
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mKIAA0 AESLSPYTAWISAISDTDALLAEWDKSSVVTVDMGGRVRLWETGLERLQQSLMEWRNMIG
>>gi|73989046|ref|XP_542582.2| PREDICTED: similar to CG1 (1448 aa)
initn: 4422 init1: 4422 opt: 4422 Z-score: 4833.4 bits: 906.7 E(): 0
Smith-Waterman score: 4422; 80.946% identity (95.524% similar) in 782 aa overlap (1-782:660-1441)
10 20 30
mKIAA0 QLLRISRRLSKYPSENLHDAITKACLSRFL
::::::::::.::.::::.:.:::::::::
gi|739 ALDRLLSFTHKLRETQDPTAQSLAASLSTRQLLRISRRLSQYPNENLHSAVTKACLSRFL
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::::.:::::::::: :: .:.. ::::::::::...:.:.:::.:.:..:.:::::::
gi|739 PSLARSALEKNLADAEIEISTDNHQEPELENYKCEIASGNLRIGAISAPIYNTHEKMKVP
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:::::::.:::.:::::::::.::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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mKIAA0 TTVQSLTLQPTVKGGLIVYEDSPLVKAVKLGHILVVDEADKAPTNVTCILKTLVENGEMI
::::.:::::.:: ::::::::::::::::::.:::::::::::::::::::::::::::
gi|739 TTVQTLTLQPSVKDGLIVYEDSPLVKAVKLGHVLVVDEADKAPTNVTCILKTLVENGEMI
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220 230 240 250 260 270
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