# /usr/local/bin/fasta34_t -T 4 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/mpm08359.fasta.nr -Q ../query/mKIAA0650.ptfa /cdna4/rodent/rouge_util/new.rouge/nfasta/nr 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 mKIAA0650, 1066 aa vs /cdna4/rodent/rouge_util/new.rouge/nfasta/nr library 2727779818 residues in 7921681 sequences statistics sampled from 60000 to 7921099 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.2911+/-0.000185; mu= 13.8066+/- 0.010 mean_var=76.0462+/-14.726, 0's: 31 Z-trim: 34 B-trim: 80 in 1/67 Lambda= 0.147074 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 39, opt: 27, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(7921681) gi|38614199|gb|AAH62946.1| SMC hinge domain contai (1278) 7082 1512.9 0 gi|187611513|sp|Q6P5D8.2|SMHD1_MOUSE RecName: Full (2007) 7082 1513.1 0 gi|109487660|ref|XP_001056555.1| PREDICTED: simila (2066) 6713 1434.8 0 gi|109486481|ref|XP_244261.4| PREDICTED: similar t (2065) 6707 1433.5 0 gi|35193118|gb|AAH58618.1| Smchd1 protein [Mus mus ( 951) 6333 1353.9 0 gi|187611512|sp|A6NHR9.2|SMHD1_HUMAN RecName: Full (2005) 6051 1294.3 0 gi|114672613|ref|XP_512045.2| PREDICTED: hypotheti (2005) 6047 1293.5 0 gi|73962061|ref|XP_547657.2| PREDICTED: similar to (2003) 6020 1287.7 0 gi|194214549|ref|XP_001915861.1| PREDICTED: struct (2161) 5988 1281.0 0 gi|194678099|ref|XP_618082.4| PREDICTED: structura (1997) 5979 1279.0 0 gi|148706434|gb|EDL38381.1| mCG122296 [Mus musculu ( 892) 5941 1270.7 0 gi|12855135|dbj|BAB30222.1| unnamed protein produc ( 887) 5897 1261.4 0 gi|109121691|ref|XP_001086253.1| PREDICTED: simila (1365) 5566 1191.3 0 gi|50949995|emb|CAH10538.1| hypothetical protein [ (1365) 5563 1190.6 0 gi|149633742|ref|XP_001508602.1| PREDICTED: simila (1277) 5359 1147.3 0 gi|149036295|gb|EDL90954.1| rCG35646 [Rattus norve ( 844) 5301 1134.9 0 gi|118086846|ref|XP_419144.2| PREDICTED: hypotheti (1794) 4903 1050.7 0 gi|119622096|gb|EAX01691.1| hCG37227, isoform CRA_ ( 894) 4871 1043.7 0 gi|224046120|ref|XP_002194337.1| PREDICTED: struct (1990) 4788 1026.3 0 gi|34532781|dbj|BAC86525.1| unnamed protein produc ( 762) 4308 924.2 0 gi|5262582|emb|CAB45732.1| hypothetical protein [H ( 728) 4083 876.4 0 gi|148717072|dbj|BAF63646.1| unnamed protein produ ( 646) 3650 784.5 0 gi|37194655|gb|AAH58205.1| Smchd1 protein [Mus mus ( 553) 3649 784.2 0 gi|210093142|gb|EEA41351.1| hypothetical protein B (1932) 3046 656.7 3.4e-185 gi|210118894|gb|EEA66623.1| hypothetical protein B (1148) 3029 652.9 2.7e-184 gi|28278749|gb|AAH44905.1| Smchd1 protein [Mus mus ( 449) 2956 637.1 6.1e-180 gi|119622097|gb|EAX01692.1| hCG37227, isoform CRA_ ( 843) 2953 636.7 1.5e-179 gi|156215727|gb|EDO36680.1| predicted protein [Nem (1939) 2327 504.1 2.9e-139 gi|189522032|ref|XP_001919383.1| PREDICTED: struct ( 780) 2252 487.9 8.7e-135 gi|115720165|ref|XP_788327.2| PREDICTED: hypotheti (2012) 2233 484.2 3e-133 gi|74267928|gb|AAI03476.1| SMCHD1 protein [Bos tau ( 350) 2024 439.3 1.7e-120 gi|10438230|dbj|BAB15202.1| unnamed protein produc ( 267) 1589 346.9 8.4e-93 gi|115653074|ref|XP_794741.2| PREDICTED: hypotheti (1388) 845 189.6 1e-44 gi|115956019|ref|XP_001183347.1| PREDICTED: hypoth (1441) 845 189.6 1e-44 gi|198418510|ref|XP_002123638.1| PREDICTED: simila (1043) 822 184.6 2.4e-43 gi|215498683|gb|EEC08177.1| hypothetical protein I ( 796) 811 182.2 9.7e-43 gi|189522091|ref|XP_699397.3| PREDICTED: similar t (1185) 756 170.6 4.3e-39 gi|156219176|gb|EDO40062.1| predicted protein [Nem (2067) 338 82.1 3.3e-12 gi|149036296|gb|EDL90955.1| rCG35618 [Rattus norve ( 976) 283 70.2 6e-09 >>gi|38614199|gb|AAH62946.1| SMC hinge domain containing (1278 aa) initn: 7082 init1: 7082 opt: 7082 Z-score: 8111.9 bits: 1512.9 E(): 0 Smith-Waterman score: 7082; 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