# /usr/local/bin/fasta34_t -T 4 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/mpm08053.fasta.nr -Q ../query/mKIAA0083.ptfa /cdna4/rodent/rouge_util/new.rouge/nfasta/nr 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 mKIAA0083, 1078 aa vs /cdna4/rodent/rouge_util/new.rouge/nfasta/nr library 2727779818 residues in 7921681 sequences statistics sampled from 60000 to 7918965 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.1739+/-0.000182; mu= 13.9876+/- 0.010 mean_var=71.7499+/-14.085, 0's: 28 Z-trim: 41 B-trim: 0 in 0/66 Lambda= 0.151413 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 39, opt: 27, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(7921681) gi|119368660|sp|Q6ZQJ5.2|DNA2L_MOUSE RecName: Full (1062) 6969 1532.4 0 gi|26390571|dbj|BAC25919.1| unnamed protein produc (1062) 6961 1530.6 0 gi|109509445|ref|XP_241671.4| PREDICTED: similar t (1117) 6391 1406.1 0 gi|109510042|ref|XP_001080557.1| PREDICTED: simila (1072) 6388 1405.4 0 gi|109732330|gb|AAI15717.1| Dna2 protein [Mus musc ( 966) 6117 1346.2 0 gi|194679327|ref|XP_613907.4| PREDICTED: similar t (1137) 5636 1241.2 0 gi|122937299|ref|NP_001073918.1| DNA replication h (1146) 5626 1239.0 0 gi|119370373|sp|P51530.3|DNA2L_HUMAN RecName: Full (1060) 5624 1238.6 0 gi|114631066|ref|XP_001163213.1| PREDICTED: DNA2 D (1147) 5621 1237.9 0 gi|194042294|ref|XP_001925667.1| PREDICTED: simila (1039) 5583 1229.6 0 gi|119574681|gb|EAW54296.1| hCG32858 [Homo sapiens (1068) 5551 1222.6 0 gi|194205942|ref|XP_001502648.2| PREDICTED: DNA re (1055) 5514 1214.5 0 gi|55957531|emb|CAI17238.1| DNA2 DNA replication h (1040) 5506 1212.8 0 gi|73953279|ref|XP_546133.2| PREDICTED: similar to (1046) 5318 1171.7 0 gi|19483918|gb|AAH25182.1| Dna2 protein [Mus muscu ( 800) 5192 1144.1 0 gi|126272592|ref|XP_001369134.1| PREDICTED: simila (1407) 4797 1058.0 0 gi|82105075|sp|Q8QHA5.1|DNA2L_XENLA RecName: Full= (1053) 4191 925.5 0 gi|220678691|emb|CAX13876.1| novel protein similar (1020) 3824 845.3 0 gi|189526935|ref|XP_687974.3| PREDICTED: similar t (1393) 3803 840.9 0 gi|82082124|sp|Q5ZKG3.1|DNA2L_CHICK RecName: Full= ( 992) 3684 814.8 0 gi|148700123|gb|EDL32070.1| DNA2 DNA replication h ( 998) 3406 754.0 8.8e-215 gi|84627485|gb|AAI11741.1| DNA2 protein [Homo sapi ( 687) 3398 752.2 2.2e-214 gi|39793966|gb|AAH63664.1| DNA2 protein [Homo sapi ( 829) 3393 751.1 5.5e-214 gi|149625513|ref|XP_001520571.1| PREDICTED: simila ( 597) 2993 663.6 8.5e-188 gi|31657176|gb|AAH53574.1| DNA2 protein [Homo sapi ( 494) 2761 612.9 1.3e-172 gi|149043918|gb|EDL97369.1| rCG60675 [Rattus norve ( 991) 2741 608.8 4.7e-171 gi|34783461|gb|AAH41115.1| DNA2 protein [Homo sapi ( 435) 2460 547.1 7.4e-153 gi|20988116|gb|AAH30382.1| Dna2 protein [Mus muscu ( 357) 2296 511.2 3.9e-142 gi|55957530|emb|CAI17237.1| DNA2 DNA replication h ( 374) 2013 449.4 1.6e-123 gi|20380180|gb|AAH28188.1| DNA2 protein [Homo sapi ( 378) 2012 449.2 1.9e-123 gi|149593466|ref|XP_001517413.1| PREDICTED: simila ( 449) 1998 446.2 1.8e-122 gi|198433360|ref|XP_002125539.1| PREDICTED: simila (1322) 1870 418.6 1.1e-113 gi|47218708|emb|CAG05680.1| unnamed protein produc (1043) 1840 412.0 8.7e-112 gi|221110029|ref|XP_002170802.1| PREDICTED: simila (1032) 1796 402.3 6.7e-109 gi|109089566|ref|XP_001083328.1| PREDICTED: simila ( 329) 1729 387.4 7e-105 gi|115655445|ref|XP_790939.2| PREDICTED: similar t ( 971) 1668 374.4 1.7e-100 gi|50426495|ref|XP_461844.1| hypothetical protein (1512) 1444 325.6 1.3e-85 gi|199433984|emb|CAR65924.1| DEHA2G06820p [Debaryo (1531) 1442 325.1 1.7e-85 gi|108884569|gb|EAT48794.1| DNA replication helica (1097) 1372 309.7 5.4e-81 gi|193620297|ref|XP_001944621.1| PREDICTED: simila (1073) 1299 293.8 3.3e-76 gi|5052396|gb|AAD38528.1|AF144384_1 Dna2p [Schizos (1397) 1288 291.5 2.2e-75 gi|15213981|sp|Q9URU2.1|DNA2_SCHPO RecName: Full=D (1398) 1288 291.5 2.2e-75 gi|212003349|gb|EEB09009.1| DNA replication ATP-de (1178) 1287 291.2 2.2e-75 gi|115756213|ref|XP_001201651.1| PREDICTED: simila ( 633) 1280 289.5 3.9e-75 gi|157021006|gb|EDO64843.1| AGAP004685-PB [Anophel ( 951) 1272 287.9 1.8e-74 gi|157021005|gb|EAA03204.4| AGAP004685-PA [Anophel (1130) 1272 287.9 2.1e-74 gi|194203965|gb|EDX17541.1| GD16967 [Drosophila si (1100) 1235 279.8 5.5e-72 gi|167877987|gb|EDS41370.1| DNA replication helica (1087) 1230 278.7 1.2e-71 gi|30089668|gb|AAP20828.1| LD18775p [Drosophila me (1054) 1222 277.0 3.8e-71 gi|158031772|gb|AAF46543.2| CG2990, isoform C [Dro (1099) 1222 277.0 3.9e-71 >>gi|119368660|sp|Q6ZQJ5.2|DNA2L_MOUSE RecName: Full=DNA (1062 aa) initn: 6969 init1: 6969 opt: 6969 Z-score: 8218.3 bits: 1532.4 E(): 0 Smith-Waterman score: 6969; 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